Automatiser le fichier zip de la lecture dans la R

Vous pouvez utiliser unzip pour décompresser le fichier. Je viens de vous parler de ce qu'il n'est pas clair à partir de votre question si vous le saviez déjà. En ce qui concerne la lecture du fichier. Une fois votre extrait le fichier dans un dossier temporaire dir (?tempdir), il suffit d'utiliser list.files pour trouver les fichiers que lorsque l'objet de dumping dans le répertoire temporaire. Dans votre cas c'est juste un fichier, le fichier dont vous avez besoin. La lecture à l'aide de read.csv est alors assez simple:

l = list.files(temp_path)
read.csv(l[1])

en supposant que votre tempdir l'emplacement est stocké dans temp_path.

J'ai trouvé ce fil que je cherche à automatiser la lecture de plusieurs fichiers csv à partir d'un zip. J'ai adapté la solution à l'ensemble de l'affaire. Je n'ai pas testé pour bizarre les noms de fichiers ou similaire, mais c'est ce qui a fonctionné pour moi, alors j'ai pensé que je devais partager:

read.csv.zip <- function(zipfile, ...) {
# Create a name for the dir where we'll unzip
zipdir <- tempfile()
# Create the dir using that name
dir.create(zipdir)
# Unzip the file into the dir
unzip(zipfile, exdir=zipdir)
# Get a list of csv files in the dir
files <- list.files(zipdir)
files <- files[grep("\\.csv$", files)]
# Create a list of the imported csv files
csv.data <- sapply(files, function(f) {
    fp <- file.path(zipdir, f)
    return(read.csv(fp, ...))
})
return(csv.data)}

Ici est une approche que j'utilise qui est fortement basée sur @Corned-Beef Hash Map 's réponse. Voici les modifications que j'ai apportées:

• Mon approche rend l'utilisation de la data.table paquet fread(), qui
  peut être rapide (en général, si il est zippé, taille pourraient être de grande taille, de sorte que vous
  à gagner beaucoup de vitesse ici!).

• J'ai également ajusté le format de sortie, de sorte que c'est un nom de liste, où
  chaque élément de la liste est nommé d'après le fichier. Pour moi, c'était un
  plus très utile.

• Au lieu d'utiliser des expressions régulières pour examiner les fichiers
  saisi par liste.fichiers, j'utilise list.file()'s pattern
  argument.

• Enfin, j'ai en s'appuyant sur fread() et en faisant pattern un
  argument à laquelle vous pouvez fournir quelque chose comme "" ou NULL ou
  ".", vous pouvez l'utiliser pour lire dans de nombreux types de fichiers de données; en fait,
  vous pouvez le lire dans plusieurs types à la fois (si votre .zip contient
  .csv, .txt, vous voulez à la fois, par exemple). Si il y a seulement quelques types de
  les fichiers que vous souhaitez, vous pouvez spécifier le modèle à utiliser uniquement ceux-là, aussi.

Ici est la fonction réelle:

read.csv.zip <- function(zipfile, pattern="\\.csv$", ...){

    # Create a name for the dir where we'll unzip
    zipdir <- tempfile()

    # Create the dir using that name
    dir.create(zipdir)

    # Unzip the file into the dir
    unzip(zipfile, exdir=zipdir)

    # Get a list of csv files in the dir
    files <- list.files(zipdir, rec=TRUE, pattern=pattern)

    # Create a list of the imported csv files
    csv.data <- sapply(files, 
        function(f){
            fp <- file.path(zipdir, f)
            dat <- fread(fp, ...)
            return(dat)
        }
    )

    # Use csv names to name list elements
    names(csv.data) <- basename(files)

    # Return data
    return(csv.data)
}

Une autre approche qui utilise fread à partir des données.tableau paquet

fread.zip <- function(zipfile, ...) {
  # Function reads data from a zipped csv file
  # Uses fread from the data.table package

  ## Create the temporary directory or flush CSVs if it exists already
  if (!file.exists(tempdir())) {dir.create(tempdir())
  } else {file.remove(list.files(tempdir(), full = T, pattern = "*.csv"))
  }

  ## Unzip the file into the dir
  unzip(zipfile, exdir=tempdir())

  ## Get path to file
  file <- list.files(tempdir(), pattern = "*.csv", full.names = T)

  ## Throw an error if there's more than one
  if(length(file)>1) stop("More than one data file inside zip")

  ## Read the file
  fread(file, 
     na.strings = c(""), # read empty strings as NA
     ...
  )
}

Basé sur la touche de prise/mise à jour par @jean-daniel

décompressé l'emplacement du fichier de

outDir<-"~/Documents/unzipFolder"

obtenir tous les fichiers zip

zipF <- list.files(path = "~/Documents/", pattern = "*.zip", full.names = TRUE)

, décompressez vos fichiers

purrr::map(.x = zipF, .f = unzip, exdir = outDir)