afficher une matrice, y compris les valeurs, comme une heatmap
Ce que je voudrais faire est de profiter de cette matrice:
> partb
0.5 1.5 1a 1b -2 -3
A1FCLYRBAB430F 0.26 0.00 0.74 0.00 0.00 0.00
A1SO604B523Q68 0.67 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00
A386SQL39RBV7G 0.00 0.33 0.33 0.33 0.00 0.00
A3GTXOXRSE74WD 0.41 0.00 0.08 0.03 0.05 0.44
A3OOD9IMOHPPFQ 0.00 0.00 0.33 0.00 0.33 0.33
A8AZ39QM2A9SO 0.13 0.54 0.18 0.13 0.00 0.03
Et ensuite faire une heatmap qui a chacune des valeurs dans la couleur des cellules.
Faire une heatmap est facile:
> heatmap( partb, Rowv=NA, Colv=NA, col = heat.colors(256), margins=c(5,10))
Mais pour la vie de moi je ne peux pas comprendre comment mettre la valeur dans chacune des cellules.
Ce qui me manque? C'est sûrement une chose commune.
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Essayer
heatmap.2
de lagplots
paquet. Le cellnote et notecol paramètres de contrôle, le texte est placé dans les cellules. Vous aurez probablement enviedendrogram = "none"
ainsi.lmat
,lwid
, etlhei
, params, ou de modifier le code source de la fonction de faire ce que vous avez besoin, mais j'ai n'est pas allé aussi loin avec elle.lwid
etlhei
a parfaitement fonctionné. Réglagemargins
m'a permis de assurez-vous que les étiquettes n'étaient pas coupés. Toute chose:heatmap.2( partb, Rowv=FALSE, Colv=FALSE, dendrogram='none', cellnote=partb, notecol="black", trace='none', key=FALSE,lwid = c(.01,.99),lhei = c(.01,.99),margins = c(5,15 ))
levelplot
delattice
vont travailler hors de la boîte.Par exemple:
Vous pouvez utiliser
image
ettext
. Personnellement, j'aimeimage.plot
de lafields
paquet, car il ajoute une légende sur le côté, mais vous pouvez l'utiliser avecimage
trop.Ainsi, par exemple
levelplot()
de lalattice
forfait vous donnera une légende des couleurs. Pas exactement ce que vous voulez, mais quelque chose à penser.Suivantes lcgong (malheureusement je peux poster un commentaires) de la pure transposition conduit à des problèmes avec la représentation de la couleur. En conséquence, j'ai tourné la matrice de nouveau et cela a fonctionné. Vous pouvez trouver la fonction comme suit. Veuillez vous assurer que la sélection de la heatmap échelle de couleurs fonctionne avec n compris entre 3 et 11. Si vous le souhaitez, vous pouvez simplement sélectionner un autre ici.