Comment tracer moyenne et l'erreur standard en boîte à moustaches dans la R

J'ai deux catégorique facteurs ("Habitat" et "Localité"), et une variable continue (T). 'Habitat' a deux niveaux et 'Lieu' a huit niveaux. Je veux changer la valeur par défaut moustaches pour représenter la SE, et la médiane à la moyenne pour chaque boîte à moustaches. Est-il un moyen de le faire et en tenant à la fois de l'catégorique facteurs en compte lors de la représentation? Merci beaucoup à l'avance.

C'est ce que j'ai fait avec le réglage par défaut de la boîte à moustaches ggplot, montrant le premier et le troisième quartiles avec une médiane intervalle. 

ggplot(data,aes(x=Locality,y=T)) + 
  geom_boxplot(aes(fill=interaction(Habitat,Locality), 
                   group=interaction(factor(Habitat),Locality)),
               outlier.shape=1,outlier.size=3) + 
  theme_bw() + 
  theme(
    panel.grid.major=element_blank(),
    panel.grid.minor=element_blank(),
    axis.line=element_line(colour='black'),
    legend.position='none',
    axis.text.x=element_text(angle=90,hjust=1,size=12)) + 
  scale_y_continuous('T') + 
  xlab('Locality')

OriginalL'auteur Amy WP Liu | 2014-09-23

  1. 11

    Premier à écrire une fonction qui calcule le minimum, la moyenne 1SEM, moyenne, moyenne+1SEM, et Max. Puis la carte de ces 5 valeurs sur une boîte à moustaches à l'aide de stat_summary. 

    library(gridExtra)
library(ggplot2)

MinMeanSEMMax <- function(x) {
  v <- c(min(x), mean(x) - sd(x)/sqrt(length(x)), mean(x), mean(x) + sd(x)/sqrt(length(x)), max(x))
  names(v) <- c("ymin", "lower", "middle", "upper", "ymax")
  v
}

g1 <- ggplot(mtcars, aes(factor(am), mpg)) + geom_boxplot() +
  ggtitle("Regular Boxplot")

g2 <- ggplot(mtcars, aes(factor(am), mpg)) +
  stat_summary(fun.data=MinMeanSEMMax, geom="boxplot", colour="red") + 
  ggtitle("Boxplot: Min, Mean-1SEM, Mean, Mean+1SEM, Max")


grid.arrange(g1, g2, ncol=2)

    Comment tracer moyenne et l'erreur standard en boîte à moustaches dans la R

    Excellente réponse, merci. Comment feriez-vous pour faire la même chose mais avec des sous-groupes? Par exemple, si vous avez eu 0A, 0B, 1A et 1B sur l'axe des x?

    OriginalL'auteur Masato Nakazawa

  2. 3

    Je pense que c'est possible, mais il est aussi possible de mettre en place un panneau de signalisation est un octogone rouge et dit "l'Augmentation de la limite de vitesse à l'avance", je pense que les deux seront plus source de confusion que utile. La boîte à moustaches a une définition standard de ce que les parties représentent. Lorsqu'un utilisateur voit une boîte à moustaches ils ne devraient pas avoir à passer par des extra gymnastique mentale à repenser à ce que les différentes pièces. Pourquoi ne pas utiliser une représentation différente si vous ne voulez pas de représenter ces résumés. Le geom_crossbar ou geom_errorbar fonction/geoms peut être plus approprié pour votre écran (et probablement plus facile à utiliser que d'essayer de modifier la boîte à moustaches geom).

    OriginalL'auteur Greg Snow