Comment appeler MATLAB script en ligne de commande?

J'ai essayé d'appeler matlab depuis le Terminal (j'ai un Mac) et ont simplement exécuter un programme pour moi, sans écran ni rien, juste le programme. Ce programme affiche des graphiques et écrit un fichier texte pour moi de l'utiliser. J'ai trouvé plusieurs réponses précédentes sur cette question, et j'ai donc essayé:

   matlab -nodisplay -r foo 

   matlab -nodisplay -r foo.m 

   matlab -nojvm -nosplash -nodisplay -r foo;quit; 

   matlab -nojvm -nosplash -nodisplay -r "foo;quit;" 

   matlab -nojvm -nodesktop -r "foo;quit;" 

   matlab -nojvm -nodesktop -r
   "foo" 

   matlab -nojvm -nodesktop -nosplash -r foo

Presque à chaque fois, je l'ai essayer, je reçois la même réponse (si la ligne n'a tout simplement pas de provoquer l'invite à dire "cassez-vous" et de renoncer): le programme MATLAB fenêtre va s'ouvrir, et elle restera ouverte. Il va interagir normalement. Ligne de commande et de ne rien faire jusqu'à ce que je ferme la fenêtre. Le programme que je veux n'est pas exécutée. La fenêtre juste... là.

Si ça aide, c'est de cette façon que j'ai matlab codé dans mon bac:

#!/bin/bash                                                                                             

/Applications/MATLAB_R2015b.app/bin/matlab

Je n'ai aucune idée de ce qui se passe. Toute aide serait grandement appréciée.

Pourriez-vous essayer d'ajouter exit à votre fichier (foo.m) et en essayant matlab -nosplash -nojvm -nodesktop -r "foo".
À la fois avec et sans -nodisplay, c'est un no go.
Et le script fonctionne comme prévu lorsqu'il est appelé de manière interactive à partir de la gui matlab?
Et quel est le comportement attendu d'un script produisant des figures si les chiffres sont désactivés par un inexistante gui? BTW, le terminal ne pas être sensible tout en matlab exécute est parfaitement normal, dans linux, vous pouvez obtenir une invite de commande dos en arrière en mettant une esperluette (&) à la fin de votre commande (mais tuer le terminal processus peut tuer matlab cours d'exécution).
Le script fonctionne normalement lorsqu'il est appelé à partir de l'interface graphique.

OriginalL'auteur Breaking Bioinformatics | 2015-10-17

bash matlab

27

Votre bash script d'appel Matlab ne va pas passer des arguments à la Matlab exécutable. Lorsque vous tapez
```
$ matlab -nodesktop -nosplash -r "foo"
```
ce qui s'appelle en réalité est
```
$ /Applications/MATLAB_R2015b.app/bin/matlab
```
sans arguments. Il y a plusieurs façons de résoudre ce problème tout en conservant la facilité de simplement appeler matlab. Vous pouvez également appeler le chemin d'accès complet à matlab comme
```
$ /Applications/MATLAB_R2015b.app/bin/matlab -nodesktop -nosplash -r "foo"
```
Configuration matlab Exécutable

Script Bash

Étant donné que vous avez déjà écrit un bash script pour appeler matlab la solution la plus simple est de le modifier pour inclure la $@ bash générique comme
```
#!/bin/bash                                                                                             

/Applications/MATLAB_R2015b.app/bin/matlab "$@"
```
La $@ générique passe tous les paramètres que vous utilisez, comme -nodesktop -nosplash -r "foo" à la matlab exécutable donc ce qui est en fait appelé maintenant est
```
$ /Applications/MATLAB_R2015b.app/bin/matlab -nodesktop -nosplash -r "foo"
```
Je vous recommande de placer votre matlab bash script dans /usr/local/bin et de s'assurer que /usr/local/bin est dans votre PATH. Le /usr/local/ répertoire utilisateur scripts installés par opposition à l'installation d'un dispositif de scripts. Vous pouvez vérifier quels sont les répertoires de votre PATH avec
```
$ echo $PATH
/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/opt/X11/bin
```
et vous devriez voir un résultat similaire à celui ci-dessus avec /usr/local/bin présent. Le bash script doit également être exécutable. Vous pouvez définir cette avec
```
$ sudo chmod +x /usr/local/bin/matlab
```
Note: OS X El Capitan places fortes restrictions sur la façon dont les scripts peuvent être installés via sa nouvelle Système De Protection De L'Intégrité fonctionnalité.

