Appel R à partir de JAVA pour obtenir Chi-carré de la statistique et de la p-valeur

Il y a (au moins) deux façons d'aller à ce sujet.

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Ligne de commande & Scripts

Vous pouvez exécuter Rscripts à partir de la ligne de commande avec Rscript.exe. E. g. dans votre script, vous aurait:

# Parse arguments.
# ...
# ...

chisq.test(obs, exp)

Plutôt que de créer des volumes csv en Java et ayant R lecture, vous devriez être en mesure de passer directement à R. je ne vois pas la nécessité de créer des CSVs et de transmettre les données de cette façon, à MOINS que votre matrices sont assez grandes. Il y a des limitations sur la taille des arguments de ligne de commande vous pouvez passer (varie selon le système d'exploitation je pense).

Vous pouvez passer des arguments dans Rscripts et les analyser à l'aide de la commandArgs() fonctions ou avec différents logiciels (par exemple, optparse ou getopt). Voir ce fil de discussion pour plus d'informations.

Il y a plusieurs moyens d'appel et de la lecture à partir de la ligne de commande en Java. Je ne connais pas assez pour vous donner des conseils, mais un peu de recherche sur google vous donnera un résultat. Appel d'un script à partir de la ligne de commande se fait comme ceci:

Rscript my_script.R

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JRI

JRI vous permet de parler à la R directement à partir de Java. Voici un exemple de la façon dont vous voulez passer un tableau double de R et de R en somme (c'est Java maintenant):

//Start R session.
Rengine re = new Rengine (new String [] {"--vanilla"}, false, null);

//Check if the session is working.
if (!re.waitForR()) {
    return;
}

re.assign("x", new double[] {1.5, 2.5, 3.5});
REXP result = re.eval("(sum(x))");
System.out.println(result.asDouble());
re.end();

La fonction assign() ici est le même que le faire dans la R:

x <- c(1.5, 2.5, 3.5)

Vous devriez être en mesure de travailler sur la façon de prolonger ce travail par une matrice.

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Je pense que JRI est assez difficile au début. Donc, si vous voulez obtenir ce fait rapidement l'option de ligne de commande est probablement le meilleur. Je dirais que le JRI approche est moins salissant une fois que vous avez mis en place. Et si vous avez des situations où vous avez beaucoup d'allers et retours entre la R et la Java, c'est certainement mieux que l'appel de plusieurs scripts.

1. Lien vers JRI.
2. Recommandé plugin Eclipse pour configurer JRI.

OriginalL'auteur MadScone

RCaller 2.2 pouvez faire ce que vous voulez faire. Supposons que la fréquence de la matrice est donnée que dans votre question. Il en a résulté p.valeur et df variables peuvent être calculés et retourné à l'aide du code ci-dessous:

double[][] data = new double[][]{
        {197.136, 124.32, 63.492, 59.052},
        {124.32, 78.4, 40.04, 37.24},
        {63.492, 40.04, 20.449, 19.019},
        {59.052, 37.24, 19.019, 17.689}
        };
    RCaller caller = new RCaller();
    Globals.detect_current_rscript();
    caller.setRscriptExecutable(Globals.Rscript_current);
    RCode code = new RCode();

    code.addDoubleMatrix("mydata", data);
    code.addRCode("result <- chisq.test(mydata)");
    code.addRCode("mylist <- list(pval = result$p.value, df=result$parameter)");

    caller.setRCode(code);
    caller.runAndReturnResult("mylist");

    double pvalue = caller.getParser().getAsDoubleArray("pval")[0];
    double df = caller.getParser().getAsDoubleArray("df")[0];
    System.out.println("Pvalue is : "+pvalue);
    System.out.println("Df is : "+df);

La sortie est:

Pvalue is : 1.0
Df is : 9.0

Vous pouvez obtenir les détails techniques dans ici

OriginalL'auteur jbytecode

1) de la Sortie de mon matrices de JAVA .les fichiers csv

Utiliser tout de CSV libraies, je vous recommande http://opencsv.sourceforge.net/

2) Téléchargement de la .les fichiers csv dans la R
3) l'Appel de la chisq.essai sur l' .les fichiers csv en R

2 & 3 a quasiment la même,
Vous feriez mieux de créer paramétrées script à exécuter dans R.

obs<-read.csv(args[1])
exp<-read.csv(args[2])
chisq.test(obs,exp)

De sorte que vous pouvez exécuter

RScript your_script.r path_to_csv1 path_to_csv2, 

et l'utilisation des noms uniques pour les fichiers csv par exemple:

UUID.randomUUID().toString().replace("-","")

Et puis vous utilisez

Runtime.getRuntime().exec(command, environments, dataDir);

4) Retour de la sortie de la p-valeur en JAVA?
Vous ne pouvez lire la sortie de la R si vous utilisez getRuntime().exec() pour appeler R.

Je vous recommande aussi de prendre un coup d'oeil à Apache Statistiques de la Lib & Comment calculer la valeur p de ChiSquare. Peut-être que vous pouvez vivre sans R à tous 🙂

OriginalL'auteur Vasily