Dans la R 2.14.1, ce qui n'est mauvais signe dans " par l'argument de dire?

Voici mon code

slidingwindowplotATGC = function(windowsize, inputseq) 
{

starts = seq(1, length(inputseq)-windowsize, by = windowsize)
n = length(starts)
chunkGs = numeric(n)
chunkAs = numeric(n)
chunkTs = numeric(n)
chunkCs = numeric(n)
for (i in 1:n) { 
    chunk = windowsize[starts[i]:(starts[i]+9999)]
    chunkG = sum("g" == chunk)/length(chunk)
    chunkA = sum("a" == chunk)/length(chunk)
    chunkT = sum("t" == chunk)/length(chunk)
    chunkC = sum("c" == chunk)/length(chunk)
  chunkGs[i] = chunkG
    chunkAs[i] = chunkA
  chunkTs[i] = chunkT
  chunkCs[i] = chunkC
}   
plot(starts,chunkGs,type="b",ylim=c(min(min(chunkAs),min(chunkTs),min(chunkCs),min(chunkGs)),max(max(chunkAs),max(chunkTs),max(chunkCs),max(chunkGs))),col = "red")
points(starts,chunkTs,col = "blue")
points(starts,chunkAs,col = "green")
points(starts,chunkCs)

}

Im obtenir le message d'erreur suivant,

Error in seq.default(1, length(inputseq) - windowsize, by = windowsize) : 
  wrong sign in 'by' argument

que je n'ai jamais eu avant lors de l'exécution de codes de ce genre, enfait je re couru ancien code qui fonctionnait parfaitement avant, sauf que cette fois-Im obtenir ce message d'erreur qui ne semble pas faire le moindre sens! J'ai besoin d'aide, avant de me passer complètement fou... Peut-être que je suis juste mauvais à ce programme, mais il me semble qu'il a un esprit de sa propre... j'avais aussi un message d'erreur avant concernant la ylim fonction, en précisant qu'elle devait être une valeur finie, qui est ce que je donnais il? À l'AIDE!!!

Le premier problème est que vous avez besoin nchar(inputseq) plutôt que length(inputseq) dans la première ligne ...
la raison de votre ylim message d'erreur, c'est que tout dans votre calculée de paires de base de la fréquence des vecteurs a été NA ...

InformationsquelleAutor TheFoxx | 2012-02-21

3

Changement
```
starts = seq(1, length(inputseq)-windowsize, by = windowsize)
```
à
```
starts = seq(1, nchar(inputseq)-windowsize, by = windowsize)
```
en supposant que vous êtes en utilisant un caractère de vecteur de inputseq, comme
```
slidingwindowplotATGC(3, "ATAGACGATACGATACCCCGAGGGTAGGTA")
```
ETA: mis à part cette différence, il y a de très graves problèmes avec la façon dont vous utilisez le caractère de vecteurs. Par exemple:
```
 windowsize[starts[i]:(starts[i]+9999)]
```
1. Pourquoi faut-il regarder comme si vous êtes de la sélection de windowsize, qui est juste un entier de votre taille de la fenêtre? Avez-vous été à essayer de sélectionner à partir de inputseq?
2. Même si vous avez été la sélection de inputseq, la façon de le faire est substr(inputseq, start, stop)
3. D'où vient le starts[i]+9999 viennent? Voulez-vous dire starts[i]+windowsize?
Vous devriez commencer sur et à examiner attentivement ce que vous êtes en train de faire, et d'apprendre les bons outils pour le faire au sein de R.

