Comment puis-je faire R lire mes variables d'environnement?

Je suis en cours d'exécution de R sur EC2 instances ponctuelles et j'ai besoin de R pour mettre fin à l'instance et d'annuler le spot demande une fois que le script est exécuté.

Pour ce que j'ai mis la "Demande" ID dans une variable d'environnement dans /.bashrc et mon plan était de simplement appeler le code suivant dans la R une fois que le script est prêt

system("ec2-cancel-spot-instance-requests $SIR")

La question que je vais avoir, c'est que R n'est pas "voir" les mêmes variables d'environnement je l'ai vu quand j'type env de l'extérieur R ainsi, la commande ne fonctionne pas.

J'ai vérifié et si j'ai mis mes variables d'environnement à /etc/environment R est capable de voir ces variables, mais ici, c'est l'autre problème. Comme ces variables sont dynamiques (l'ID de l'instance et l'ID de la demande est différente à chaque fois un spot instance est créée), je suis en cours d'exécution d'un script pour créer la forme de:

export SIR=`cat /etc/ec2_instance_spot_id.txt`

Où ce fichier contient la dynamique ID

Alors, comment puis-je insérer "dynamique" variables d'environnement dans /etc/environment ? Ou, comment puis-je faire R lire les variables d'environnement à /.bashrc?

Tout pointe dans la bonne direction sera très appréciée!

J'ai trouvé que les variables dans ~/.profil sont accessibles à partir de Sys.la fonction getenv(), mais pas dans ~/.bashrc. J'ai eu à faire source ~/.profile, puis R à partir d'un terminal pour le faire fonctionner après l'ajout de nouvelles variables.

OriginalL'auteur JordanBelf | 2012-09-06

  1. 16

    Vous voulez Sys.getenv() comme dans Sys.getenv("PATH"), dire.

    Ou pour votre exemple, essayez de

    SIR <- Sys.getenv("SIR")   
system(paste("ec2-cancel-spot-instance-requests",  SIR))

    Comme pour les variables de configuration au démarrage, voir help(Startup) à apprendre à propos de ~/.Renvironment etc

    Merci beaucoup Dirk pour votre temps. La question que je vais avoir, c'est que quand je fais par exemple names(s <- Sys.getenv()) puis SIR n'est pas là, si je ne SIR <- Sys.getenv("SIR") il n'y a rien dans MONSIEUR, mais quand je l'ai sortie R et je ne env que la liste des variables d'environnement est totalement différent de celui que j'obtiens quand je Sys.getenv() et là, je peux voir SIR et d'autres dont j'ai besoin. Je vais donner un coup d'oeil à Renvironment, merci beaucoup encore une fois.
    OK, c'est honteux.Pourquoi j'ai envie de lire les variables d'environnement dans R si j'ai déjà créé 2 fichiers avec l'ID de la demande et de l'ID d'instance? Je peux obtenir la valeur de ces dossiers et effectuer ma tâche... cela n'explique pas pourquoi la R ne voyait pas les mêmes variables environnementales comme je le vois quand j'ai quitté la R, mais me va! Merci pour l'inspiration!
    J'ai fait ce travail en utilisant Sys.setenv() et, fondamentalement, la copie de mes variables d'environnement de l'extérieur de R vers R. Bien que mon script fonctionne, je souhaite que je pourrais comprendre pourquoi il y a toute une série de différentes variables environnementales écrit, où doivent figurer R

    OriginalL'auteur Dirk Eddelbuettel

  2. 8

    À l'aide de Sys.getenv() vous voyez toutes les variables énumérées dans l'environnement actuel.

    Cependant, ils sont différents de ceux utilisés dans votre shell courant, par exemple spécifié .de profil.

    De définir les variables de R créer un .Renviron fichier dans votre répertoire home et y écrire

    MYDIRECTORY="/home/wherever"

    Après le redémarrage de R vous serez en mesure d'accéder à cette variable avec

    Sys.getenv("MYDIRECTORY")
    Mon répertoire home n'a pas l' .Renviron fichier, et à l'intérieur de la R elle renvoie une ancienne valeur de la variable d'environnement après j'ai modifier la valeur il y a quelques jours. Ne pouvait pas comprendre où R obtient l'ancienne valeur et ne pas rentrer la nouvelle valeur.

    OriginalL'auteur Thorsten