Comment sélectionner un CRAN dans le miroir de la R

Je suis en train d'installer un paquet par le biais de la R invite en procédant de la manière suivante:

install.packages('RMySQL')

Mais le résultat est comme suit: 

--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---

Et rien d'autre! Je ne peux pas trouver une solution à ce problème de base. Que suis-je censé type afin de sélectionner un CRAN miroir?

EDIT:

OS: Mac OS X 10.6.8
Version R: 2.15.0

  • il devrait venir avec une liste de nombres de 1 à 100 correspondant au miroir , essayez de taper 84 et appuyez sur entrée
  • également ajouter de l'OS que vous utilisez , et quelle est la version de R
  • Une fenêtre pop-up avec les sélections ou d'une liste de sélections doivent s'afficher dans la console. Avez-vous vérifier une fenêtre séparée de choix? Comment êtes-vous en cours d'exécution de la R?
  • J'ai tapé 84, mais rien n'est renvoyé.
  • Je suis tout simplement en train de R par l'appel de l'invite de commandes à partir de mon terminal. Je viens de taper dans r, et l'interprète se lève. Je n'ai jamais eu de toute autre windows popping up vous demandant de choix.
  • dans ce cas, la liste des miroirs doit apparaître dans la console. fwiw 70 est le miroir de Berkeley que j'utilise. Quel système d'exploitation utilisez-vous? Si vous utilisez linux, essayez la commande sudo apt-get update.
  • il suffit d'ouvrir l'interface graphique de la version
  • c'est parce que vous avez besoin de X windows pour permettre Rconsole pouvez jeter un graphique de dialogue... R doit détecter que vous n'avez pas de fenêtrage et de revenir à l'impression de la liste et demander pour l'entrée, mais n'est pas...

InformationsquelleAutor Jim Johnson | 2012-07-14
  1. 251

    Vous devriez obtenir une fenêtre avec une liste de dépôts ou d'un texte de menu avec quelques options. Mais si cela n'apparaît pas, vous pouvez toujours spécifier le miroir où télécharger les paquets vous-même en utilisant repos paramètre. En faisant cela, R ne vous demandera pas plus au sujet de dépôt. Exemple:

    install.packages('RMySQL', repos='http://cran.us.r-project.org')

    Ici, vous avez un liste des miroirs pour R.

    • Pour moi, le repos pop-up est venue, j'ai cliqué sur un miroir, et puis rien ne s'est passé; dans le même temps, cela a bien fonctionné. Solution de programmation > la solution interactive, comme d'habitude! Merci!
    • Et voici quelques miroirs a choisi de partir, d'être une sorte de cran: cran.r-project.org/mirrors.html
    • Je l'ai trouvé une solution utile pour installer un récent paquet dans MRO. J'ai passé une journée à essayer d'obtenir une version récente d'un paquet installé, mais le checkpoint fonction ne fonctionne pas comme décrit à l'aide d'Anaconda de distribution de R, v3.4.3, avec l'instantané ensemble de 2017-09-01.
    InformationsquelleAutor betabandido
  2. 82

    Voici ce que je fais, qui est en fait directement à partir de la example(Startup) page:

    ## Default repo
local({r <- getOption("repos")
       r["CRAN"] <- "http://cran.r-project.org" 
       options(repos=r)
})

    qui est en ~/.Rprofile.

    Edit: Comme il est maintenant 2018, nous pouvons ajouter que depuis quelques années, l'URL "https://cloud.r-project.org" a été préférable qu'il reflète un) accès https, et b) un "toujours près de vous" CDN.

    • Je pense que cela devrait être la accepté de répondre. Ça marche(tm), dans tous les cas, y compris sur headless systèmes (serveurs, l'Ido, etc.). Merci, Dirk.
    • Et avec le recul de plusieurs années plus tard, nous avons maintenant une bonne CAN qui est garanti pour être un réseau proche de tout le monde, et nous utilisons https maintenant, afin de faire de cette https://cloud.r-project.org que l'URL.
    • J'espère que vous n'avez pas l'esprit, Dirk, mais j'ai juste édité ton post pour tenir compte de votre suggestion.
    • Si j'avais voulu que j'aurais pu le faire quatre heures de moi-même. Je préfère laisser le record historique de parler. Mais parce que les vandales vont venir, j'ai mis un postscriptum dans.
    InformationsquelleAutor Dirk Eddelbuettel
  3. 57

    Je suis une fan de:

    chooseCRANmirror()

    Qui permet d'imprimer la liste des miroirs de la sortie (pas d'inquiéter une fenêtre pop-up puisque vous l'exécutez à partir de la terminale), puis vous entrez le numéro que vous voulez.

    • sur OSX, il n'affiche une fenêtre X11...
    • Oups, ne chooseCRANmirror(81) et il affiche une invite pour vous d'entrer un nombre. Le tout dans la console.
    • cool! merci cela fonctionne sur R 2.15.3 sur OSX 10.8.3
    • Remarque: cela ne semble pas de mise à jour de /etc/R/Rprofile.site ou ~/.Rprofile. (Donc, il n'est pas bon pour le choix d'une autre vieux miroir qui a disparu. Préférable de modifier les fichiers ci-dessus directement.)
    • Vous avez peut-être raison, mais je trouve que beaucoup de gens peuvent être intimidés par ces fichiers. Je sais que j'ai été.
    • chooseCRANmirror(ind=81) est ce que Jared probablement signifié. Il va contourner l'invite de commandes.
    • Pouvez définir options(menu.graphics = FALSE) dans .Rprofile trop

