Comment configurer la variable d'environnement R_user pour utiliser rpy2 en python

J'ai 'm pas en mesure d'exécuter rpy2 en python.

avec ce code

 import rpy2.robjects as robjects

Voici le plein d'exceptions:

RuntimeError: R_USER pas défini.

Fichier "d:\py\r\r.python.py", line 1, dans

  import rpy2.robjects as robjects

File "c:\Python27\Lib\site-packages\rpy2\robjects\__init__.py", line 17, in <module>
  from rpy2.robjects.robject import RObjectMixin, RObject

File "c:\Python27\Lib\site-packages\rpy2\robjects\robject.py", line 5, in <module>
  rpy2.rinterface.initr()

Je suis sur window xp win32 Voici mes endroits:

C:\Python27\Lib\site-packages\rpy2\robjects\robject.py

C:\Program Files\R\R-2.15.0\bin\i386\R.exe

C:\Python27\python.exe

source d'informationauteur JPC

  1. 15

    Ici est la façon dont je fixe mon R version de package 3.0.2 version de python 2.7 plate-forme de ipython notebook.

    Changer de Chemin pour la R de l'ordinateur-> propriété -> avancé et le système de réglage -> variables d'environnement

    par l'utilisateur dans le champ de variable ajouter C:\Program Files\R\R-3.0.2\bin\x64 (mon système est windows 64bit) pour le chemin

    Dans le système de champ variable d'ajouter deux nouvelles variables

    R_HOME c:\program files\r\r-3.0.2

    R_USER C:\Users\"your user name"\Anaconda\Lib\site-packages\rpy2

  2. 9

    Si vous souhaitez utiliser Python avec rpy2 mais vous voulez aussi garder à l'aide de votre RStudio, n'oubliez pas d'ajouter RStudio votre chemin, ou vous aurez quelques problèmes de chemin d'accès.

    Vous pouvez changer vos chemins d'accès selon @user3758274:

    Changer de Chemin pour la R de l'ordinateur-> propriété -> avancé et le système de réglage -> variables d'environnement par l'utilisateur dans le champ de variable ajouter C:\Program Files\R\R-3.0.2\bin\x64 (mon système est windows 64bit) pour le chemin

    Dans le système de champ variable d'ajouter deux nouvelles variables

    R_HOME    c:\program files\r\r-3.0.2

R_USER    C:\Users\"your user name"\Anaconda\Lib\site-packages\rpy2

    Mais puis ajouter aussi RStudio à votre R_USER variable système, de sorte que vous obtiendrez:

    R_USER    C:\Program Files\RStudio\bin;C:\Users\"your user name"\Anaconda\Lib\site-packages\rpy2
  3. 7

    OH, nvm .. j'ai fixé ce .. voici comment je l'ai fait , juste au cas où quelqu'un aurait le même problème.
    Je tiens à préciser PYTHONPATH à l'emplacement rpy2.robjects stockées

    Voici en détails :
    Mon Ordinateur > propriétés > Avancé > Variables d'Environnement :

    Sous variables système, de créer ou de modifier votre 

    Variable name : PYTHONPATH 

Variable value : C:\Python27\Lib\site-packages\rpy2;C:\Program Files\R\R-2.15.0\bin\i386;C:\Python27\Lib\site-packages\rpy2\robjects

    Cela devrait fonctionner, en profiter.

  4. 5

    Un instant et solution temporaire, vous pouvez ajouter le code suivant avant d'importer rpy2:

    import os
os.environ['R_HOME'] = 'C:/program files/R-3.3.1'

    Une chose à noter est que vous devez utiliser barre oblique inverse au lieu de sabrer dans le chemin d'accès.

  5. 5

    Combinant les réponses de @laven_qa et @user3758274voici ce qui a fonctionné pour moi :

    # installing steps after downloading .whl from http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#rpy2
import pip
pip.main(["install", "C:/Users/YOUR_USERNAME/Downloads/rpy2-2.8.6-cp36-cp36m-win_amd64.whl"]) # Path to the file that was downloaded from the website above

# setting temporary PATH variables
import os
os.environ['R_HOME'] = 'C:\Program Files\Microsoft\R Open\R-3.4.0' #path to your R installation
os.environ['R_USER'] = 'C:\ProgramData\Anaconda3\Lib\site-packages\rpy2' #path depends on where you installed Python. Mine is the Anaconda distribution

# importing rpy2
import rpy2.robjects as robjects

# test : evaluating R code
robjects.r('''
        # create a function `f`
        f <- function(r, verbose=FALSE) {
            if (verbose) {
                cat("I am calling f().\n")
            }
            2 * pi * r
        }
        # call the function `f` with argument value 3
        f(3)
        ''')

# returns : 
> R object with classes: ('numeric',) mapped to:
> <FloatVector - Python:0x000000000C260508 / R:0x000000000F2872E8>
> [18.849556]
  6. 2

    Ce pourrait être ce qui est discuté dans cette rpy2 question sur bitbucket.