Ai le message impossible de charger l'objet partagé stats.ainsi, lorsque R commence

Je suis en utilisant R-3.0.2 compilé à partir du code source sur Linux 64 et j'ai eu le message suivant lorsque R commence:

Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
  unable to load shared object '/home/hlfernandez/Eclipse/workspace/Bioscope/R/linux/x64/R-3.0.2/library/stats/libs/stats.so':
  libgfortran.so.3: cannot open the shared object file: No existe el archivo o el directorio
Durante la inicialización - Mensajes de aviso perdidos
package ‘stats’ in options("defaultPackages") was not found

N'quelqu'un a une idée sur la source du problème? Il est rare qu'il dit que le fichier ou le répertoire n'existe pas, car il existe en réalité.

Mon système d'exploitation est Kubuntu 13.10, j'ai peut-être tous les disparus de la bibliothèque.

On dirait que vous devriez trouver les logiciels de stats, de le télécharger et de l'installer dans R.

OriginalL'auteur hlfernandez | 2014-01-24

  1. 13

    En quelque sorte la configuration de votre système ou de l'environnement d'exécution a changé entre le moment où vous avez compilé R et le temps que vous l'utilisez, en particulier la libgfortran..3 bibliothèque n'est plus détectable. Probablement si vous ne

    $ R CMD ldd /path/to/R_HOME/library/stats/libs/stats.so

    vous obtiendrez une liste de succès découvert lien dépendances

    linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fff213ff000)
libRlapack.so => /path/to/R_HOME/lib/libRlapack.so (0x00007fcafa557000)

    et puis un échec

        libgfortran.so.3 => ???

    indiquant que libgfortran..3 n'est pas trouvé. Vous pourriez aller le chercher

    locate libgfortran.so.3

    et ensuite de voir ce que vous avez fait pour le rendre inaccessible à R (peut-être ldconfig serait votre ami). Mais libgfortran plus de chance d'être dans un emplacement standard, alors vous avez probablement retiré dans une autre opération et la nécessité de le réinstaller, ou recompiler R contre le nouvel emplacement de libgfortran.

    Spécifier l'emplacement de libgfortran à l'aide de la commande du système ldconfig (sudo privilèges requis) ou la variable d'environnement LD_LIBRARY_PATH. Mais vraiment ces ne devrait pas être nécessaire, libgfortan doit avoir été installé à l'aide de votre système d'exploitation, gestionnaire de paquet et d'une manière qui ne nécessite pas de précautions particulières de configuration supplémentaires.

    si echo $R_HOME ne trouve pas de bash, R.home() peut de R.

    OriginalL'auteur Martin Morgan

  2. 5

    EDIT: j'ai découvert que le fait de mettre les bibliothèques manquantes dans le répertoire R/lib résout le problème, je vous remercie beaucoup pour l'aide!

    Si je lance le ldd commande j'obtiens:

    bin/R CMD ldd ./library/stats/libs/stats.so
/home/hlfernandez/Eclipse/workspace/Bioscope/R/linux/x64/R-3.0.2

linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fff47dfe000)

libRlapack.so => /home/hlfernandez/Eclipse/workspace/Bioscope/R/linux/x64/R-3.0.2/lib/libRlapack.so (0x00007fb595bb0000)

libRblas.so => /home/hlfernandez/Eclipse/workspace/Bioscope/R/linux/x64/R-3.0.2/lib/libRblas.so (0x00007fb595983000)

libgfortran.so.3 => not found

libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007fb595665000)

libR.so => /home/hlfernandez/Eclipse/workspace/Bioscope/R/linux/x64/R-3.0.2/lib/libR.so (0x00007fb5950c3000)

libgomp.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgomp.so.1 (0x00007fb594eb4000)

libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007fb594c97000)

libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007fb5948ce000)

libgfortran.so.3 => not found

libreadline.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libreadline.so.6 (0x00007fb59468c000)

librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007fb594483000)

 libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007fb59427f000)

/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007fb596205000)

 libtinfo.so.5 => /lib/x86_64-linux-gnu/libtinfo.so.5 (0x00007fb594056000)

    Comme vous l'avez dit, il y a un échec avec libgfortran..3. ¿Est-il un moyen d'indiquer manuellement où la libgfortran3.si le fichier se trouve?

    J'ai essayé de le localiser. Il n'a rien retourner

    OriginalL'auteur hlfernandez