comment faire pour supprimer les avertissements lors de la représentation avec ggplot

Lors du passage de valeurs manquantes pour ggplot, il est très gentil et nous avertit qu'ils sont présents. Ce qui est acceptable dans une session interactive, mais lors de l'écriture de rapports, vous n'avez pas la sortie d'obtenir encombré avec des avertissements, surtout si il ya beaucoup d'entre eux. L'exemple ci-dessous a une étiquette manquante, ce qui produit un avertissement.

library(ggplot2)
library(reshape2)
mydf <- data.frame(
  species = sample(c("A", "B"), 100, replace = TRUE), 
  lvl = factor(sample(1:3, 100, replace = TRUE))
)
labs <- melt(with(mydf, table(species, lvl)))
names(labs) <- c("species", "lvl", "value")
labs[3, "value"] <- NA
ggplot(mydf, aes(x = species)) + 
   stat_bin() + 
   geom_text(data = labs, aes(x = species, y = value, label = value, vjust = -0.5)) +
   facet_wrap(~ lvl)

Si nous envelopper suppressWarnings autour de la dernière expression, on obtient un résumé de la façon dont de nombreuses mises en garde, il y avait. Pour les besoins de la discussion, disons que ce n'est pas acceptable (mais il est en effet très honnête et correcte). Comment (complètement) supprimer les avertissements lors de l'impression d'un ggplot2 objet?

Puisque vous parlez de reporting: vous pouvez supprimer les avertissements de sortie dans knitr.
Merci @DieterMenne je vais explorer cette option. Comment avez-vous su que j'étais un fan de tricot? 🙂

InformationsquelleAutor Roman Luštrik | 2012-11-08

ggplot2 r

44

Plus ciblée, parcelle par parcelle approche serait d'ajouter na.rm=TRUE de votre parcelle appels.
E. g.:
```
  ggplot(mydf, aes(x = species)) + 
      stat_bin() + 
      geom_text(data = labs, aes(x = species, y = value, 
                                 label = value, vjust = -0.5), na.rm=TRUE) +
      facet_wrap(~ lvl)
```
- +1 Belle réponse. C'est toujours mieux de s'attaquer aux causes profondes des avertissements et de traiter avec ceux-ci, plutôt que de supprimer les mises en garde.
- +1 d'Accord avec @Andrie, bien que je trouve cela rassurant pour obtenir l'avertissement sur les valeurs manquantes - il m'aide à vérifier qu'il est en train de faire la bonne chose. Non pas que je n'ai pas confiance Hadley bien sûr.
- Toutes les bonnes solutions, mais celle-ci prend le prix.
- Pour info: Pour stat_smooth cette technique ne fonctionne pas. (bug)
InformationsquelleAutor metasequoia
48

Vous devez suppressWarnings() autour de la print() appel, non pas à la création de la ggplot() objet:
```
R> suppressWarnings(print(
+ ggplot(mydf, aes(x = species)) + 
+    stat_bin() + 
+    geom_text(data = labs, aes(x = species, y = value, 
+                               label = value, vjust = -0.5)) +
+    facet_wrap(~ lvl)))
R> 
```
Il pourrait être plus facile d'affecter le tracé final à un objet, puis print().
```
plt <- ggplot(mydf, aes(x = species)) + 
   stat_bin() + 
   geom_text(data = labs, aes(x = species, y = value,
                              label = value, vjust = -0.5)) +
   facet_wrap(~ lvl)


R> suppressWarnings(print(plt))
R> 
```
La raison pour laquelle le comportement est que les avertissements ne sont générés que lorsque la parcelle est en fait établi, et non pas lorsque l'objet représentant l'intrigue est créé. R automatique d'impression pendant l'utilisation interactive, alors qu'
```
R> suppressWarnings(plt)
Warning message:
Removed 1 rows containing missing values (geom_text).
```
ne fonctionne pas car, en effet, que vous appelez print(suppressWarnings(plt)), alors que
```
R> suppressWarnings(print(plt))
R>
```
fonctionne parce que suppressWarnings() pouvez capturer les avertissements découlant de l' print() appel.
- Intéressant de voir comment les appeler explicitement print fonctionne mais pas quand c'est fait de façon implicite par l'appel de ggplot et de ne pas l'affecter à un objet.
- C'est parce que l'appel est quelque chose comme print(suppressWarnings(plt)) où vous voulez suppressWarnings(print(plt)) ou j'ai oublié ce que vous vouliez dire?
- Oui, vous l'avez cloué. Je ne pense pas assez dur sur la façon de l'impression est appelé implicitement.
InformationsquelleAutor Reinstate Monica - G. Simpson
22

Dans votre question, vous mentionnez la rédaction de rapports, de sorte qu'il pourrait être préférable de définir le mondial niveau d'avertissement:
```
options(warn=-1)
```
la valeur par défaut est:
```
options(warn=0)
```
InformationsquelleAutor csgillespie

Vous devez vous connecter pour publier un commentaire.