Comment puis-je créer une matrice de corrélation de R?

J'ai 92 ensemble de données de même type.

Je veux faire une matrice de corrélation pour toutes les deux combinaison possible.

c'est à dire je veux une matrice de 92 x92.

tels que l'élément (ci,cj) devrait être de corrélation entre ci et cj.

Comment dois-je faire?

Jetez un oeil à la cor fonction, ou à la rcorr fonction dans le Hmisc paquet
Je suis en mesure de trouver le co entre les deux paramètres. Le truc, c'est la façon de les disposer dans la matrice?
Comment pouvait-il donc beaucoup de upvotes?

InformationsquelleAutor Swapnil 'Tux' Takle | 2012-05-21

correlation matrix r visualization

Un exemple,

 d <- data.frame(x1=rnorm(10),
                 x2=rnorm(10),
                 x3=rnorm(10))
cor(d) # get correlations (returns matrix)

InformationsquelleAutor Manuel Ramón

70

Vous pouvez utiliser 'corrplot' paquet.
```
d <- data.frame(x1=rnorm(10),
                 x2=rnorm(10),
                 x3=rnorm(10))
M <- cor(d) # get correlations

library('corrplot') #package corrplot
corrplot(M, method = "circle") #plot matrix
```
Plus d'informations ici: http://cran.r-project.org/web/packages/corrplot/vignettes/corrplot-intro.html
- Est-il possible d'obtenir le graphique similaire à ceux-ci cran.r-project.org/web/packages/corrplot/vignettes/..., ou une matrice simple, mais avec le R-carré au lieu de pearson, kendall, ou de corrélation de spearman?
- R2 est égale au carré du coefficient de corrélation de Pearson. De sorte que tous vous avez besoin est de multiplier M par M (multiplier la matrice de corrélation par lui-même), avant de créer l'intrigue.
- Ah, bien sûr, vous avez raison. Merci De La Noter!
InformationsquelleAutor Jot eN
16

La cor fonction utilise les colonnes de la matrice dans le calcul de la corrélation. Ainsi, le nombre de lignes doit être le même entre votre matrice x et de la matrice y. Ex.:
```
set.seed(1)
x <- matrix(rnorm(20), nrow=5, ncol=4)
y <- matrix(rnorm(15), nrow=5, ncol=3)
COR <- cor(x,y)
COR
image(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2]), z=COR, xlab="x column", ylab="y column")
text(expand.grid(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2])), labels=round(c(COR),2))
```
Edit:

Voici un exemple de ligne personnalisée et des étiquettes de colonne sur une matrice de corrélation calculé avec une seule matrice:
```
png("corplot.png", width=5, height=5, units="in", res=200)
op <- par(mar=c(6,6,1,1), ps=10)
COR <- cor(iris[,1:4])
image(x=seq(nrow(COR)), y=seq(ncol(COR)), z=cor(iris[,1:4]), axes=F, xlab="", ylab="")
text(expand.grid(x=seq(dim(COR)[1]), y=seq(dim(COR)[2])), labels=round(c(COR),2))
box()
axis(1, at=seq(nrow(COR)), labels = rownames(COR), las=2)
axis(2, at=seq(ncol(COR)), labels = colnames(COR), las=1)
par(op)
dev.off()
```
- Ramón s 'exemple est probablement le meilleur pour votre cas (une seule matrice) - organiser des ensembles de données sous forme de colonnes.
- dans l'image ci-dessus, comment peut-on "inverser" les couleurs, le rouge est l'un de corrélation est proche de -1 ou 1) et blanc si proche de 0?
- image(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2]), z=COR, col=rev(heat.colors(20)), xlab="x column", ylab="y column")
- comment feriez-vous ajouter des étiquettes des variables aux axes x et y (au lieu de nombres)? Merci
- J'ai mis à jour ma réponse avec un exemple supplémentaire. Le image fonction ne fait pas automatiquement prendre la ligne et la colonne des noms, donc, ce doit être ajouté.
- c'est super, merci pour la mise à jour!
InformationsquelleAutor Marc in the box
13

Ont un coup d'oeil à qtlcharts. Il permet de créer des interactive des matrices de corrélations:
```
library(qtlcharts)
data(iris)
iris$Species <- NULL
iplotCorr(iris, reorder=TRUE)
```
C'est plus impressionnant quand vous corrélation de plusieurs variables, comme dans le package de la vignette:

InformationsquelleAutor epo3
1

Il y a d'autres façons de faire cela ici: (Parcelle matrice de corrélation dans un graphique), mais j'aime bien ta version avec les corrélations dans les cases. Est-il possible d'ajouter les noms de variables de x et y de la colonne, au lieu de seulement ces numéros d'index? Pour moi, ce qui ferait une parfaite solution. Merci!

edit: j'ai essayé de commenter le post de [Marc dans la boîte], mais je ne sais pas ce que je fais. Toutefois, j'ai réussi à répondre à cette question pour moi.

si d est la matrice (ou l'original de la trame de données) et les noms de colonne sont ce que vous voulez, puis les ouvrages suivants:
```
axis(1, 1:dim(d)[2], colnames(d), las=2)
axis(2, 1:dim(d)[2], colnames(d), las=2)
```
las=0 retourner les noms de retour à leur position normale, la mine ont été long, j'ai donc utilisé las=2 pour les rendre perpendiculaire à l'axe.

edit2: pour supprimer l'image() la fonction d'impression de numéros sur la grille (sinon ils se chevauchent votre variable d'étiquettes), ajouter xaxt= "n", par exemple:
```
image(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2]), z=COR, col=rev(heat.colors(20)), xlab="x column", ylab="y column", xaxt='n')
```
InformationsquelleAutor TSeymour

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Edit: