Diviser chaque bloc de données ligne par le vecteur dans la R

Je suis en train de diviser chaque nombre à l'intérieur d'un bloc de données avec 16 colonnes par un nombre spécifique pour chaque colonne. Les numéros sont stockées en tant que données d'image avec 1-16 correspondant aux échantillons dans les grandes trames de données des colonnes 1 à 16. Il y a un seul chiffre par colonne que j'ai besoin de diviser par chaque nombre de la plus grande feuille de calcul et d'impression à la sortie d'une dernière feuille de calcul.

Ici et exemple de ce que je prends. La feuille de calcul pour être divisé.

            X131.478.1 X131.478.2 X131.NSC.1 X131.NSC.2 X166.478.1 X166.478.2
1/2-SBSRNA4          4          2          2          6          7          6
A1BG                93         73         88         86         58         65
A1BG-AS1           123        103         96        128         46         57

Les chiffres pour diviser la feuille de calcul par

X131.478.1 1.0660880
X131.478.2 0.9104053
X131.NSC.1 0.8642545
X131.NSC.2 0.9611866
X166.478.1 0.9711406
X166.478.2 1.0560121

Et les résultats attendus, pas nécessairement arrondis comme je l'ai fait ici.

    X131.478.1 X131.478.2 X131.NSC.1 X131.NSC.2 X166.478.1 X166.478.2
1/2-SBSRNA4          3.75          2.19          2.31          6.24          7.20         5.68
A1BG                87.23         80.17         101.82         89.47         59.72         61.55
A1BG-AS1           115.37        113.13         111.07        133.16         47.36         53.97

J'ai essayé de simplement diviser les trames de données mx2 = mx/sf avec mx être le grand ensemble de données et de sf étant le bloc de données de numéros de diviser par. Qui semblait tout diviser par le premier numéro de la sf jeu de données.

Les chiffres de la division ont été générés par estimateSizeFactors, une partie de la DESeq paquet si cela aide.

Toute aide serait super. Merci!

Ce n'est rien, mais multiplication de matrice par un vecteur; voir ma réponse.

OriginalL'auteur user1883101 | 2012-12-12

dataframe divide r vector

sweep est utile pour ces sortes d'opérations. Par exemple, certaines données factices où nous diviser chaque élément dans les différentes colonnes de la matrice mat par la valeur correspondante dans le vecteur vec:

mat <- matrix(1:25, ncol = 5)
vec <- seq(2, by = 2, length = 5)

sweep(mat, 2, vec, `/`)

Dans l'utilisation que nous avons:

> mat
     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]    1    6   11   16   21
[2,]    2    7   12   17   22
[3,]    3    8   13   18   23
[4,]    4    9   14   19   24
[5,]    5   10   15   20   25
> vec
[1]  2  4  6  8 10
> sweep(mat, 2, vec, `/`)
     [,1] [,2]     [,3]  [,4] [,5]
[1,]  0.5 1.50 1.833333 2.000  2.1
[2,]  1.0 1.75 2.000000 2.125  2.2
[3,]  1.5 2.00 2.166667 2.250  2.3
[4,]  2.0 2.25 2.333333 2.375  2.4
[5,]  2.5 2.50 2.500000 2.500  2.5
> mat[,1] / vec[1]
[1] 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5

Ce n'est rien, mais multiplication de matrice par un vecteur; voir ma réponse.

OriginalL'auteur Gavin Simpson

Juste de variété, vous pouvez également utiliser mapply

mx <- structure(list(X131.478.1 = c(4L, 93L, 123L), X131.478.2 = c(2L, 
73L, 103L), X131.NSC.1 = c(2L, 88L, 96L), X131.NSC.2 = c(6L, 
86L, 128L), X166.478.1 = c(7L, 58L, 46L), X166.478.2 = c(6L, 
65L, 57L)), .Names = c("X131.478.1", "X131.478.2", "X131.NSC.1", 
"X131.NSC.2", "X166.478.1", "X166.478.2"), class = "data.frame", row.names = c("1/2-SBSRNA4", 
"A1BG", "A1BG-AS1"))

sf <- structure(list(V1 = c(1.066088, 0.9104053, 0.8642545, 0.9611866, 
0.9711406, 1.0560121)), .Names = "V1", row.names = c("X131.478.1", 
"X131.478.2", "X131.NSC.1", "X131.NSC.2", "X166.478.1", "X166.478.2"
), class = "data.frame")


mapply(function(x, y) x * y, mx, t(sf))


    X131.478.1 X131.478.2 X131.NSC.1 X131.NSC.2 X166.478.1 X166.478.2
[1,]   4.264352   1.820811   1.728509    5.76712   6.797984   6.336073
[2,]  99.146184  66.459587  76.054396   82.66205  56.326155  68.640787
[3,] 131.128824  93.771746  82.968432  123.03188  44.672468  60.192690

Mais pour cela, je pense que Josh réponse, c'est mieux... et Gavin est encore mieux!

OriginalL'auteur Justin

1

Ce n'est rien, mais élément-sage de la multiplication de matrice:
```
mat <- matrix(c(4,2,2,6,7,6, 93,73,88,86,58,65, 123,103,96,128,46,57), nrow=3, byrow=T)

vec = c(1.0660880,0.9104053,0.8642545,0.9611866,0.9711406,1.0560121)

mat %o% 1/vec

           [,1]      [,2]       [,3]       [,4]      [,5]      [,6]
[1,]   3.752035  2.080761   1.876018   6.242284  6.566062  6.242284
[2,] 102.152305 75.169342  96.660246  88.555663 63.707889 66.931606
[3,] 142.319190 97.536761 111.078392 121.210732 53.225063 53.976654
```
Pour ce faire nous avons utilisé le extérieure approche du produit, puisque directement essayer mat %*% 1/vec donne une erreur sur non-conformable arguments parce qu'ils ont des formes différentes.
Ou de regarder le nombre de messages sur https://stackoverflow.com/search?q=%5Br%5D+multiplier+matrix+par+vecteur

Votre sortie ne correspond pas à l'OP de la sortie attendue.
De la merde, vous avez raison, c'est l'élément de sage multiplication/division). Je vais devoir faire le %*% approche de travail.

OriginalL'auteur smci

Vous pouvez utiliser transform

mx2 <- transform(mx, 
    X131.478.1=X131.478.1/sf["X131.478.1",1],
    X131.478.2=X131.478.2/sf["X131.478.2",1],
    etc
)

Tout à fait un peu de type de avec 16 colonnes, mais il devrait fonctionner.

OriginalL'auteur Karsten W.

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