conda - Comment installer les packages R qui ne sont pas disponibles en “R-essentials”?

- Je utiliser un out-of-the-box d'installation Anaconda de travailler avec Python. Maintenant, j'ai lu qu'il est possible, également, de "comprendre" la R mondiale au sein de cette installation et à l'utilisation de l'IR noyau dans la Jupyter/Ipython notebook.

J'ai trouvé la commande pour installer un certain nombre de célèbres packages R:
conda install-c r r-essentials

Ma question de débutant:

Comment puis-je installer les packages R qui ne sont pas inclus dans le R essentiels paquet? Par exemple R paquets qui sont disponibles sur CRAN. "pip" ne fonctionne que pour PyPI les paquets Python, n'est-ce pas?

  • Si vous installez les paquets à partir de l'intérieur de la R par des install.packages (à partir de CRAN miroirs), ou devtools::install_github (à partir de GitHub), qu'ils fonctionnent très bien.
  • Merci!!!! Peut-être que c'est le moyen le plus facile. Je vais ajouter votre commentaire à la réponse.
  • Pour les paquets installés thru install.packages dans R, - ils doivent être dans le même répertoire avec l'Anaconda? J'ai essayé de chargement des packages installés dans la R dans Jupyter mais ne fonctionne pas. Pouvez-vous être plus spécifique comment vous avez obtenu ce que ça marche? Merci!
  • Non, les miens sont complètement étrangers à Anaconda côté de consommer à l'intérieur de Jupyter. L'emplacement d'installation par défaut est au sein de la R-cadre: Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library. install.packages obtient cette voie en appelant .libPaths(), que vous pouvez faire vous-même si vous voulez voir où ils sont. L'installation via R. app, RStudio, et une R Jupyter portable tous les mettre dans le même lieu, qui est l'endroit où R va regarder pour eux—library appelle aussi .libPaths. Vous pouvez gâcher, avec .libPaths() si vous le souhaitez (voir ?.libPaths), mais je ne le recommande pas.
  • Je vais avoir des problèmes avec la install.packages approche. Brièvement, il échoue avec sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook. Tous les détails sont dans cette question. Si vous avez les gars que cette approche fonctionne, j'apprécierais des pointeurs sur ce que je fais de mal.
InformationsquelleAutor Frank | 2016-01-10
  1. 31

    Maintenant que j'ai trouvé de la documentation:

    C'est la documentation qui explique comment générer des packages R qui ne sont disponibles que dans le CRAN du référentiel:
    https://www.continuum.io/content/conda-data-science

    Aller à la section "création d'une conda package R".

    (Astuce: tant Que le package R est disponible sous anaconda.org l'utilisation de cette ressource. Voir ici: https://www.continuum.io/blog/developer/jupyter-and-conda-r)

    alistaire's réponse est une autre possibilité d'ajouter des packages R:

    Si vous installez les paquets à partir de l'intérieur de la R par des install.packages (à partir de CRAN miroirs), ou devtools::install_github (à partir de GitHub), qu'ils fonctionnent très bien. @alistaire

    Comment faire:
    Ouvrez votre (indépendant) R installation, puis exécutez la commande suivante:

    install.packages("png", "/home/user/anaconda3/lib/R/library")

    pour ajouter un nouveau package pour le bon R bibliothèque utilisée par Jupyter, sinon le paquet sera installé dans /home/utilisateur/R/i686-pc-linux-gnu-bibliothèque/3.2/png/libs mentionné dans .libPaths() .

