Comment lire les fichiers HDF5 en Python

Je suis en train de lire des données à partir de hdf5 fichier en Python. Je peux lire le hdf5 fichier à l'aide de h5pymais je ne peux pas comprendre comment accéder à des données dans le fichier.

Mon code

import h5py    
import numpy as np    
f1 = h5py.File(file_name,'r+')

Cela fonctionne et que le fichier est en lecture. Mais comment puis-je accéder aux données à l'intérieur de l'objet fichier f1?

source d'informationauteur Sameer Damir | 2015-01-27

  1. 42

    Lire HDF5

    import h5py
filename = 'file.hdf5'
f = h5py.File(filename, 'r')

# List all groups
print("Keys: %s" % f.keys())
a_group_key = list(f.keys())[0]

# Get the data
data = list(f[a_group_key])

    Écrire HDF5

    #!/usr/bin/env python
import h5py

# Create random data
import numpy as np
data_matrix = np.random.uniform(-1, 1, size=(10, 3))

# Write data to HDF5
data_file = h5py.File('file.hdf5', 'w')
data_file.create_dataset('group_name', data=data_matrix)
data_file.close()

    Voir h5py docs pour plus d'informations.

    Alternatives

    Pour votre application, les éléments suivants pourraient être importantes:

    • De soutien par d'autres langages de programmation
    • De lecture /écriture de la performance
    • Compacité (taille du fichier)

    Voir aussi: Comparaison des formats de sérialisation de données

    Dans le cas où vous êtes plutôt à la recherche d'un moyen de faire des fichiers de configuration, vous pouvez lire mon article court Les fichiers de Configuration en Python

  2. 10

    vous pouvez utiliser les Pandas.

    import pandas as pd
pd.read_hdf(filename,key)
  3. 2

    De la lecture du fichier 

    import h5py

data = h5py.file(file_name, mode)

    L'étude de la structure du fichier à l'impression que HDF5 groupes sont présents

    for key in data.keys():
    print(key) #Names of the groups in HDF5 file.

    Extraire les données

    #Get the HDF5 group
group = data[key]

#Checkout what keys are inside that group.
for key in group.keys():
    print(key)

data = group[some_key_inside_the_group].value
#Do whatever you want with data
  4. 1

    Ce que vous devez faire est de créer un jeu de données. Si vous jetez un oeil au guide de démarrage rapide, il vous indique que vous devez utiliser le fichier d'objet afin de créer un ensemble de données. Donc, f.create_dataset et puis vous pouvez lire les données. C'est expliqué dans le docs.