comment le modèle imbriqué à effets aléatoires dans le package nlme

J'ai deux facteurs dans le modèle linéaire mixte. Le facteur A est traité comme effet fixe, le facteur B est traité comme effet aléatoire et imbriqués dans le facteur A. quelqu'un Peut me dire comment faire cela en utilisant nlme package R?

Je sais que lme( response~ factorA, random=~1|factorA/factorB) est une manière de modèle. cependant, cette fonction traiter le facteur A comme effet aléatoire.

Pourquoi ne serait-ce pas simplement être: lme( response~ factorA, random=~1|factorB)?
le facteur B est emboîté dans le facteur A.
Droit, mais comment est-ce différent que de spécifier le facteur A aussi aléatoire?
personne n'a indiqué aucun facteur aléatoire. Seulement l'ordonnée à l'origine est indiquée comme aléatoire, dans certains facteur. DWin première suggestion semble raisonnable si vous voulez l'ordonnée à l'origine aléatoire à tous les niveaux de factorB
Peut-être vous avez besoin de décrire, en anglais, votre étude un peu plus clairement, il n'est donc pas un jeu de devinettes.

OriginalL'auteur Colin | 2013-05-09

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Il semble que vous avez données structurées telles que les observations de personnes sont imbriquées à l'intérieur des groupes qui sont identifiés par factorB. Ces groupes sont imbriqués dans des groupes plus grands identifiés par factorA. Vous ne voulez pas que le plus haut niveau de cette hiérarchie pour avoir son propre aléatoire intercepter terme. Au lieu de cela vous avez juste le modèle de variation avec le facteur compris comme un effet fixe. Des beaux. Alors qu'est-ce que la gauche est de permettre l'interception de varier à travers le factorB. C'est précisément ce que DWin suggéré.
```
lme(response ~ factorA, random=~1|factorB)
```
Ce n'est pas tout à fait clair que c'est vraiment ce que vous voulez, cependant. Il n'est également pas clair ce que la structure réelle de vos données est de la question que vous avez écrit. Si vous mettez à jour la question, je mettrai à jour cette réponse en fonction de.

OriginalL'auteur ndoogan
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Cela dépend de la façon dont les variables sont codées. Vous pourriez avoir des noms distincts pour les variables dans factorB, comme ceci; ensuite, il suffit d'avoir factorB comme un effet de hasard, est suffisante.
```
factorA  factorB
bob      bob1
bob      bob2
bob      bob3
jane     jane1
jane     jane2
jane     jane3

lme(response ~ factorA, random=~1|factorB)
```
Mais vous pourriez avoir le même codage pour les variables dans factorB pour chaque niveau de factorA, comme ceci; ensuite, il suffit d'avoir factorB comme un effet aléatoire n'est pas correct; vous devez plutôt de l'effet aléatoire à l'interaction entre eux, je pense que le code à l'aide : pourrait fonctionner, mais il peut être plus lisible de faire une nouvelle variable.
```
factorA  factorB
bob      rep1
bob      rep2
bob      rep3
jane     rep1
jane     rep2
jane     rep3

lme(response ~ factorA, random=~1|factorA:factorB)

dat$factorAB <- with(dat, factor(paste(factorA, factorB), sep="."))
lme(response ~ factorA, random=~1|factorAB)
```
Je pense que dat$factorAB <- with(dat, factor(paste(factorA, factorB), sep=".")) est le même que factorA:factorB à part le personnage qui va séparer les combinaisons.
Aussi, si factorB identifie de manière unique chaque point de données (qui je reconnais que nous ne savons pas), permettant ensuite un paramètre de varier à travers ce facteur est de dupliquer l'erreur résiduelle à long terme (c'est à dire probablement pas autorisé).
A propos de @ndoogan premier commentaire: Oui, : et paste ont des résultats très similaires, bien que : rend les niveaux pour chaque combinaison des deux, même si cette combinaison n'existe pas. Je pense que l'utilisation : dans la formule fonctionne, mais il faut vérifier que tous les niveaux supplémentaires, de ne pas causer un problème, ainsi que de s'assurer que la formule de mécanisme de poignées : de façon appropriée.
deuxième commentaire, c'est sur: mon exemple d'ensemble de données devrait inclure plusieurs lignes pour chaque combinaison, le contraire de l'effet aléatoire est inutile et selon le logiciel, il va échouer.
Merci, cela répond à ma question.

OriginalL'auteur Aaron

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