Comment définir l'utilisation ggplot2 de carte raster

Je voudrais faire un tracé à l'aide de R studio similaire à celui ci-dessous (créé à l'Arc Map)

J'ai essayé le code suivant:

# data processing
library(ggplot2)
# spatial
library(raster)
library(rasterVis)
library(rgdal)

#
test <- raster(paste(datafold,'oregon_masked_tmean_2013_12.tif',sep="")) # read the temperature raster
OR<-readOGR(dsn=ORpath, layer="Oregon_10N") # read the Oregon state boundary shapefile

gplot(test) +  
  geom_tile(aes(fill=factor(value),alpha=0.8)) + 
  geom_polygon(data=OR, aes(x=long, y=lat, group=group), 
               fill=NA,color="grey50", size=1)+
  coord_equal()

La sortie de ce code ressemble à ceci:

Comment définir l'utilisation ggplot2 de carte raster

Un couple de choses à noter. Tout d'abord, le bassin versant de fichiers sont manquants à partir de la version R. c'est très bien.

Deuxième, Le plus foncé sur fond gris dans le R de la parcelle est Pas de valeurs de Données. Dans l'Arc, ils ne s'affichent pas, mais dans le R elles s'affichent avec gplot. Ils ne s'affichent pas lorsque j'utilise "plot" de la trame du package:

plot(test)

Comment définir l'utilisation ggplot2 de carte raster

Mes questions sont les suivantes:

Comment puis-je me débarrasser de la dark gris NoData remplissez le gplot' exemple?
Comment puis-je définir la légende (barre de couleur) raisonnable (comme dans la ArcMap et raster 'complot' légendes?)
Comment puis-je contrôler la palette de couleurs?

À noter, j'ai essayé beaucoup de différentes versions de

scale_fill_brewer
scale_fill_manual
scale_fill_gradient

et ainsi de suite et ainsi de suite, mais j'ai des erreurs, par exemple

br <- seq(minValue(test), maxValue(test), len=8)

gplot(test)+
geom_tile(aes(fill=factor(value),alpha=0.8)) +

scale_fill_gradient(breaks = br,labels=sprintf("%.02f", br)) +

geom_polygon(data=OR, aes(x=long, y=lat, group=group), 
             fill=NA,color="grey50", size=1)+
coord_equal()

Regions defined for each Polygons
Error: Discrete value supplied to continuous scale

Enfin, une fois que j'ai une solution pour le tracé de l'une de ces cartes, je voudrais tracer plusieurs cartes sur une figure et de créer une seule barre de couleur pour l'ensemble du groupe (c'est à dire une barre de couleur pour toutes les cartes), et je voudrais être en mesure de contrôler l'emplacement de la barre de couleur est situé, et que la taille de la barre de couleur. Voici un exemple de ce que je peux faire avec la grille.arranger, mais je ne peux pas comprendre comment mettre une seule barre de couleur:

r1 <- test
r2 <- test
r3 <- test
r4 <- test
colr <- colorRampPalette(rev(brewer.pal(11, 'RdBu')))
l1 <- levelplot(r1, 
margin=FALSE,                       
colorkey=list(
space='bottom',                   
labels=list(at=-5:5, font=4),
axis.line=list(col='black')       
),    
par.settings=list(
axis.line=list(col='transparent') 
),
scales=list(draw=FALSE),            
col.regions=viridis,                   
at=seq(-5, 5, len=101)) +           
layer(sp.polygons(oregon, lwd=3))
l2 <- levelplot(r2, 
margin=FALSE,                       
colorkey=list(
space='bottom',                   
labels=list(at=-5:5, font=4),
axis.line=list(col='black')       
),    
par.settings=list(
axis.line=list(col='transparent') 
),
scales=list(draw=FALSE),            
col.regions=viridis,                   
at=seq(-5, 5, len=101)) +           
layer(sp.polygons(oregon, lwd=3))
l3 <- levelplot(r3, 
margin=FALSE,                       
colorkey=list(
space='bottom',                   
labels=list(at=-5:5, font=4),
axis.line=list(col='black')       
),    
par.settings=list(
axis.line=list(col='transparent') 
),
scales=list(draw=FALSE),            
col.regions=viridis,                   
at=seq(-5, 5, len=101)) +           
layer(sp.polygons(oregon, lwd=3))
l4 <- levelplot(r4, 
margin=FALSE,                       
colorkey=list(
space='bottom',                   
labels=list(at=-5:5, font=4),
axis.line=list(col='black')       
),    
par.settings=list(
axis.line=list(col='transparent') 
),
scales=list(draw=FALSE),            
col.regions=viridis,                   
at=seq(-5, 5, len=101)) +           
layer(sp.polygons(oregon, lwd=3))
grid.arrange(l1, l2, l3, l4,nrow=2,ncol=2) #use package gridExtra

