Comment Calculer le Centre de gravité en python

Je suis débutant en python de codage. Je suis en train de travailler sur structurelles coordonnées. J'ai apb structure qui ont xyz coordonner l'information (les trois derniers col)

ATOM      1  N   SER A   1      27.130   7.770  34.390    
ATOM      2  1H  SER A   1      27.990   7.760  34.930     
ATOM      3  2H  SER A   1      27.160   6.960  33.790    
ATOM      4  3H  SER A   1      27.170   8.580  33.790    
ATOM      5  CA  SER A   1      25.940   7.780  35.250    
ATOM      6  CB  SER A   1      25.980   9.090  36.020    
ATOM      7  OG  SER A   1      26.740  10.100  35.320    
ATOM      8  HG  SER A   1      26.750  10.940  35.860    
ATOM      9  C   SER A   1      24.640   7.790  34.460    
ATOM     10  O   SER A   1      24.530   8.510  33.500    
ATOM     11  N   CYS A   2      23.590   7.070  34.760    
ATOM     12  H   CYS A   2      23.590   6.550  35.610    
ATOM     13  CA  CYS A   2      22.420   7.010  33.900    
ATOM     14  CB  CYS A   2      21.620   5.760  34.270    
ATOM     15  SG  CYS A   2      22.480   4.210  33.970    
ATOM     16  C   CYS A   2      21.590   8.220  34.040    
ATOM     17  O   CYS A   2      21.370   8.690  35.160

J'ai 1000 atomes dans ma structure.
J'ai deux requêtes.

Comment je peux calculer le centre de gravité de la structure de coordonnées xyz.
De centre je veux dessiner une sphère de rayon 20 cm.

I try this


from __future__ import division
import math as mean
import numpy as nx
from string import*


infile = open('file.pdb', 'r')           #open my file
text1 = infile.read().split('\n')
infile.close()

text = []
for i in text1:
if i != '':
    text.append(i)

for j in text:
x1 = eval(replace(j[30:38], ' ', ''))         #extract x-coordinate
y1 = eval(replace(j[38:46], ' ', ''))         #extract y-coordinate
z1 = eval(replace(j[46:54], ' ', ''))         #extract z-coordinate

idcord = []
idcord.append(x1); idcord.append(y1); idcord.append(z1)

centroid = nx.mean(idcord)
print centroid

il donne le centroïde de chaque atome (xyz)
j'ai besoin d'un point central
comment??????

S'il vous plaît montrer ce que vous avez essayé et que vous avez au moins regardé le centre de gravité sur wikipédia.
Dites-vous que le calcul du "centre de gravité" est simplement la moyenne de X, Y et Z les coordonnées? Ou de faire les points ont une masse?
oui, ils ont une masse aussi bien

OriginalL'auteur awanit | 2013-09-10

10

Tout d'abord, un moyen plus facile de lire votre fichier est avec numpy est genfromtxt fonction. Vous n'avez pas besoin d'importer de la chaîne, et vous n'avez pas besoin de parcourir toutes les lignes et ajouter du texte ou de compter les caractères.
```
from __future__ import division
import numpy as nx

data = nx.genfromtxt('file.pdb')
```
Ensuite, les trois dernières colonnes sont accessibles:
```
data[:, -3:]
```
Où la première : signifie "toutes les lignes", et -3: moyens à partir de la troisième-à-dernière colonne à la dernière colonne.

Ainsi, vous pouvez leur moyenne en tant que tel:
```
nx.mean(data[:,-3:], axis=0)
```
où la axis=0 argument indique nx.mean de prendre la moyenne le long de la première (0th) de l'axe. Il ressemble à ceci:
```
In : data[:,-3:]
Out: 
array([[ 27.13,   7.77,  34.39],
       [ 27.99,   7.76,  34.93],
       [ 27.16,   6.96,  33.79],
       [ 27.17,   8.58,  33.79],
       [ 25.94,   7.78,  35.25],
       [ 25.98,   9.09,  36.02],
       [ 26.74,  10.1 ,  35.32],
       [ 26.75,  10.94,  35.86],
       [ 24.64,   7.79,  34.46],
       [ 24.53,   8.51,  33.5 ],
       [ 23.59,   7.07,  34.76],
       [ 23.59,   6.55,  35.61],
       [ 22.42,   7.01,  33.9 ],
       [ 21.62,   5.76,  34.27],
       [ 22.48,   4.21,  33.97],
       [ 21.59,   8.22,  34.04],
       [ 21.37,   8.69,  35.16]])

In : np.mean(data[:,-3:], axis=0)
Out: array([ 24.74647059,   7.81117647,  34.64823529])
```
Quelques autres choses:

1) supprimez cette ligne: import math as mean, qui importe la totalité de la math module et le renomme mean. Ce que vous avez l'intention était from math import mean qui importe le mean fonction de la math module. Mais dans votre code, vous vous retrouvez à l'aide de la math fonction de la numpy (nx) module de toute façon, de sorte que vous n'avez jamais utilisé le math version.

2) la boucle n'est pas en retrait, ce qui signifie que vous soit collées de manière incorrecte dans StackOverflow, ou votre boucle est mal indenté. Probablement, c'est ce que votre code ressemble réellement:
```
for j in text:
    x1 = eval(replace(j[30:38], ' ', ''))         #extract x-coordinate
    y1 = eval(replace(j[38:46], ' ', ''))         #extract y-coordinate
    z1 = eval(replace(j[46:54], ' ', ''))         #extract z-coordinate

    idcord = []
    idcord.append(x1); idcord.append(y1); idcord.append(z1)

    centroid = nx.mean(idcord)
    print centroid
```
Mais le problème est que idcord est défini pour une liste vide chaque de la boucle, et un nouveau centre de gravité est calculé, pour chaque particule. Vous n'avez même pas besoin de la boucle à tous si vous importez le fichier de données à la fois comme ci-dessus. En fait, l'ensemble de votre code peut être:
```
from __future__ import division
import numpy as nx

data = nx.genfromtxt('file.pdb')
nx.mean(data[:,-3:], axis=0)
```
Grâce askewchan d'expliquer chaque point. Le genfromtxt est vraiment bon. Je n'ai jamais utiliser cette avant. Je suis l'autonomie de l'apprenant. D'où je peux apprendre ces choses.
Vous êtes les bienvenus! La meilleure chose à faire est de continuer la recherche/poser des questions sur Stack Overflow pour vous assurer que vous êtes en train de faire les choses de la meilleure façon. Pour les choses, essayez de lire ce numpy tutoriel.

OriginalL'auteur askewchan
1

essayer cette
```
import numpy as nx
X = nx.rand(10,3)   # generate some number
centroid = nx.mean(X)
print centroid
```
J'ai essayé ce. c'est un travail, mais il donne le centroïde de chaque atome individuellement.
cela va faire chaque atome individuellement si vous le mettez à l'intérieur d'une boucle. Si vous le faites sur tous les atomes ensemble, cela vous donnera la moyenne totale de tout, comme un seul flotteur (y compris la moyenne de x,y et z des valeurs).

OriginalL'auteur lsb123

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