Comment ré-installer lxml?

Je suis à l'aide de python 2,7.5 sur mac 10.7.5, beautifulsoup 4.2.1. Je vais analyser une page xml à l'aide de la lxml de la bibliothèque, comme cela est enseigné dans le beautifulsoup tutoriel. Cependant, lorsque je lance mon code, il montre

bs4.FeatureNotFound: Couldn't find a tree builder with the features you requested:
lxml,xml. Do you need to install a parser library?

Je suis sûr que j'ai déjà installé lxml par toutes les méthodes: easy_install, pip, port, etc. J'ai essayé d'ajouter une ligne à mon code pour voir si lxml est installé ou pas:

import lxml

Puis python peut juste réussi à aller par le biais de ce code et d'afficher le message d'erreur précédent encore, survenant à la même ligne.

Donc, je suis tout à fait sûr que lxml a été installé, mais il n'est pas installé correctement. J'ai donc décidé de désinstaller lxml, puis ré-installer à l'aide d'une "bonne" méthode. Mais quand je tape dans

easy_install -m  lxml

il montre:

Searching for lxml
Best match: lxml 3.2.1
Processing lxml-3.2.1-py2.7-macosx-10.6-intel.egg

Using /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/lxml-
3.2.1-py2.7-macosx-10.6-intel.egg

Because this distribution was installed --multi-version, before you can
import modules from this package in an application, you will need to
'import pkg_resources' and then use a 'require()' call similar to one of
these examples, in order to select the desired version:

pkg_resources.require("lxml")  # latest installed version
pkg_resources.require("lxml==3.2.1")  # this exact version
pkg_resources.require("lxml>=3.2.1")  # this version or higher

Processing dependencies for lxml
Finished processing dependencies for lxml

Donc je ne sais pas comment faire pour continuer mes désinstaller...

J'ai regardé de nombreux messages au sujet de cette question sur google mais je ne peux pas trouver toutes les infos utiles.

Voici mon code:

import mechanize
from bs4 import BeautifulSoup
import lxml

class count:
    def __init__(self,protein):
        self.proteinCode = protein
        self.br = mechanize.Browser()

    def first_search(self):
        #Test 0
        soup = BeautifulSoup(self.br.open("http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/21225921?report=genbank&log$=prottop&blast_rank=1&RID=YGJHMSET015"), ['lxml','xml'])
        return

if __name__=='__main__':
    proteinCode = sys.argv[1]
    gogogo = count(proteinCode)

Je veux savoir:

  1. Comment puis-je désinstaller lxml?
  2. Comment puis-je installer lxml "correct"? Comment puis-je savoir qu'il est correctement installé?

OriginalL'auteur Mark23333 | 2013-07-20

  1. 12

    Je suis avec BeautifulSoup 4.3.2 et OS X 10.6.8. J'ai aussi un problème avec mal installé lxml. Voici quelques choses que j'ai trouvé:

    Tout d'abord, vérifiez cette question connexe: Retiré MacPorts, maintenant Python est cassé

    Maintenant, afin de vérifier les constructeurs pour BeautifulSoup 4 sont installés, essayez

    >>> import bs4
>>> bs4.builder.builder_registry.builders

    Si vous ne voyez pas votre préféré builder, alors il n'est pas installé, et vous voyez un message d'erreur comme ci-dessus ("impossible de trouver un arbre du générateur de...").

    Aussi, juste parce que vous pouvez import lxml, ne signifie pas que tout est parfait.

    Essayer

    >>> import lxml
>>> import lxml.etree

    De comprendre ce qu'il se passe, accédez à la bs4 d'installation et d'ouvrir l'œuf (tar -xvzf). Avis des modules bs4.builder. A l'intérieur vous devriez voir les fichiers tels que _lxml.py et _html5lib.py. Ainsi, vous pouvez également essayer

    >>> import bs4.builder.htmlparser
>>> import bs4.builder._lxml
>>> import bs4.builder._html5lib

    Si il y a un problème, on va le voir, pourquoi un parricular module ne peut pas être chargé. Vous pouvez remarquer que, à la fin de builder/__init__.py il charge tous les modules et ignore tout ce qui était pas chargé:

    # Builders are registered in reverse order of priority, so that custom
# builder registrations will take precedence. In general, we want lxml
# to take precedence over html5lib, because it's faster. And we only
# want to use HTMLParser as a last result.
from . import _htmlparser
register_treebuilders_from(_htmlparser)
try:
    from . import _html5lib
    register_treebuilders_from(_html5lib)
except ImportError:
    # They don't have html5lib installed.
    pass
try:
    from . import _lxml
    register_treebuilders_from(_lxml)
except ImportError:
    # They don't have lxml installed.
    pass
    La suggestion à la question connexe (stackoverflow.com/questions/14153221/...) pour le désinstaller et re-installer résolu le problème pour moi.
    Depuis lxml manquait sur ma machine, effectuer sudo pip install lxml résolu le problème pour moi.
    En outre, cette étape peut également être nécessaire lors de l'installation de lxml: stackoverflow.com/questions/19548011/...

    OriginalL'auteur osa

  2. 3

    Si vous utilisez Python2.7 dans Ubuntu/Debian, cela a fonctionné pour moi:

    $ sudo apt-get build-dep python-lxml
$ sudo pip install lxml

    Tester:

    mona@pascal:~/computer_vision/image_retrieval$ python
Python 2.7.6 (default, Jun 22 2015, 17:58:13) 
[GCC 4.8.2] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import lxml

    OriginalL'auteur Mona Jalal

  3. 1

    FWIW, je suis tombé sur un problème similaire (python 3.6, os x 10.12.6) et a été en mesure de le résoudre simplement en train de faire (première commande est juste pour signifier que je travaillais dans une conda virtualenv):

    $ source activate ml-general
$ pip uninstall lxml
$ pip install lxml

    J'ai essayé plusieurs choses compliquées d'abord, parce que BeautifulSoup fonctionnait correctement avec un nombre identique de commande par le biais de Jupyter+iPython, mais pas par le biais de PyCharm du terminal dans le même virtualenv. Simplement de réinstaller lxml comme ci-dessus ont résolu le problème.

    OriginalL'auteur basse

  4. 0

    apt-get sur Debian/Ubuntu:
    sudo apt-get install python3-lxml
    Pour MacOS-X, un macport de lxml est disponible. Essayez quelque chose comme
    sudo port install py27-lxml

    http://lxml.de/installation.html peut être utile.

    Cela ne montre pas comment le désinstaller correctement.

    OriginalL'auteur Michael