Comment faire pour enregistrer la sortie de python comme tsv

Je suis en utilisant biopython paquet et je voudrais enregistrer le résultat comme fichier tsv. Cette sortie de l'imprimé à l'tsv.

for record in SeqIO.parse("/home/fil/Desktop/420_2_03_074.fastq", "fastq"):
    print ("%s %s %s" % (record.id,record.seq, record.format("qual")))

Merci.

OriginalL'auteur Vonton | 2015-04-27

  1. 4

    Qui est assez simple , au lieu de l'impression qu'il vous faut pour écrire dans un fichier.

    with open("records.tsv", "w") as record_file:
    for record in SeqIO.parse("/home/fil/Desktop/420_2_03_074.fastq", "fastq"):
        record_file.write("%s %s %s\n" % (record.id,record.seq, record.format("qual")))

    Et si vous souhaitez nommer les différentes colonnes dans le fichier, puis vous pouvez utiliser:

    record_file.write("Record_Id    Record_Seq    Record_Qal\n")

    Donc le code complet peut ressembler à:

    with open("records.tsv", "w") as record_file:
    record_file.write("Record_Id    Record_Seq    Record_Qal\n")
    for record in SeqIO.parse("/home/fil/Desktop/420_2_03_074.fastq", "fastq"):
        record_file.write(str(record.id)+"  "+str(record.seq)+"  "+ str(record.format("qual"))+"\n")

    OriginalL'auteur ZdaR

  2. 16

    Ma solution préférée consiste à utiliser le CSV module. C'est un module standard, de sorte que:

    • Quelqu'un d'autre a déjà fait tout le levage lourd.
    • Il permet de tirer parti de toutes les fonctionnalités de la CSV module.
    • Vous pouvez être assez confiant, il fonctionnera comme prévu (pas toujours le cas quand j'écris moi-même).
    • Vous n'allez pas avoir à réinventer la roue, que ce soit lors de l'écriture du fichier ou lorsque vous lisez de nouveau dans à l'autre bout (je ne sais pas votre format d'enregistrement, mais si l'un de vos enregistrements contient un TAB, CSV échappera correctement pour vous).
    • Il sera plus facile de soutien quand la prochaine personne a aller en pour mettre à jour le code de 5 ans après avoir quitté l'entreprise.

    L'extrait de code suivant devrait faire l'affaire pour vous:

    #! /bin/env python3
import csv
with open('records.tsv', 'w') as tsvfile:
    writer = csv.writer(tsvfile, delimiter='\t', newline='\n')
    for record in SeqIO.parse("/home/fil/Desktop/420_2_03_074.fastq", "fastq"):
        writer.writerow([record.id, record.seq, record.format("qual")])

    Noter que c'est pour Python 3.x. Si vous utilisez 2.x, le open et writer = ... sera légèrement différente.

    En Python 2.7, remplacer le newline mot-clé avec lineterminator: docs.python.org/2/library/csv.html#csv.Dialect.lineterminator

    OriginalL'auteur Doug R.

  3. 3

    Si vous souhaitez utiliser le .tsv à l'étiquette de votre mot plongements dans TensorBoard, utilisez l'extrait de code suivant. Il utilise le CSV module (voir Doug répondre).

    # /bin/env python3
import csv

def save_vocabulary():
    label_file = "word2context/labels.tsv"
    with open(label_file, 'w', encoding='utf8', newline='') as tsv_file:
        tsv_writer = csv.writer(tsv_file, delimiter='\t', lineterminator='\n')
        tsv_writer.writerow(["Word", "Count"])
        for word, count in word_count:
            tsv_writer.writerow([word, count])

    word_count est une liste de tuples comme ceci:

    [('the', 222594), ('to', 61479), ('in', 52540), ('of', 48064) ... ]

    OriginalL'auteur Domi W

  4. 1

    Le fragment de code suivant:

    from __future__ import print_function
with open("output.tsv", "w") as f:
  print ("%s\t%s\t%s" % ("asd", "sdf", "dfg"), file=f)
  print ("%s\t%s\t%s" % ("sdf", "dfg", "fgh"), file=f)

    Donne un fichier output.tsv contenant 

    asd    sdf    dfg
sdf    dfg    fgh

    Donc, dans votre cas:

    from __future__ import print_function
with open("output.tsv", "w") as f:
  for record in SeqIO.parse("/home/fil/Desktop/420_2_03_074.fastq", "fastq"):
    print ("%s %s %s" % (record.id,record.seq, record.format("qual")), file=f)

    OriginalL'auteur EvenLisle

  5. 0

    Je préfère utiliser join() dans ce type de code:

    for record in SeqIO.parse("/home/fil/Desktop/420_2_03_074.fastq", "fastq"):
    print ( '\t'.join((str(record.id), str(record.seq), str(record.format("qual"))) )

    L'onglet' est \t et la fonction join prend la (3) les arguments et les imprime avec un onglet entre les deux.

    La question est à propos de l'écriture du contenu d'un fichier.

    OriginalL'auteur philshem