Bibliothèque/outil de dessin ternaire/triangle parcelles

J'ai besoin de tirer ternaire/triangle parcelles représentant de la mole fractions (x, y, z) de diverses substances/mélanges (x + y + z = 1). Chaque parcelle représente l'iso-valeur des substances, par exemple les substances qui ont le même point de fusion. Les parcelles doivent être tirés sur le même triangle avec différentes couleurs/symboles et ce serait bien si je pouvais relier les points.

J'ai regardé matplotlib, R et gnuplot, mais ils ne semblent pas être en mesure de faire ce genre de terrain. La 3ème partie ade4 forfait pour la R semble être capable de le dessiner, mais je ne suis pas sûr si je peux dessiner plusieurs parcelles sur le même triangle.

J'ai besoin de quelque chose qui fonctionne sous Linux ou Windows. Je suis ouvert à toutes suggestions, y compris les bibliothèques pour les autres langues, par exemple, Perl, PHP, Ruby, C# et Java.

Il y a un peu plus de R d'options que celles listées ci-dessous, essayez library(sos); findFn("{ternary plot}")
un package R je viens de l'auteur fait ce dont vous avez besoin (et plus) elle est basée sur la ggplot, le site est www.ggtern.com
fait

OriginalL'auteur Cristian Ciupitu | 2009-03-31

  1. 7

    R a un package externe appelé VCD qui devrait faire ce que vous voulez.

    La documentation est très bonne (122 page de manuel distribué w/le paquet), il y a aussi un livre du même nom, Visual Display of Quantitative Information, par le package de l'auteur (Prof. Michael de l'environnement).

    Pour créer ternaire parcelles à l'aide de vcd, il suffit d'appeler ternaryplot() et passez un m x 3 de la matrice, c'est à dire, un tableau avec trois colonnes.

    La signature de la méthode est très simple; un seul paramètre (m x 3 matrice de données) est nécessaire; et tous les paramètres de mot clé se rapportent à l'histoire de l'esthétique, sauf pour l'échelle, qui quand il est réglé à 1, normalise les données de la colonne sage.

    Pour tracer des points de données sur le ternaire de la parcelle, les coordonnées d'un point donné est calculé comme étant la centre de gravité de la masse de points dans lequel chaque valeur d'entité composée de la matrice de données est séparé poids, d'où les coordonnées d'un point V(a, b, c) sont

    V(b, c/2, c * (3^.5)/2

    Pour générer le diagramme ci-dessous, je viens de créer un faux de données pour représenter les quatre différents mélanges de produits chimiques, chacun composé de différentes fractions de trois substances (x, y, z). J'ai mis à l'échelle de l'entrée (donc x + y + z = 1), mais la fonction le fera pour vous si vous passez une valeur pour son "échelle" du paramètre (en fait, la valeur par défaut est 1, ce qui je crois est ce que votre question nécessite). J'ai utilisé différentes couleurs & des symboles pour représenter les quatre points de données, mais vous pouvez aussi utiliser une seule couleur/symbole et de l'étiquette de chaque point (par l'intermédiaire du 'id' argument).

    http://www.freeimagehosting.net/uploads/35393eaba5.png

    Il a certainement semble intéressant, dommage qu'il a donc de nombreuses dépendances dont je n'ai pas sur ma Fedora 12 de la machine 🙁 en tout cas merci de répondre et +1 de moi.
    c'est trop mauvais, je pense que vous pourriez avoir apprécié l'aide de la bibliothèque à l'autre. (Tout à fait une coïncidence que quand j'etais en train de taper ma réponse ci-dessus, j'étais assis dans l'aéroport de Bucarest sur mon chemin de retour vers l'Espagne à partir d'un voyage d'escalade dans les magnifiques montagnes de Fagaras.) Je ne pense pas que j'ai la rep à ajouter un " r " à la balise à vos Q, donc si vous êtes d'accord, peut-être ajouter cette balise si vous avez une chance.
    J'ai réussi à l'installer sur Fedora 12 en exécutant de la R et de la saisie de la R invite install.packages(c("vcd")). Aussi les exemples de la ternaryplot page de manuel a travaillé comme un charme. Merci encore une fois! Comme pour le r tag, je n'ai pas remarqué votre commentaire, sinon je l'aurais ajouté moi-même. P. S.: je suis heureux que vous avez apprécié votre voyage d'escalade.