ETA: Voici une proposition de réécriture de ce que vous essayez de le faire (vous aurez besoin d'installer le forfait zoo de la première):
```
library(zoo)

slidingwindowplotATGC = function(windowsize, inputseq) 
{
    print(nchar(inputseq)-windowsize)
    s = strsplit(inputseq, "")[[1]]
    starts = seq(1, nchar(inputseq)-windowsize, by = windowsize)
    n = length(starts)
    letters = c("a", "c", "g", "t")
    colors = c("green", "black", "red", "blue")
    counts = t(sapply(letters, function(l) rollapply(s, windowsize, function(x) mean(x == l))))
    plot(counts[1, ], type="l", col=colors[1])
    for (i in 2:4) {
        points(counts[i, ], type="l", col=colors[i])
    }
    print(counts)
}

slidingwindowplotATGC(10, "aagaaaagatcaaagaccagccgccccaccccccagagccccccc")
```
Cela devrait vous obtenez la plupart du chemin. Après ça, vous êtes sur votre propre 😉
- Cependant, il n'a pas de travail, je suis aide d'un très grand séquence, et son retour cette erreur Erreur dans seq.par défaut(1, nchar(inputseq) - windowsize, par = windowsize) : mauvais signe dans 'par' argument De plus: le message d'Avertissement: si (n < 0L) stop("mauvais signe" par "argument") : la condition est de longueur > 1 et seul le premier élément sera utilisé
- Voir mon commentaire pour quelques autres questions
- Il y a beaucoup de choses qui se passent avec ce code. Pourriez-vous s'il vous plaît poster le code que vous avez utilisé pour appeler la fonction?
- vous devriez aussi jeter un oeil à la rollapply fonction dans le zoo paquet, et d'envisager mean(chunk=="g") plutôt que sum(chunk=="g")/length(chunk)
- Merci encore, désolé j'ai été déconner avec ce code pour la meilleure partie de 5 heures, l'original avait inputseq là, au lieu de windowsize, je l'ai mis là par hasard, mais c'est facilement résolu. Le reste du code est du son, je vous l'assure. La par argument problème tient toujours, cependant???
- slidingwindowplotATGC(10000,ruminisseq). C'est ce que j'utilise pour appeler la fonction avec ruminisseq d'être un très grand séquence, plus de 2 millions de caractères, je crois.
- moyen ne serait pas de travail, j'ai besoin de savoir combien de fois "g" apparaît dans la fenêtre Im regardant, mais merci Ben. Mais aucune de ces questions pour l'instant, si le code ne peut pas obtenir au-delà de la deuxième ligne et la en argument problème.
- user1048244: Le reste du code n'est pas de son, du moins pas si vous êtes à l'appel de la fonction avec un caractère de vecteur. Est-il possible que vous appelez avec autre chose, comme un vecteur de chaînes de caractères (ce qui est une chose très différente). Dans tous les cas, essayer mon code ci-dessus.
- Ok merci pour l'affichage de la réorientation de l'écrire, mais ce n'est pas ce dont j'ai besoin maintenant, il y a des fonctions là, je ne comprends même pas.. que ma question de départ indiqué, j'obtiens cette erreur, qui n'a pas de sens. J'ai exécuté ce code exact avant sans erreur, rien n'a changé, mais il a cessé de fonctionner. Pourquoi?
- Vous êtes à l'appeler avec un autre type de variable (qui est, le type de ruminisseq). Avant de vous doit avoir été de l'appeler à l'aide d'un vecteur de chaînes individuelles, ou quelque chose de semblable (comme c("a", "c", "g", "g", "g", "a", "t")). Maintenant, vous êtes à l'appeler avec un caractère de vecteur comme "acgggat". Avec un personnage, vectoriel, rien de ce code fonctionne.
- Pourriez-vous utiliser dput(ruminisseq) pour obtenir une version de ruminisseq nous pouvons le reproduire et de le coller dans la question? (Ou peut-être une courte séquence qui présente le même comportement problématique)
- Voir mes commentaires ci-dessus. Cette différence dans le type de données explique/vous arrive-delà de la première ligne, mais il est vraiment difficile de comprendre ce que le sens de la première ligne à l'intérieur de la for boucle fait/peut faire. (Si je lance avec le caractère de vecteur, je reçois à travers la boucle sans erreurs, mais, comme expliqué ci-dessus, je me retrouve avec tous les NAs dans les résultats.)
InformationsquelleAutor David Robinson
3

Une poursuite de la condensation. Vous devez spécifier windowsize (largeur de la fenêtre) et by (périodicité de l'échantillonnage) séparément, bien que je pense vous vouliez de la même manière (c'est à dire hacher la séquence en morceaux) -- si vous voulez une fenêtre coulissante vous pouvez utiliser by=1.

L'erreur que vous voyez ci-dessus est le plus susceptible de se produire car pour une raison quelconque windowsize est plus grand que nchar(inputseq).
```
slidingwindowplotATGC = function(windowsize, by, inputseq) {
  s = strsplit(inputseq, "")[[1]]
  colors = c("green", "black", "red", "blue")
  counts =  rollapply(factor(s), width=windowsize, by=by,table)
  matplot(counts,type="l", lty=1,col=colors)
  counts
}

itest <- "aagaaaagatcaaagaccagccgccccaccccccagagccccccc"
slidingwindowplotATGC(10, itest)
```
Vous devriez également vérifier Bioconductor -- il est fort probable qu'il y a un code efficace, là quelque part pour faire ce genre de résumé.
- si vous souhaitez exécuter la présente avec un caractère de vecteur à la place (c'est à dire pré-split), puis il suffit de commenter la première ligne et de la remplacer s avec inputseq
InformationsquelleAutor Ben Bolker

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