Comment puis-je créer une catégorie de nuage de points dans R comme boxplots?

Personne ne sait comment créer un nuage de points dans R pour créer des parcelles comme ces dans du PRISME de graphpad:

Comment puis-je créer une catégorie de nuage de points dans R comme boxplots?

J'ai essayé d'utiliser boxplots mais ils n'affiche pas les données de la façon dont je le veux. Ces colonne de nuages de points qui graphpad peut générer de montrer les données de mieux pour moi.

Toutes les suggestions seraient appréciées.

OriginalL'auteur crazian | 2012-09-13

  1. 4

    @Smillig mentionné, vous pouvez atteindre cet objectif en utilisant ggplot2. Le code ci-dessous reproduit le tracé que vous êtes après assez bien attention il est assez délicat. Tout d'abord charger le package ggplot2 et de produire des données: 

    library(ggplot2)
dd = data.frame(values=runif(21), type = c("Control", "Treated", "Treated + A"))

    Prochaine modifier le thème par défaut:

    theme_set(theme_bw())

    Maintenant à nous de construire l'intrigue.

    1. La construction d'un objet de base - rien n'est tracé:

      g = ggplot(dd, aes(type, values))

    2. Ajouter sur les points: ajuster la valeur par défaut de la gigue et du changement glyphe selon le type:

      g = g + geom_jitter(aes(pch=type), position=position_jitter(width=0.1))

    3. Ajouter sur la "boîte": calculer où les extrémités de la boîte. Dans ce cas, j'ai choisi la valeur moyenne. Si vous ne voulez pas la boîte, juste omettre cette étape.

      g = g + stat_summary(fun.y = function(i) mean(i), 
        geom="bar", fill="white", colour="black")

    4. Ajouter sur certaines barres d'erreur: calcul de la partie supérieure/inférieure de limites et d'ajuster la largeur de la barre:

      g  = g + stat_summary(
        fun.ymax=function(i) mean(i) + qt(0.975, length(i))*sd(i)/length(i), 
        fun.ymin=function(i) mean(i) - qt(0.975, length(i)) *sd(i)/length(i),
        geom="errorbar", width=0.2)

    5. Affichage de l'intrigue

      g

    Comment puis-je créer une catégorie de nuage de points dans R comme boxplots?

    1. Dans mon R code ci-dessus j'ai utilisé stat_summary pour calculer les valeurs nécessaires à la volée. Vous pouvez également créer des trames de données et l'utilisation geom_errorbar et geom_bar.
    2. À l'utilisation de la base de R, avoir un coup d'oeil à ma réponse à cette question.
    Grâce csgillespie, votre numéro 2 lien m'a donné à peu près ce que j'avais besoin. Mais les deux sont d'excellentes solutions. J'ai modifié tout à fait certains pour mon propre usage.
    Le but de la faire, c'est d'être en mesure de montrer les valeurs de la médiane pour les deux groupes, ainsi que les points de données et les valeurs aberrantes tous dans un terrain ou une image. Voici le code:
    gist.github.com/9bfb05dcecac3ecb7491
    Pas de solution facile. Je voudrais poser une autre question

    OriginalL'auteur csgillespie

  2. 3

    Si vous n'avez pas l'esprit à l'aide de la ggplot2 paquet, il y a un moyen facile de faire de même graphique avec geom_boxplot et geom_jitter. À l'aide de la mtcars de données, par exemple:

    library(ggplot2)
p <- ggplot(mtcars, aes(factor(cyl), mpg)) 
p + geom_boxplot() + geom_jitter() + theme_bw()

    qui produit le graphique suivant:

    Comment puis-je créer une catégorie de nuage de points dans R comme boxplots?

    La documentation peut être vu ici: http://had.co.nz/ggplot2/geom_boxplot.html

    OriginalL'auteur smillig