    OriginalL'auteur doug

  2. 13

    Créé un script très simple pour générer ternaire (ou plus) des parcelles. Pas de quadrillage ou ticklines, mais ceux qui ne serait pas trop difficile de les ajouter à l'aide de vecteurs dans la "base" de la matrice.

    Bibliothèque/outil de dessin ternaire/triangle parcelles

    from pylab import *
def ternaryPlot(
data,
# Scale data for ternary plot (i.e. a + b + c = 1)
scaling=True,
# Direction of first vertex.
start_angle=90,
# Orient labels perpendicular to vertices.
rotate_labels=True,
# Labels for vertices.
labels=('one','two','three'),
# Can accomodate more than 3 dimensions if desired.
sides=3,
# Offset for label from vertex (percent of distance from origin).
label_offset=0.10,
# Any matplotlib keyword args for plots.
edge_args={'color':'black','linewidth':2},
# Any matplotlib keyword args for figures.
fig_args = {'figsize':(8,8),'facecolor':'white','edgecolor':'white'},
):
'''
This will create a basic "ternary" plot (or quaternary, etc.)
'''
basis = array(
[
[
cos(2*_*pi/sides + start_angle*pi/180),
sin(2*_*pi/sides + start_angle*pi/180)
] 
for _ in range(sides)
]
)
# If data is Nxsides, newdata is Nx2.
if scaling:
# Scales data for you.
newdata = dot((data.T / data.sum(-1)).T,basis)
else:
# Assumes data already sums to 1.
newdata = dot(data,basis)
fig = figure(**fig_args)
ax = fig.add_subplot(111)
for i,l in enumerate(labels):
if i >= sides:
break
x = basis[i,0]
y = basis[i,1]
if rotate_labels:
angle = 180*arctan(y/x)/pi + 90
if angle > 90 and angle <= 270:
angle = mod(angle + 180,360)
else:
angle = 0
ax.text(
x*(1 + label_offset),
y*(1 + label_offset),
l,
horizontalalignment='center',
verticalalignment='center',
rotation=angle
)
# Clear normal matplotlib axes graphics.
ax.set_xticks(())
ax.set_yticks(())
ax.set_frame_on(False)
# Plot border
ax.plot(
[basis[_,0] for _ in range(sides) + [0,]],
[basis[_,1] for _ in range(sides) + [0,]],
**edge_args
)
return newdata,ax
if __name__ == '__main__':
k = 0.5
s = 1000
data = vstack((
array([k,0,0]) + rand(s,3), 
array([0,k,0]) + rand(s,3), 
array([0,0,k]) + rand(s,3)
))
color = array([[1,0,0]]*s + [[0,1,0]]*s + [[0,0,1]]*s)
newdata,ax = ternaryPlot(data)
ax.scatter(
newdata[:,0],
newdata[:,1],
s=2,
alpha=0.5,
color=color
)
show()

    OriginalL'auteur dave

  3. 6

    Un paquet que j'ai écrit dans R a juste été acceptée pour le CRAN, la page web est http://www.ggtern.com:

    C'est basé sur ggplot2, que j'ai utilisé comme une plate-forme. La force motrice pour moi, c'était un désir d'avoir de la cohérence dans mon travail, et, depuis que j'utilise ggplot2 largement, le développement de l'emballage a été une progression logique.

    Pour ceux d'entre vous qui utilisent ggplot2, l'utilisation de ggtern devrait être un jeu d'enfant, et, ici, c'est un couple de manifestations de ce qui peut être réalisé.

    Bibliothèque/outil de dessin ternaire/triangle parcelles

    Produit avec le code suivant:

    # Load data
data(Feldspar)
# Sort it by decreasing pressure 
# (so small grobs sit on top of large grobs
Feldspar <- Feldspar[with(Feldspar, order(-P.Gpa)), ]
# Build and Render the Plot
ggtern(data = Feldspar, aes(x = An, y = Ab, z = Or)) + 
#the layer
geom_point(aes(fill = T.C, 
size = P.Gpa, 
shape = Feldspar)) + 
#scales
scale_shape_manual(values = c(21, 24)) + 
scale_size_continuous(range = c(2.5, 7.5)) + 
scale_fill_gradient(low = "green", high = "red") + 
#theme tweaks
theme_tern_bw()  + 
theme(legend.position      = c(0, 1), 
legend.justification = c(0, 1), 
legend.box.just      = "left") + 
#tweak guides
guides(shape= guide_legend(order   =1,
override.aes=list(size=5)),
size = guide_legend(order   =2),
fill = guide_colourbar(order=3)) +
#labels and title
labs(size = "Pressure/GPa", 
fill = "Temperature/C") + 
ggtitle("Feldspar - Elkins and Grove 1990")

    Des courbes de niveau ont également été patché pour le ternaire de l'environnement, et, à l'inclusion d'une nouvelle géométrie pour représenter les intervalles de confiance via le Distance de Mahalanobis.