La sortie est ceci:

Comment définir l'utilisation ggplot2 de carte raster

Le fichier de formes et de fichier raster sont disponibles sur le lien suivant:

https://drive.google.com/open?id=0B5PPm9lBBGbDTjBjeFNzMHZYWEU

Merci beaucoup à l'avance.

devtools::session_info()
Session d'info ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
valeur de réglage

la version R version 3.1.1 (2014-07-10)
système x86_64, darwin10.8.0

interface RStudio (0.98.1103)

langue (FR)

rassembler en_US.UTF-8

tz America/Los_Angeles

Paquets -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
package * date de la version source

bitops 1.0-6 2013-08-17 CRAN (R 3.1.0)
palette 1.2-6 2015-03-11 CRAN (R 3.1.3)
devtools 1.8.0 2015-05-09 CRAN (R 3.1.3)
digest de la version 0.6.4 2013-12-03 CRAN (R 3.1.0)
ggplot2 * 1.0.1 2015-03-17 CRAN (R 3.1.3)
ggthemes * 2.1.2 2015-03-02 CRAN (R 3.1.3)
git2r 0.10.1 l'a 2015-05-07 CRAN (R 3.1.3)
gridExtra 0.9.1 2012-08-09 CRAN (R 3.1.0)
gtable 0.1.2 2012-12-05 CRAN (R 3.1.0)
hexbin * 1.26.3 2013-12-10 CRAN (R 3.1.0)
treillis * 0.20-29 2014-04-04 CRAN (R 3.1.1)
latticeExtra * 0.6-26 2013-08-15 CRAN (R 3.1.0)
magrittr 1.5 2014-11-22 CRAN (R 3.1.2)
MASSE 7.3-33 2014-05-05 CRAN (R 3.1.1)
memoise 0.2.1 2014-04-22 CRAN (R 3.1.0)
munsell 0.4.2 2013-07-11 CRAN (R 3.1.0)
plyr 1.8.2 2015-04-21 CRAN (R 3.1.3)
proto 0.3-10 2012-12-22 CRAN (R 3.1.0)
raster * 2.2-31 2014-03-07 CRAN (R 3.1.0)
rasterVis * 0.28 2014-03-25 CRAN (R 3.1.0)
RColorBrewer * 1.0-5 2011-06-17 CRAN (R 3.1.0)
Rcpp 0.11.2 2014-06-08 CRAN (R 3.1.0)
RCurl de 1,95 4.6 2015-04-24 CRAN (R 3.1.3)
reshape2 1.4.1 2014-12-06 CRAN (R 3.1.2)
rgdal * 0.8-16 2014-02-07 CRAN (R 3.1.0)
rversions 1.0.0 2015-04-22 CRAN (R 3.1.3)
les échelles * 0.2.4 2014-04-22 CRAN (R 3.1.0)
sp * 1.0-15 2014-04-09 CRAN (R 3.1.0)
stringi 0.4-1 2014-12-14 CRAN (R 3.1.2)
stringr 1.0.0 2015-04-30 CRAN (R 3.1.3)
viridis * 0.3.1 2015-10-11 CRAN (R 3.2.0)
XML 3.98-1.1 2013-06-20 CRAN (R 3.1.0)
zoo de 1,7-11 2014-02-27 CRAN (R 3.1.0)

quelle est la raison pour laquelle vous souhaitez utiliser ggplot pour cela?
Je ne suis pas commis à l'aide de ggplot mais en général, j'aime ggplot et je suis en train de l'apprendre donc je voudrais être en mesure de produire des parcelles avec des ggplot efficacement. N'hésitez pas à partager d'autres solutions. Je vous remercie.
veuillez identifier ce qui ne fonctionne pas. Peut-être que vous êtes aux prises avec le fait que j'ai inclus quelques chemins absolus qui ne sera évidemment pas le travail de quelqu'un d'autre de la machine. J'ai inclus un lien vers les données réelles à la fin de mon message. Si vous mettez les données dans un dossier et remplacer les chemins avec le chemin d'accès à votre dossier, il doit travailler. Je ne suis pas assez habile avec R pour générer les données à partir de zéro.
Des excuses. J'ai négligé de vérifier que rasterVis a été chargé sur mon nouveau système.

