Comment configurer un R installé en conda pour une utilisation avec RStudio?

Comment configurer un R installé en conda pour une utilisation avec RStudio?

J'ai essayé de configurer ma R à l'aide de conda (éventuellement à utiliser avec Bécher ordinateur Portable) et je veux être en mesure d'utiliser RStudio avec mon conda-installé la version de R.

Ma méthode d'installation R:

conda install -c r r
conda install -c r r-essentials
conda install -c r r-rserve
conda install -c r r-devtools
conda install -c r r-rcurl
conda install -c r r-RJSONIO
conda install -c r r-jpeg
conda install -c r r-png
conda install -c r r-roxygen2
conda install --channel https://conda.anaconda.org/bioconda bioconductor-edger

J'ai couru cette version de R (j'ai seulement installé cette version)

> version
               _                           
platform       x86_64-apple-darwin11.0.0   
arch           x86_64                      
os             darwin11.0.0                
system         x86_64, darwin11.0.0        
status                                     
major          3                           
minor          3.1                         
year           2016                        
month          06                          
day            21                          
svn rev        70800                       
language       R                           
version.string R version 3.3.1 (2016-06-21)
nickname       Bug in Your Hair

De course R dans Jupyter est une sorte de buggy. Par exemple, quand il sort des erreurs, de sorties à stdout et divise chaque caractère de la chaîne avec un saut de ligne. Je veux utiliser RStudio mais je ne veux pas installer une autre version de R.

Comment puis-je parcours mon conda version de R dans RStudio?

Voici mon .bash_profile ne sais pas si cela sera utile:

$ cat ~/.bash_profile
# added by Anaconda3 4.0.0 installer
export PATH="/Users/jespinoz/anaconda/bin:$PATH"

export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/jespinoz/anaconda/bin/R

J'ai essayé de suivre ces tutoriels mais je suis perdu. Je ne suis vraiment pas trop familier avec les variables d'environnement et de telles choses.

(1) https://support.rstudio.com/hc/en-us/community/posts/207830688-Using-RStudio-with-conda

(2) Lancement de mac eclipse avec les variables d'environnement de jeu

quand j'ai regardé pour mon R il m'a dirigé vers:

$ which R
/Users/jespinoz/anaconda/bin/R

mais les directions à partir de (1) à l'aide de ce chemin qui est très déroutant:

/Users/jespinoz/anaconda/lib/R/bin/R

J'ai essayé de faire ce que ce gars a fait et a ajouté ça à mon .bash_profile mais il ne fonctionne pas. J'ai même fait une .bashrc mais il ne fonctionne toujours pas (je sourced fois après j'ai ajouté les lignes)

export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/jespinoz/anaconda/bin/R

Comment dire à RStudio pour utiliser la version R de l'Anaconda

Malheureusement, anaconda n'a pas de tutoriel pour cette https://docs.continuum.io/anaconda/ide_integration

source d'informationauteur O.rka

  1. 5

    Tant que which R montre un travail de R interprète (ce qu'il devrait faire si vous avez installé le r paquet de conda et activé votre environnement) puis de lancer rstudio à partir de ce même environnement doit ramasser l'amende juste.

    Pour un test, sur ArchLinuxj'ai construit et installé: https://aur.archlinux.org/packages/rstudio-desktop-git/

    .. alors la force enlevé la R interprète (pacman -Rdd r), puis installé r de conda (conda install -c r r) et il a bien fonctionné. Puis j'ai fermé le terminal et a ouvert un nouveau (de sorte que le bon conda environnement n'était pas activé et a lancé avec succès RStudio avec la commande suivante: RSTUDIO_WHICH_R=/home/ray/r_3_3_1-x64-3.5/bin/R rstudio

    Je pense que l'essentiel est de lancer RStudio du droit de l'environnement? Votre ~/.bash_profile et ~/.bashrc ne proviennent que lorsque vous exécutez bash. Pour les variables d'environnement pour être réglé de sorte que l'environnement de bureau en sait plus sur eux, sur Linux, vous devez les mettre dans ~/.profile ou ailleurs dans /etc/pam.d (vous pouvez avoir besoin de vous déconnecter ou de l'arrêt après avoir fait ces changements) et sur OS X, vous devriez vérifier https://apple.stackexchange.com/q/57385

  2. 8

    Voir https://anaconda.org/r/rstudio:

    $ conda install -c r rstudio

    Puis, à partir de la ligne de commande:

    $ rstudio

    (C'est la façon dont je l'ai installé et il fonctionne.)

  3. 1

    Mise à jour: AJOUTER À ~/.bash_profile !

    export RSTUDIO_WHICH_R="/Users/jespinoz/anaconda/bin/R"
launchctl setenv RSTUDIO_WHICH_R $RSTUDIO_WHICH_R

    Crédits à @Z-Shiyi pour la dernière ligne https://github.com/conda/conda/issues/3316#issuecomment-241246755

    Un ajout @Ray Donnelly dit ci-dessus. Fondamentalement, il doit être exécuté à partir de l'environnement correct (c'est à dire l'exécuter à partir de la borne).

    Vous pouvez soit:

    (A) Mettre ceci dans votre ~/.bash_profile
    export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/[yourusername]/anaconda/bin/R (si vous utilisez conda mais vous pouvez mettre n'importe quel R chemin)

    (B), puis tapez ceci dans le terminal après qu'il a été source (soit redémarrer le terminal ou ne source .bash_profile): open -a RStudio
    Cela devrait fonctionner.

    ou vous pouvez faire ce que j'ai fait:

    (A) ouvrir automator (désolé si vous n'êtes pas sur mac; cela ne fonctionne que sur mac)

    (B) l'utilisation d'un Run Shell Script

    (C) puis supprimer cat qui est déjà là et le mettre dans:

    export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/[yourusername]/anaconda/bin/R
    open -a RStudio

    (D) l'Enregistrer en tant que quelque chose comme run_rstudio.app alors juste l'exécuter et il devrait fonctionner:
    Comment configurer un R installé en conda pour une utilisation avec RStudio?

  4. 1

    Mise à jour: L'Anaconda à la Distribution de paquets de RStudio, donc vous devriez être en mesure de l'utiliser et ne pas avoir à sauter par tout cerceaux. Vous pouvez également l'installer directement l'Anaconda Navigator.