    Bibliothèque/outil de dessin ternaire/triangle parcelles

    Produit avec le code suivant:

    ggtern(data=Feldspar,aes(An,Ab,Or)) +
geom_confidence(aes(group=Feldspar,
fill=..level..,
alpha=1-..level..),
n=2000,
breaks=c(0.01,0.02,0.03,0.04,
seq(0.05,0.95,by=0.1),
0.99,0.995,0.9995),
color=NA,linetype=1) +
geom_density2d(aes(color=..level..)) + 
geom_point(fill="white",aes(shape=Feldspar),size=5) +  
theme_tern_bw() + 
theme_tern_nogrid() + 
theme(ternary.options=element_ternary(padding=0.2),
legend.position=c(0,1),
legend.justification=c(0,1),
legend.box.just="left") +
labs(color="Density",fill="Confidence",
title="Feldspar - Elkins and Grove 1990 + Confidence Levels + Density") +
scale_color_gradient(low="gray",high="magenta") +
scale_fill_gradient2(low="red",mid="orange",high="green",
midpoint=0.8) +
scale_shape_manual(values=c(21,24)) + 
guides(shape= guide_legend(order   =1,
override.aes=list(size=5)),
size = guide_legend(order   =2),
fill = guide_colourbar(order=3),
color= guide_colourbar(order=4),
alpha= "none")

    OriginalL'auteur Nicholas Hamilton

  4. 4

    Veusz prend en charge ternaire parcelles. Voici un exemple de la la documentation: Bibliothèque/outil de dessin ternaire/triangle parcelles

    OriginalL'auteur xioxox

  5. 3

    Chloë Lewis développé un triangle tracé général de la classe, à l'appui de la texture du sol triangle
    avec Python et Matplotlib. Il est disponible ici http://nature.berkeley.edu/~chlewis/Sourcecode.html https://github.com/chlewissoil/TernaryPlotPy

    Chloe édition d'ajouter: Déplacé à un autre hôte fiable! Aussi, c'est un public de pensions, donc si vous voulez à la demande de la bibliothèque-isation, vous pouvez ajouter une question. Espérons qu'il sera utile à quelqu'un.

    Nice parcelles et +1 dommage que le code n'est pas suffisamment générique pour être utilisé comme une bibliothèque.
    lien envoie 404 🙁
    merci pour votre travail d'édition !

    OriginalL'auteur Frédéric Grosshans

  6. 1

    Il semble y avoir une mise en œuvre au travail ici dans gnuplot:
    ternaire de la parcelle http://warmada.staff.ugm.ac.id/Graphics/gnuplot/images/pearce.gif

    Il semble intéressant, mais je vais avoir des problèmes avec la dernière commande. J'ai dû modifier (truncate). Je vais étudier plus loin. Je vous remercie.

    OriginalL'auteur Phil H

  7. 1

    Je viens de découvrir un outil qui utilise Python/Matplotlib pour générer ternaire parcelles appelé wxTernary. Il est disponible via http://wxternary.sourceforge.net/ -- j'ai été en mesure de réussir à générer un ternaire de la parcelle sur le premier essai.

    le projet semble ne pas avoir vérifié dans le script de la SCM 🙁

    OriginalL'auteur Deaton

  8. 0

    Trouver un vecteur de dessin de la bibliothèque et de le faire à partir de zéro si vous ne pouvez pas trouver un moyen plus facile de le faire.

    J'ai pensé à cela aussi, mais ce serait trop bien (grunt). Il y a beaucoup de détails qui doivent être compris, par exemple, les emplacements des étiquettes d'axes ou de marques de graduation. Btw, Phil solution est essentiellement le dessin de la parcelle à partir de zéro.

    OriginalL'auteur CookieOfFortune

  9. 0

    Il y a un package R nommé soiltexture. Il est destiné à la texture du sol triangle de l'intrigue, mais peuvent être personnalisés pour certains aspects.

    OriginalL'auteur Eric