InformationsquelleAutor mr. cooper | 2015-10-20

18

Voici comment j'allais le faire, avec rasterVis::levelplot:

Charge choses:
```
library(rgdal)
library(rasterVis)
library(RColorBrewer)
```
Lire des choses:
```
oregon <- readOGR('.', 'Oregon_10N')
r <- raster('oregon_masked_tmean_2013_12.tif')
```
Définir une couleur de la rampe de la palette (ou un vecteur de couleurs avec une longueur de 1 plus court que le nombre de sauts pour la couleur de la rampe définie avec le at argument ci-dessous).
```
colr <- colorRampPalette(brewer.pal(11, 'RdYlBu'))
```
Parcelle choses:
```
levelplot(r, 
margin=FALSE,                       # suppress marginal graphics
colorkey=list(
space='bottom',                   # plot legend at bottom
labels=list(at=-5:5, font=4)      # legend ticks and labels 
),    
par.settings=list(
axis.line=list(col='transparent') # suppress axes and legend outline
),
scales=list(draw=FALSE),            # suppress axis labels
col.regions=colr,                   # colour ramp
at=seq(-5, 5, len=101)) +           # colour ramp breaks
layer(sp.polygons(oregon, lwd=3))           # add oregon SPDF with latticeExtra::layer
```
Vous pourriez réellement envie de la légende de contour (y compris ses tiques) tracées, dans ce cas, ajoutez axis.line=list(col='black') à la liste des colorkey args. Cela est nécessaire pour remplacer la suppression générale des boîtes causée par par.settings=list(axis.line=list(col='transparent')):
```
levelplot(r, 
margin=FALSE,                       
colorkey=list(
space='bottom',                   
labels=list(at=-5:5, font=4),
axis.line=list(col='black')       
),    
par.settings=list(
axis.line=list(col='transparent') 
),
scales=list(draw=FALSE),            
col.regions=colr,                   
at=seq(-5, 5, len=101)) +           
layer(sp.polygons(oregon, lwd=3))                  
```
Je suis d'accord avec @hrbrmstr que viridis est souvent un rampe mieux utiliser, en dépit de l'être-à mon avis-un peu laid. Les principaux avantages par rapport à quelque chose comme ColorBrewer de RdYlBu sont que les couleurs sont encore distinctes lorsque désaturé, et les différences de coloration de mieux refléter les différences dans les valeurs. Je crois que RdYlBu est parfaitement accessible pour la Deutéranopie/Protanopie/Tritanopie de daltonisme, cependant.

Voici la viridis version:
```
library(viridis)
levelplot(r, 
margin=FALSE,                       
colorkey=list(
space='bottom',                   
labels=list(at=-5:5, font=4),
axis.line=list(col='black')       
),    
par.settings=list(
axis.line=list(col='transparent') 
),
scales=list(draw=FALSE),            
col.regions=viridis,                   
at=seq(-5, 5, len=101)) +           
layer(sp.polygons(oregon, lwd=3))
```
MODIFIER

En réponse à l'OP est question, ici, est de savoir comment l'intrigue de plusieurs rasters comme demandé.

