Comment puis-je afficher une image à partir d'un fichier dans Jupyter Portable?

Je voudrais utiliser un IPython notebook comme une façon interactive d'analyser certains génome graphiques que je fais avec Biopython de GenomeDiagram module. Bien qu'il existe une vaste documentation sur la façon d'utiliser matplotlib pour obtenir des graphiques en ligne dans IPython notebook, GenomeDiagram utilise le ReportLab guide, je ne pense pas pris en charge pour les graphiques dans IPython.

Je pensais, cependant, qu'un moyen de contourner ce serait d'écrire l'intrigue/génome diagramme dans un fichier, puis ouvrir l'image inline qui aurait le même résultat avec quelque chose comme ceci:

gd_diagram.write("test.png", "PNG")
display(file="test.png")

Cependant, je ne peux pas comprendre comment le faire, ou savoir si c'est possible. Donc personne ne sait si les images peuvent être ouverts/affiché dans IPython?

InformationsquelleAutor zach | 2012-08-07

254

Courtoisie de ce post, vous pouvez effectuer les opérations suivantes:
```
from IPython.display import Image
Image(filename='test.png') 
```
(officiel docs)
- Il ferait mieux d'utiliser l'API publique, sans accès à des éléments internes: from IPython.display import Image devrait fonctionner depuis 0.13.
- en effet. corrigé merci @tomyun
- ce n'affiche pas d'image si l'intérieur d'une boucle
- Cela ne fonctionne pas quand à l'intérieur d'un appel de fonction
- Quand est-il du travail?
- La plupart des gens veulent DrMcCleod de réponse.
- Cela ne fonctionne que pour moi, si je passe de l'Image(filename='test.png') pour afficher, comme l'a recommandé dans un thread ci-dessous: from IPython.core.display import Image, display < /b> display(Image(filename='test.png'))
- Dans le cas où vous souhaitez que l'image aussi de montrer dans les coulisses, le mode de présentation ( vous exécutez avec jupyter nbconvert mynotebook.ipynb --to slides --post serve), puis le chemin de l'image doit commencer avec / de sorte que c'est un chemin absolu de la racine web, c'est à dire ![alt text](/test.jpg "Some Title")
InformationsquelleAutor zach
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Si vous essayez d'afficher une Image de cette façon à l'intérieur d'une boucle, alors vous avez besoin d'envelopper l'Image de constructeur dans une méthode d'affichage.
```
from IPython.display import Image, display

listOfImageNames = ['/path/to/images/1.png',
                    '/path/to/images/2.png']

for imageName in listOfImageNames:
    display(Image(filename=imageName))
```
- Pourquoi? (Ne me dites pas que sinon ça ne marche pas. Veuillez expliquer pourquoi cet appel à l'affichage " est nécessaire dans une boucle, mais pas si vous venez d'affichage d'une seule image).
- Parce que IPython Cahiers afficher uniquement la dernière valeur de retour dans une cellule, de sorte que chaque fois que vous avez deux sorties à partir de la même cellule que vous aurez besoin d'utiliser l'option 'affichage' méthode. Voir cette question pour plus d'.
- Vous êtes mes héros - j'ai été la recherche de ce pour deux jours.
- Ce qui est excellent. Comment pourrais-je faire la prochaine image de remplacer l'existante, comme par un effet d'animation comme une image change au fil du temps ?
- Je me demandais, comment pourrions-nous la tuile de l'image? Par exemple pour afficher un 4x4 groupe d'images.
InformationsquelleAutor DrMcCleod
28

Note, jusqu'à maintenant posté des solutions ne fonctionnent que pour le png et jpg!

Si vous voulez encore plus facile sans importation d'autres bibliothèques ou si vous souhaitez afficher un animé ou non animé GIF Fichier dans votre Ipython Notebook. Transformer la ligne où vous souhaitez l'afficher aux démarques et d'utiliser ce joli court hack!
```
![alt text](test.gif "Title")
```
- mettre l'image dans le même dossier que le Jupyter ordinateur portable, ou au lieu de "test.gif" utiliser "relative/path/test.gif"
InformationsquelleAutor Philipp Schwarz
10

Cela permettra d'importer et afficher un .jpg image dans Jupyter (testé avec Python 2.7 dans Anaconda environnement)
```
from IPython.display import display
from PIL import Image


path="/path/to/image.jpg"
display(Image.open(path))
```
Vous devrez peut-être installer PIL

dans Anaconda cela est fait en tapant
```
conda install pillow
```
InformationsquelleAutor Conor Cosnett

Courtoisie de cette page, j'ai trouvé que ça fonctionnait quand les suggestions ci-dessus n'a pas:

import PIL.Image
from cStringIO import StringIO
import IPython.display
import numpy as np
def showarray(a, fmt='png'):
    a = np.uint8(a)
    f = StringIO()
    PIL.Image.fromarray(a).save(f, fmt)
    IPython.display.display(IPython.display.Image(data=f.getvalue()))

InformationsquelleAutor Afflatus

4

Vous pouvez également utiliser PIL pour afficher les fichiers d'image dans Jupyter Portable:
```
from PIL import Image
path = "cats/cat0.jpg"
display(Image.open(path))
```
Cela fonctionne dans une boucle.

InformationsquelleAutor ezchx

Lors de l'utilisation de GenomeDiagram avec Jupyter (iPython), la façon la plus simple pour afficher des images est par la conversion de la GenomeDiagram à une image PNG. Cela peut être enveloppé à l'aide d'un IPython.d'affichage.L'Image de l'objet pour qu'il affiche dans le bloc-notes.

from Bio.Graphics import GenomeDiagram
from Bio.SeqFeature import SeqFeature, FeatureLocation
from IPython.display import display, Image
gd_diagram = GenomeDiagram.Diagram("Test diagram")
gd_track_for_features = gd_diagram.new_track(1, name="Annotated Features")
gd_feature_set = gd_track_for_features.new_set()
gd_feature_set.add_feature(SeqFeature(FeatureLocation(25, 75), strand=+1))
gd_diagram.draw(format="linear", orientation="landscape", pagesize='A4',
                fragments=1, start=0, end=100)
Image(gd_diagram.write_to_string("PNG"))

[Voir Notebook]

InformationsquelleAutor Quantum7

Un nettoyeur de Python3 version standard, numpy, matplotlib et PIL. La fusion de la réponse pour l'ouverture de l'URL.

import matplotlib.pyplot as plt
from PIL import Image
import numpy as np

pil_im = Image.open('image.png') #Take jpg + png
## Uncomment to open from URL
#import requests
#r = requests.get('https://www.vegvesen.no/public/webkamera/kamera?id=131206')
#pil_im = Image.open(BytesIO(r.content))
im_array = np.asarray(pil_im)
plt.imshow(im_array)
plt.show()

InformationsquelleAutor Punnerud

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Vous devrez peut-être installer PIL