La création d'un lien symbolique vers matlab

Une autre méthode similaire à la création de la bash script est de créer un lien symbolique vers le matlab exécutable. Ce nouveau doit être placé dans /usr/local/bin
```
$ cd /usr/local/bin/
$ ln -s /Applications/MATLAB_R2015b.app/bin/matlab matlab
```
Aussi pour cette méthode, vous devez vous assurer que /usr/local/bin est dans votre PATH.

Ajoutant matlab à la PATH

Une méthode alternative est d'ajouter simplement le répertoire où le matlab exécutable réside à votre PATH. Vous pouvez le faire en modifiant votre .bash_profile (ou .bashrc) fichier. Votre .bash_profile fichier se trouve dans votre répertoire home à ~/.bash_profile. Il est exécuté chaque fois qu'un utilisateur ouvre le Terminal. Pour ajouter matlab à la PATH ajouter simplement
```
export PATH=$PATH:/Applications/MATLAB_R2015b.app/bin/
```
. Maintenant, vous pouvez appeler matlab avec
```
$ matlab -nodesktop -nosplash -r "foo"
```
et ce sera de localiser les matlab exécutable dans /Applications/MATLAB_R2015b.app/bin/ et de l'appeler avec
```
$ /Applications/MATLAB_R2015b.app/bin/matlab -nodesktop -nosplash -r "foo"
```
Après vous modifiez votre .bash_profile fichier que vous avez besoin de la recharger avec
```
$ source ~/.bash_profile
```
ou de redémarrer le Terminal pour que les modifications prennent effet.

Note: je préfère modifier le .bashrc fichier au lieu de .bash_profile parce que je utiliser .bashrc sur Linux. J'ai réglé mon .bash_profile fichier à charger mon .bashrc fichier
```
$ cat .bash_profile 
# Load .bashrc if it exists
test -f ~/.bashrc && source ~/.bashrc
```
Note: Si vous voulez matlab être disponibles pour tous les utilisateurs, et pas seulement votre utilisateur, vous devez ajouter
```
export PATH=$PATH:/Applications/MATLAB_R2015b.app/bin/
```
à l'échelle du système /etc/profile fichier.

Création d'un Alias pour matlab

La dernière méthode que je vais vous parler est la création d'un alias pour matlab. Nous faisons cela en modifiant notre .bash_profile (ou .bashrc) du fichier et l'ajout
```
alias matlab="/Applications/MATLAB_R2015b.app/bin/matlab"
```
. Encore une fois, après avoir fait des changements, nous avons besoin de la recharger avec
```
$ source ~/.bash_profile
```
ou de redémarrer le Terminal pour que les modifications prennent effet. Et, si vous voulez matlab être disponibles pour tous les utilisateurs, et pas seulement votre utilisateur, vous devez modifier le système à l'échelle de /etc/profile fichier.