En supposant que tous les fichiers ont la même mesure, la résolution, projections, etc., vous pouvez les empiler dans un RasterStack, et ensuite utiliser levelplot sur la pile. Vous pouvez passer width comme un élément de la liste transmise à colorkey de contrôle de la légende de la hauteur ("largeur" est un peu contre-intuitif, mais par défaut, les légendes sont à la verticale). Si vous souhaitez supprimer la bande d'étiquettes au-dessus de chaque panneau (comme je l'ai fait ci-dessous - par défaut, ils sont étiquetés avec la pile de noms de couche [voir names(s)]), vous pouvez ajouter strip.border et strip.background à la liste transmise à par.settings.
```
s <- stack(r, r*0.8, r*0.6, r*0.4)
levelplot(s, 
margin=FALSE,                       
colorkey=list(
space='bottom',                   
labels=list(at=-5:5, font=4),
axis.line=list(col='black'),
width=0.75
),    
par.settings=list(
strip.border=list(col='transparent'),
strip.background=list(col='transparent'),
axis.line=list(col='transparent')
),
scales=list(draw=FALSE),            
col.regions=viridis,                   
at=seq(-5, 5, len=101),
names.attr=rep('', nlayers(s))) +           
layer(sp.polygons(oregon, lwd=3))
```
- J'aime vraiment le levelplot solution, même si ma question est spécifique à l'utilisation de ggplot et/ou gplot. Pouvez-vous modifier votre solution pour montrer comment j'ai pu parcelle quatre de ces cartes de température dans une intrigue secondaire avec une seule barre de couleur le long du fond et de contrôler les dimensions de la barre de couleur, de sorte que la barre de couleur n'est pas tout à fait à la hauteur et il s'étend sur le fond de l'intrigue? Je suis l'ajout d'un exemple de ce que j'ai fait à l'aide de la grille.organiser à mon post original en combinaison avec votre solution, mais vous verrez que il y a colorbars pour chaque figure.
- Une autre solution pour supprimer les étiquettes des rectangles est à l'aide de la rasterTheme fonction: myTheme <- rasterTheme(region = viridis(n = 9)); myTheme$axis.list$col <- 'transparent'. Ensuite, vous utilisez par.settings = myTheme à l'intérieur de la levelplot appel.
InformationsquelleAutor jbaums
34
```
library(ggplot2)
library(raster)
library(rasterVis)
library(rgdal)
library(grid)
library(scales)
library(viridis)  # better colors for everyone
library(ggthemes) # theme_map()
datafold <- "/path/to/oregon_masked_tmean_2013_12.tif"
ORpath <- "/path/to/Oregon_10N.shp"
test <- raster(datafold) 
OR <- readOGR(dsn=ORpath, layer="Oregon_10N") 
```
Vous n'avez pas inclure tout ce que vous utilisiez pour faire test j'ai donc fait ceci:
```
test_spdf <- as(test, "SpatialPixelsDataFrame")
test_df <- as.data.frame(test_spdf)
colnames(test_df) <- c("value", "x", "y")
```
Et, ensuite, c'est juste une question d'envoyer que + le shapefile de ggplot2:
```
ggplot() +  
geom_tile(data=test_df, aes(x=x, y=y, fill=value), alpha=0.8) + 
geom_polygon(data=OR, aes(x=long, y=lat, group=group), 
fill=NA, color="grey50", size=0.25) +
scale_fill_viridis() +
coord_equal() +
theme_map() +
theme(legend.position="bottom") +
theme(legend.key.width=unit(2, "cm"))
```
Il va travailler avec n'importe quel permanent de la température à l'échelle maintenant, tho. Viridis est juste l'un des meilleurs à venir autour dans un très long moment.

Vous pouvez utiliser les options suivantes si vous devez utiliser gplot:
```
gplot(test) +  
geom_tile(aes(x=x, y=y, fill=value), alpha=0.8) + 
geom_polygon(data=OR, aes(x=long, y=lat, group=group), 
fill=NA, color="grey50", size=0.25) +
scale_fill_viridis(na.value="white") +
coord_equal() +
theme_map() +
theme(legend.position="bottom") +
theme(legend.key.width=unit(2, "cm"))
```
- aucune de ces solutions ne fonctionne pour moi. Pour la première solution, j'obtiens l'erreur "ggplot2 ne pas savoir comment traiter avec les données de la classe RasterLayer", et pour la solution 2, j'obtiens une erreur pour la theme_map "Erreur: l'objet "theme_map" introuvable". J'ai chargé "ggthemes"
- c'est super-facile à faire que dans le champs commentaires (j'ai désespérément de le faire tout le temps). ajouter un library(ggthemes) pour la deuxième question (je vais mettre à jour le post). pour le premier que j'ai transformé votre test objet différemment.
- en fait, j'ai eu library(ggthemes) dans le poste, vous devez le faire pour theme_map
- Je suis en train de travailler sur un Mac. Je viens d'essayer votre solution sur une machine windows, et il fonctionne très bien. Aucune idée pourquoi theme_map renvoyait une erreur sur un mac? Est le ggthemes bibliothèque différent pour le Mac build?
- J'utilise un Mac à peu près exclusivement (linux lorsqu'il n'est pas sur un Mac). Vous pouvez poster à la sortie de devtools::session_info() à votre question de départ?
- Faire revivre un ancien ici, mais aucune raison de ne pas utiliser geom_raster au lieu de geom_tile de nos jours? Je crois que c'est censé être plus rapide: stackoverflow.com/questions/8674494/...
- Pour certains cas d'utilisation, il est certainement beaucoup plus rapide.
InformationsquelleAutor hrbrmstr
2

C'est la solution de facilité en utilisant ggplot:
```
scale_fill_gradientn(colours = terrain.colors(4),limits=c(0,1),  
space = "Lab",name=paste("Probability \n"),na.value = NA)
```
Dans scale_fill_gradientn (devrait également fonctionner pour les scale_file_gradient), jeu na.valeur = NA.

InformationsquelleAutor Mio_Mio_Mate

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