    • Vous pouvez également utiliser .libPaths pour définir le chemin d'accès à laquelle vous souhaitez les paquets à installer si vous passez un argument; voir ?.libPaths.
    • Vous pouvez également exécuter install.packages dans un Jupyter cellule: install.packages('package name', 'installation path (ending with Anaconda3\R\library\learningr)', repo='repo link. Check https://cran.r-project.org/mirrors.html'). Le repo qui est là depuis un repo doit être spécifié lors de l'installation des packages dans Jupyter, sinon il va jeter un trying to use CRAN without setting a mirror erreur.
    • Les url sont morts
    • J'ai trouvé que .libPaths()[2] contient le chemin d'accès à "~/.conda/envs/<ENV_NAME>/lib/R/library". Ainsi, vous pouvez faire install.packages("png", .libPaths()[2]).
    InformationsquelleAutor Frank
  2. 24

    D'installer d'autres Packages R sur Jupyter au-delà de la R-essentials

    install.packages('readr', repos='http://cran.us.r-project.org')

    Un problème est que le référentiel est le US.R-Project (ci-dessous). J'ai essayé d'autres et il ne fonctionne pas.

    N. B. Remplacer readr avec n'importe quel nom du paquet à installer.

    InformationsquelleAutor Yaw
  3. 14

    Voici une conda centrée sur la réponse. Il s'appuie sur Frank réponse et le continuum site web: https://www.continuum.io/content/conda-data-science avec un peu plus de détail.

    Certains paquets qui ne sont pas disponibles dans la r-essentials sont toujours disponibles sur conda chaînes, dans ce cas, c'est simple:

    conda config --add channels r
conda install r-readxl

    Si vous avez besoin pour construire un paquet et l'installer à l'aide de conda:

    conda skeleton cran r-xgboost
conda build r-xgboost
conda install --use-local r-xgboost

    que la dernière ligne est absent dans le continuum de site web parce qu'ils supposent qu'il soit publié à anaconda référentiel d'abord. Sans elle, rien ne sera mis dans le envs/répertoire et le paquet ne sera pas accessible à la ligne de commande R ou Jupyter.

    Sur un mac, j'ai trouvé qu'il est important d'installer le compilateur Clang pour les versions de package:

    conda install clangxx_oxs-64
    • Pour moi, cette réponse n'a fonctionné que pour certains paquets. Pour les autres paquets, j'ai eu une Erreur lors de la deuxième étape conda build r-xgboost. "faire: /home/user/anaconda3/conda-bld/r-matrixstats_1516727877269/_h_env_placehold_pl/bin/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc: Commande introuvable faire: * * * [/home/user/anaconda3/conda-bld/r-matrixstats_1516727877269/_h_env_placehold_pl/lib/R/etc/Makeconf:160: 000.init.o] Erreur 127 ERREUR: la compilation a échoué pour le paquetage ‘matrixStats’"
    • Me semble que je reçois la même erreur avec vous. Avez-vous trouvé la solution?
    • Hey, cette réponse a fonctionné pour moi, mais je ne peut pas installer ces paquets dans r environnements avec mro de la base. Au lieu de cela, il doit être de r-base. Connaissez-vous une façon de créer des packages de services de mrr-base ou ce besoin de quelque chose comme conda skeleton mran r-mice qui n'existe pas actuellement?
    InformationsquelleAutor Ziggy Eunicien
  4. 12

    J'ai trouvé une solution facile. Je suppose que vous avez une RStudio IDE pour vous R. Il est bizarre d'utiliser RStudio, mais j'ai essayé directement à partir de R dans mon terminal et ça ne fonctionne pas. Ainsi, dans RStudio de la console, il suffit de faire l'habitude d'ajouter le chemin d'accès à votre anaconda répertoire (dans OSX,'/Users/yourusernamehere/anaconda/lib/R/library")

    Ainsi, par exemple, 

    install.packages('package','/Users/yourusernamehere/anaconda/lib/R/library')

    J'ai honte de poster un tel non-fantaisie, mais c'est la seule qui a fonctionné pour moi.

    • Je suis surprise de voir que cette solution a fonctionné pour moi, mais c'était vraiment aussi simple que cela.
    • J'ai essayé et j'ai toujours une valeur non nulle erreur.
    InformationsquelleAutor Deninhos
  5. 2

    J'ai eu un problème lorsque vous essayez d'installer le paquet à partir de github à l'aide de install_github("user/package") dans conda avec r-essentials. Des erreurs ont été multiples et non descriptif.

