Comment puis-je exécuter des graphiques de diagnostic pour lmer dans R?

Je suis en train de lancer des graphiques de diagnostic sur un lmer modèle, mais continuez à frapper un mur. Je ne suis pas sûr de la quantité d'informations dont j'ai besoin pour fournir ici, mais voilà:

Le modèle est simple:

best <- lmer(MSV_mm ~ Size_treat + (1|Rep) + (1|Patch) + (1|Trap), data= early_nopine).

MSV_mm est numérique (tête-tronc longueurs) et Size_treat est un facteur de 4 niveaux: en Continu, Grandes, Moyennes et Petites. Rep, Patch et Trap sont des effets aléatoires.

Quand je lance plot(best), j'obtiens le message d'erreur suivant:

"Error in as.double(y) : 
  cannot coerce type 'S4' to vector of type 'double'"

Je suppose que c'est lié à la lmer fonction. J'ai parcouru le web et n'ont pas encore trouvé une réponse à ce problème. Est-il un lmer chose?

Je pense que vous êtes en supposant que puisque vous pouvez exécuter plot sur un lm objet, vous pouvez le faire pour un lmer objet de trop. Notez qu'il y a un plot.lm mais pas un plot.lmer fonction.
Ils sont en supposant correctement: ?plot.merMod.
Je n'ai pas plot.merMod lorsque je charge lme4. En outre, un lmer modèle va dans plot.default sur ma machine.
J'imagine que c'est OP problème puis - je obtenir la même erreur (qui vient de xy.coords)
OK, j'ai besoin d'un exemple reproductible. Avec une nouvelle installation de lme4 1.0-4 de CRAN, cela fonctionne pour moi: library(lme4); fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days | Subject), sleepstudy); plot(fm1). plot.merMod n'est pas exporté, mais vous devriez être capable de le voir via lme4:::plot.merMod. abbrv. sessionInfo(): r-devel r63889, linux 32 bits, lme4_1.De 0 à 4 ; Matrix_1.De 0 à 14 ans ; lattice_0.20-23 ; compiler_3.1.0 ; grid_3.1.0 ; MASS_7.3-29 ; minqa_1.2.1 ; nlme_3.1-111 ; splines_3.1.0 ; tools_3.1.0

OriginalL'auteur Kika Tarsi | 2013-10-08

  1. 8

    Je peux reproduire cette erreur avec lme4.0, ce qui équivaut à plus tôt (pré-1.0.0) versions de lme4 de CRAN. Si vous utilisez une mise à jour lme4 de CRAN (version 1.0-4 octobre 2013), c'est ce qui devrait se produire:

    library(lme4)
fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days | Subject), sleepstudy)
plot(fm1)

    Comment puis-je exécuter des graphiques de diagnostic pour lmer dans R?

    Bien que plot.merMod n'est pas exporté, il est documentée (?plot.merMod), et vous pouvez le voir via lme4:::plot.merMod (ou getAnywhere("plot.merMod")).

    Si vous souhaitez reproduire ce terrain avec une version antérieure de lme4, vous pouvez le faire:

    augData <- data.frame(sleepstudy,fitted=fitted(fm1),resid=residuals(fm1))
library(lattice)
xyplot(fitted~resid,data=augData)

    Vous devez penser si vous voulez résidus déviance (la valeur par défaut de residuals()) ou des résidus de Pearson (la valeur par défaut pour plot.merMod).

    OriginalL'auteur Ben Bolker