appel RMarkdown sur la ligne de commande à l'aide d'un.R qui est passé d'un fichier
En résumé, j'utilise mon script " Graphes.R' sur 'input_file1.txt" dans RStudio pour créer un Mdm qui je puis tricoter au format html. Je voudrais automatiser ce processus pour exécuter plus de fichiers sur la ligne de commande.
Jusqu'à présent, je peux obtenir les Rscript à exécuter sur la ligne de commande à l'aide de:
Rscript Graphiques.R input_file1.txt
Je sais aussi que je peux en créer un .MDM fichier à l'aide de:
Rscript -e rmarkdown::render(Graphiques.R)
Cependant, je voudrais faire la chose suivante:
Rscript -e rmarkdown::render('Graphiques.R input_file1.txt', 'fichier_sortie.Mdm')
sont là des idées que sur la façon de faire cela?
Il n'est pas clair ce que vous essayez de faire. Quel est le résultat de la première script?
Les graphiques.R crée des tableaux et des graphiques sur les données en "input_file1.txt" par exemple, kable(df) et quelques graphiques de la barre avec les tables insérées à donner résumé statistiques pour les données.
Les graphiques.R crée des tableaux et des graphiques sur les données en "input_file1.txt" par exemple, kable(df) et quelques graphiques de la barre avec les tables insérées à donner résumé statistiques pour les données.
OriginalL'auteur user1234579 | 2015-02-13
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Ce n'est pas tout à fait clair ce que vous essayez de faire. Il semble que vous ayez un fichier texte qui doit être converti en un Mdm par un script R (pourquoi n'est-il pas juste un Mdm pour commencer?) et puis, vous voulez rendre le Mdm. Vous pouvez le faire en exécutant les commandes suivantes dans votre terminal:
La première commande exécute le
Graphs.R
fichier qui sans doute génèreoutput_file.Rmd
. La deuxième commande exécute un one-liner qui tricoteoutput_file.Rmd
enoutput_file.html
.Si vous voulez lire les arguments de ligne de commande dans un R de fichier, essayez ?
commandArgs
.Aussi voir ce Un Débordement de pile question.
OriginalL'auteur Lincoln Mullen