Comment mettre en cache=FALSE pour un knitr markdown document et remplacer le code chunk paramètres?

Je comprends que je peux utiliser le cache=TRUE option de mise en cache d'un R code de morceau à l'aide de R Markdown avec knitr. E. g., Il pourrait ressembler à quelque chose comme ceci:

```{r longanalysis, cache=TRUE}
for (i in 1:5000) {
    lm((i+1)~i)
}
```

Et je me rends compte que Si je voulais désactiver le cache pour cette analyse que je pouvais changer l'option de cache=FALSE dans le code chunk. Cependant, si j'ai beaucoup de R code des morceaux avec le cache activé, cela nécessiterait une minutieuse opération de rechercher et remplacer.

Question

  • Est-il un moyen de temporairement le réglage de cache=FALSE pour un ensemble de R Markdown document?

Commentaires

J'ai vu cet exemple où la première ligne est. Donc, j'imagine que c'est un moyen de réglage de paramètre global, mais je pense que local remplacer les paramètres de paramètres globaux.

`r opts_chunk$set(fig.width=5, fig.height=5, fig.path='')`
InformationsquelleAutor Jeromy Anglim | 2012-05-17
  1. 33

    Il semble que la valeur par défaut est définie sur FALSE et locales morceau options remplacent les options globales, mais une chose que vous pourriez faire est de définir les options globales de cache par défaut en ajoutant ceci au début de votre document

    `r opts_chunk$set(cache=TRUE)`

    Alors que les sections que vous ne voulez pas mis en cache jamais vous permettrait de définir explicitement les sections de cache=FALSE.

    Alors si vous souhaitez définir l'ensemble du document pour ne cache rien de ce que vous pourriez changer l'option à FALSE et relancez-le.

    Le problème est que le cas échéant de la partie options de cache=VRAI alors ceux qui vont remplacer le paramètre par défaut et de ne pas être ré-si vous définissez l'option à FALSE. Donc, je pense que la seule façon d'obtenir ce que vous voulez, c'est de modifier la valeur par défaut de cache=TRUE, définir explicitement les morceaux que vous ne souhaitez pas mis en cache pour avoir cache=FAUX, et puis vous pouvez passer l'option à FALSE pour faire ce que vous voulez, quand le temps se produit.

    • Merci pour l'aide. Cependant, je pense que je viens de résoudre mon problème. Je suis restée bloquée sur l'idée qu'il devait être un paramètre. Mais vraiment tout ce qui est nécessaire est de supprimer le contenu du dossier cache.
    • Que serait-il le faire aussi. Je préfère encore avoir tout mis en cache par défaut et comme un avantage supplémentaire le problème que vous avez eu peut être résolu sans avoir à naviguer dans le dossier et supprimer le dossier cache.
    • Merci. Je vais vous donner deux façons d'essayer. Je suis nouveau à la mise en cache. Je suppose qu'il s'agit d'un compromis. Combien de fois avez-vous changer dans le code des morceaux qui ont des effets déjà exécuté des morceaux. Comment lent, c'est le code. Combien de fois avez-vous besoin de tricot pour HTML. etc.
    • Vrai - mais, même si un morceau est mis en cache si vous apportez une modification, alors il devrait être relancé. La seule chose que je n'ai pas de cache est généralement de charger les packages parce que si vous cache ces appels puis les choses se faire massacrer.
    • Je pense que Dason la solution est ce que l'on devrait normalement le faire. La question se résume global vs local morceau options, et opts_chunk$set() est la réponse. Retrait du cache du répertoire de sons brutaux, mais il est également valable 🙂
    InformationsquelleAutor Dason
  2. 16

    Supprimer le cache de l'option

    knitr crée un répertoire pour stocker les objets mis en cache. Par défaut, il est appelé cache.
    Pour s'assurer que toutes les analyses sont exécutées indépendamment du code des morceaux cache réglage, il suffit de supprimer le contenu du répertoire de cache.

    Ainsi, dans Rstudio sur Linux

    1. Aller au menu Tools - Shell ouvrir une console dans le répertoire contenant le fichier markdown.
    2. Entrez la commande rm cache/*

    Un flux de production de base

    C'est mon flux de production de base au moment

    • Si le tricot est rapide (par exemple, moins de 10 secondes), ne met pas en cache.
    • Si le tricot est de prendre un certain temps (par exemple, plus de 10 secondes), ajouter `r opts_chunk$set(cache=TRUE)` à la R Markdown fichier.
    • Si la mise en cache est à l'origine des problèmes et à tricoter est relativement rapide (par exemple, en vertu de quelques minutes), supprimer l'intégralité du cache.
    • Si la mise en cache est à l'origine des problèmes et le tricot prend du temps (par exemple, plusieurs minutes ou heures), le nom de R code de morceaux et de l'utilisation de la dependson dans knitr. De nommage permet également la suppression sélective de nommé R code des morceaux dans le répertoire de cache.
    • Tools > Shell semble ouvrir une console dans le répertoire de travail actuel de la r de la console interactive. Cela peut différer de l'emplacement du répertoire contenant le fichier markdown, qui est l'endroit où le cache est stocké.
    InformationsquelleAutor Jeromy Anglim
  3. 12

    Trop tard une fois que vous avez créé le document, mais pour l'avenir de documents, vous pouvez envisager d'utiliser le fait que les paramètres sont évalués par knitr. Cela signifie que vous pouvez avoir des choses comme:

    ```{r data.loading.chunk1, cache = cachedata}
blah blah
```
blah blah

```{r model.fitting.chunk1, cache = cachemodels}
blah blah
```

    Puis, au sommet du document que j'ai quelque chose comme:

    ```{r libraries.etc, echo=FALSE, results='hide', message=FALSE}
cachedata = TRUE
cachemodels = TRUE
```

    Qui permet de désactiver rapidement sur une nouvelle mise en mémoire cache pour un grand nombre de morceaux à la fois.

    InformationsquelleAutor Corone