    InformationsquelleAutor Jared
  4. 24

    - Je utiliser le ~/.Rprofile solution proposée par Dirk, mais je voulais juste faire remarquer que 

    chooseCRANmirror(graphics=FALSE)

    semble être la chose la plus sensée à faire au lieu de

    chooseCRANmirror(81)

    qui peuvent travailler, mais qui implique la magie, le numéro 81 (ou c'est peut-être subtil moyen de promouvoir le tourisme à 81 = royaume-UNI (Bristol) 🙂 )

    InformationsquelleAutor vijucat
  5. 11

    Référentiel écran de sélection ne peuvent pas être affichés sur votre système (OS X), depuis OS X ne comprend plus X11. R tente de vous montrer l'invite par X11. Installer X11 de http://xquartz.macosforge.org/landing/. Exécutez ensuite la commande d'installation. Le repo invite de sélection seront affichés.

    • Ce doit être la accepté de répondre. Le support Apple sur X11 support de mac OS X est support.apple.com/kb/HT5293?viewlocale=en_US&locale=fr_fr
    • Le problème est probable que ce n'est pas le montrer à cause de X11, mais sans doute, chooseCRANmirror()/repos paramètre sont beaucoup plus simple des solutions.
    InformationsquelleAutor Cahit Gungor
  6. 3

    Si vous devez fixer le miroir en mode non interactif (par exemple, faire un rbundler installer dans un script de déploiement), vous pouvez le faire de cette façon:

    D'abord exécuter manuellement:

    chooseCRANmirror()

    Choisir le miroir numéro qui est le mieux pour vous et de vous en rappeler. Alors d'automatiser la sélection:

    R -e 'chooseCRANmirror(graphics=FALSE, ind=87);library(rbundler);bundle()'

    Où 87 est le numéro du miroir que vous souhaitez utiliser. Cet extrait installe également le rbundle pour vous. Vous pouvez omettre que si vous le souhaitez.

    InformationsquelleAutor Kyle
  7. 2

    Un menu déroulant apparaît, vous permettant de sélectionner à partir de (ou vous obtiendrez un tas de numéros à choisir), si vous êtes à l'aide de R dans un terminal ou d'un IDE comme RStudio. C'est pris en charge sur Windows, Mac OS, et la plupart des systèmes Linux. Cependant, il peut nécessiter une configuration supplémentaire ou les dépendances telles que X-windows.

    Pour permettre à X-windows lors de l'utilisation de l'accès distant, utilisez les éléments suivants -XY drapeaux:

    ssh -XY username@server.domain

    Il y a souvent un défaut repo mais cela peut être spécifié si vous avez une question, telles que l'exécution des scripts ou des Rmarkdown/knitr. Vous pouvez utiliser le repo opset le miroir ou de référentiel pour CRAN à chaque fois que vous installez avec:

    install.packages("package", repo="<your.nearest.mirror>")

    Il est conseillé d'utiliser le miroir le plus proche de votre emplacement pour des téléchargements plus rapides. Par exemple:

    install.packages("RMySQL", repos="https://cran.stat.auckland.ac.nz/")

    Vous pouvez également définir la repos option dans votre session si vous avez seulement besoin d'une fois par session interactive (ou un script). Vous pouvez vérifier si repos est configuré avec:

    options(repos)

    Si vous obtenez "Error in options(repos) : object 'repos' not found" ensuite, vous pouvez définir le référentiel de l'option. Par exemple:

    options(repos = "https://cran.stat.auckland.ac.nz/")

    Ensuite, il doit travailler pour installer des paquets, comme d'habitude. Par Exemple:

    install.packages("RMySQL")

    Comme mentionné par d'autres, vous pouvez configurer le référentiel dans votre .Rprofile fichier et avoir ce travail pour l'ensemble de vos scripts. C'est à vous de décider si vous préférez ces "global" options sur votre système ou de "local" dans votre session ou d'un script. Ces "locaux" options prennent plus de temps d'utilisation de chaque session, mais ont l'avantage de rendre les autres capables d'utiliser vos scripts si ils n'ont pas votre .Rprofile.

    InformationsquelleAutor Tom Kelly
  8. 2

    J'ai utilisé

    chooseCRANmirror(81)

    il vous donne une invite à sélectionner le pays.
    Ensuite, vous pouvez faire une sélection en tapant le pays miroir de code spécifié.

    InformationsquelleAutor user3470929
  9. 0

    J'ai eu, sur macOS, la chose exacte que vous dites: "s'il vous plaît sélectionnez" invite de commandes et puis plus rien.

    Après que j'ai ouvert (et mis à jour; ne sais pas si c'est pertinent) X-Quartz, puis redémarré R et essayé de nouveau, j'ai une X-fenêtre de la liste des miroirs à choisir après quelques secondes. Il a été plus rapide pour la troisième fois en avant.

    InformationsquelleAutor Chris F Carroll
  10. 0

    Vous pouvez également désactiver tous les menus graphiques par l'exécution de ce ou de le placer dans votre Rprofile

    options(menu.graphics = FALSE)
    InformationsquelleAutor Extrapolator
  11. 0

    Ajouter dans ~/.Rprofile

    local({r <- getOption("repos")
    r["CRAN"] <- "mirror_site"  #for example, https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
    options(repos=r)
    options(BioC_mirror="bioc_mirror_site") #if using biocLite
})
    InformationsquelleAutor user6047846