L'exécution de matlab à partir du Terminal

Maintenant que nous avons mis en place matlab pratique pour s'exécuter à partir du Terminal avec la commande simple
```
$ matlab
```
on peut regarder la réalité de l'exécution de scripts. Pour exécuter un script Matlab, nous avons d'abord besoin d'être dans le répertoire où le script réside ou il pourrait être dans notre Matlab PATH. Je vais supposer qu'il n'est pas dans votre chemin et nous allons donc cd vers le bon répertoire
```
$ cd /path/to/foo.m
```
Maintenant effectuer matlab sans le bureau MathWorks nous dit d'utiliser -nojvm -nodisplay -nosplash mais si nous utilisons -nojvm et/ou -nodisplay nous ne serons pas en mesure d'afficher les graphiques. Nous avons donc déposer -nojvm et remplacer -nodisplay avec -nodesktop et l'utilisation -nodesktop -nosplash. Cela permettra de lancer Matlab sans écran et de nous permettre d'afficher des graphiques. Le bon de commande pour exécuter le matlab sans le bureau GUI, tout en nous permettant d'afficher des graphiques est
```
$ matlab -nodesktop -nosplash
```
Maintenant, vous pouvez utiliser le Terminal (invite de commande) que la fenêtre de commande Matlab et exécuter des commandes comme d'habitude. Par exemple on pourrait appeler foo
```
>> foo
```
Alternativement, on peut utiliser la -r option pour le matlab exécutable pour passer des commandes de Matlab pour l'exécuter. Ceux-ci doivent être indiqués correctement et valide Matlab syntaxe. Donc, notre commande pour démarrer Matlab avec nos options précédentes et d'exécuter le script foo.m devient
```
$ matlab -nodesktop -nosplash -r "foo"
```
De côté: Si, par exemple, nous avons été à l'utilisation
```
$ matlab -nodesktop -nosplash -r "foo; exit;"
```
(notez l'utilisation de exit;) ce serait Matlab, exécuter foo.m, afficher les graphiques et puis la sortie de Matlab clôture les graphiques aussi.

THAAAAAAAANK YOOOOOOUUUU. Cela a été me fou. (Je souhaite qu'il ne permettez-moi d'attribution de la prime à maintenant.)
Vous êtes les bienvenus, content d'avoir pu aider.
Oui. L'énorme quantité de modèle de l'analyse que j'ai à faire est considérablement accéléré par le fait d'avoir autour. Merci incroyablement.
J'ai réellement besoin de ligne de commande ici. Je suis en cours d'exécution d'un script perl qui permet de regex de recherche et remplace certaines variables dans le script MATLAB, puis l'exécute, analyse les données de façon appropriée et stocke et analyse de plusieurs manières différentes. Le mot "ennuyeux" ne serait même pas commencer à décrire comment ennuyeux serait de le faire à la main.

OriginalL'auteur IKavanagh
3

Je pense que le script bash ignore les arguments de ligne de commande.
Pourriez-vous essayer le suivant?
```
/Applications/MATLAB_R2015b.app/bin/matlab -nosplash -nodisplay -r "run foo.m;quit;"
```
Oh, bonne prise avec le script! Il pourrait fonctionner si matlab était un bash alias à la place.
A donné une erreur de syntaxe: -bash: erreur de syntaxe près de jeton inattendu " &"
Édité, essayez à nouveau
Maintenant, il va tirer vers le haut Matlab dans la ligne de commande au lieu de cela, mais maintenant il dit "toto.m n'est pas trouvé" même si je suis la ligne, tandis que les cd avais dans le dossier toto.m à droite.
Un ou plusieurs des éléments suivants doit attraper: 1. "addpath /your/script/path;run foo.m;quit;" 2. "cd /your/script/path;run foo.m;quit;" 3. "cd /your/script/path;foo;quit;" 4. "addpath /your/script/path;foo;quit;"

OriginalL'auteur Yuval Atzmon

Cela devrait faire l'affaire

matlab -nodisplay -nodesktop -nosplash -nojvm -r "foo($v1,$v2);exit"

profiter de

OriginalL'auteur eyalsoreq

0

Vous devriez être en mesure de faire
```
#!/bin/bash
/Applications/MATLAB_R2015b.app/bin/matlab < /path/to/foo.m
```
en d'autres termes utiliser le < signe de re-direct, dans Linux.

OriginalL'auteur alle_meije

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Comment appeler MATLAB script en ligne de commande?

Configuration `matlab` Exécutable

Script Bash

La création d'un lien symbolique vers `matlab`

Ajoutant `matlab` à la `PATH`

Création d'un Alias pour `matlab`

L'exécution de `matlab` à partir du Terminal

Configuration matlab Exécutable

Script Bash

La création d'un lien symbolique vers matlab

Ajoutant matlab à la PATH

Création d'un Alias pour matlab

L'exécution de matlab à partir du Terminal

Configuration `matlab` Exécutable

La création d'un lien symbolique vers `matlab`

Ajoutant `matlab` à la `PATH`

Création d'un Alias pour `matlab`

L'exécution de `matlab` à partir du Terminal