    A été en mesure de résoudre un problème à l'aide de ces étapes:

    • téléchargez et décompressez le package localement
    • activer corriger conda environnement (si nécessaire)
    • run R à partir de la ligne de commande
    • library(devtools)
    • install('/path/to/unzipped-package')
    • Commande a échoué en raison du manque de dépendances, mais maintenant je sais ce qu'il manque!
    • exécuter install.packages('missing-package', repos='http://cran.us.r-project.org') pour toutes les dépendances
    • exécuter install('/path/to/unzipped-package') de nouveau. Maintenant, il doit travailler!
    InformationsquelleAutor volodymyr
  6. 2

    De l'ajouter ici, donc les autres débutants qui travaillent déjà avec les Jupyter ordinateurs portables avec Python et intéressés à l'utiliser avec R: les paquets supplémentaires disponibles pour l'Anaconda peut être installé via un terminal à l'aide de la même commande utilisée pour installer les paquets essentiels.

    Installer r-essentials

    conda install -c r r-essentials

    Installer microbenchmark (infrastructure pour mesurer avec précision et de comparer le temps d'exécution de la R expressions)

    conda install -c r r-microbenchmark
    InformationsquelleAutor A. Beal
  7. 1

    Certains on a suggéré un pas de façon si élégante autour d'elle, mais ce qui est élégant aussi longtemps que cela fonctionne.

    installer.les packages ("ensemble", "/Users/yourusernamehere/anaconda/lib/R/library")

    J'ai passé presque toute une matinée à la recherche d'une réponse à ce problème. J'ai été en mesure d'installer les bibliothèques sur RStudio, mais pas sur Jupyter pour ordinateur Portable (ils ont des versions différentes d'R) La solution ci-dessus "presque" a travaillé, c'est juste que j'ai trouvé le Jupyter ordinateur Portable a été d'essayer de l'installer dans un répertoire différent, et il rendra compte de ce répertoire. Donc j'ai changé, et cela a fonctionné comme un charme... grâce à Dninhos

    InformationsquelleAutor rojour
  8. 1

    Installer rpy2 avec conda et ajoutez la ligne suivante dans votre Jupyter portable.

    %load_ext rpy2.ipython

    En suivant les morceaux, vous pouvez simplement exécuter n'importe quel r code en spécifiant %R

    Ci-dessous est ma méthode préférée pour installer et/ou de charge package r

    %R if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
%R pacman::p_load(dplyr, data.table, package3, package4)

    p_load argument installer + charge le paquet si elle n'est pas dans votre lib sinon il sera tout simplement le charger.

    InformationsquelleAutor Pranav Pandya
  9. 0

    Pour installer un CRAN package à partir de la ligne de commande:

    R --slave -e "install.packages('missing-package', repos='http://cran.us.r-project.org')"
    InformationsquelleAutor Alf Eaton
  10. -1

    J'ai tenté d'installer les packages R ggplot2, tidyverse, etc en utilisant la norme de la ligne de commande CRAN référentiels et a couru dans de multiples questions et problèmes.

    Tout de inutilisable "init.tcl" fichiers d'une chaîne de quinze erreurs de caractères. J'ai été en mesure d'utiliser la Conda installer et http://WWW.Anaconda.org site pour plus de détails. Cette installation de packages R au sein de l'Anaconda répertoire de l'architecture qui ont été exécutable dans la R dans un terminal, RStudio et R de l'environnement dans Jupyter Cahiers de l'Anaconda Navigator.

    par exemple: conda install -c r r-tidyverse
    Très facile et a travaillé la première fois.

    [Sur Kubuntu 17.04 avec Anaconda Navigator 1.6.2; R version 3.3.2 (2016-10-31)]

    • Est-ce une réponse?
    InformationsquelleAutor fab_rat