Erreur dans la svd(x, nu = 0) : 0 dimensions étendue

Je suis en train de faire de l'APC sur la trame de données avec 5000 colonnes et 30 lignes

Sample <- read.table(file.choose(), header=F,sep="\t")
Sample.scaled <- data.frame(apply(Sample,2,scale))
pca.Sample <- prcomp(Sample.scaled,retx=TRUE)`

Obtenu l'erreur

Error in svd(x, nu = 0) : infinite or missing values in 'x'

sum(is.na(Sample))
[1] 0

sum(is.na(Sample.scaled))
[1] 90

Essayé de l'ignorer tous les na les valeurs à l'aide de la

pca.Sample <- prcomp(na.omit(Sample.scaled),retx=TRUE)

Qui donne l'erreur suivante

Error in svd(x, nu = 0) : 0 extent dimensions

Il y avait des rapports que na.l'action nécessite une formule donnée, et donc essayé de le ci-dessous

pca.Sample <- prcomp(~.,center=TRUE,scale=TRUE,Sample, na.action=na.omit)

Maintenant l'erreur suivante se produit

Error in prcomp.default(x, ...) :
  cannot rescale a constant/zero column to unit variance

Pense que le problème est peut-être parce que "l'Un de mes colonnes de données est constante. La variance d'une constante est 0, et serait mise à l'échelle, puis diviser par 0, ce qui est impossible."

Mais vous ne savez pas comment y remédier. Toute aide appréciée ....

Essayez is.finite(Sample) au lieu de is.na. Aussi, vous lisez dans les données.image, convertir à la matrice et aux données.cadre, vous êtes sûr que tous vos colonnes dans Sample sont numériques (ou que R pense qu'ils sont). lapply(Sample, scale) peut fonctionner mieux.
Notez également que ?prcomp a déjà un na.action= paramètre qui doit être na.omit par défaut.
Merci pour la mise en forme

OriginalL'auteur Tinu Thomas | 2012-11-12

  1. 5

    À en juger par le fait que sum(is.na(Sample.scaled)) sort 90, quand sum(is.na(Sample)) était 0, on dirait que vous avez trois constant colonnes.

    Voici un générés aléatoirement (reproductible), par exemple, qui donne les mêmes messages d'erreur:

    Sample <- matrix(rnorm(30 * 5000), 30)
Sample[, c(128, 256, 512)] <- 1

Sample <- data.frame(Sample)
Sample.scaled <- data.frame(apply(Sample, 2, scale))

> sum(is.na(Sample))
[1] 0

> sum(is.na(Sample.scaled))
[1] 90

# constant columns are "scaled" to NA.
> pca.Sample <- prcomp(Sample.scaled,retx=TRUE)
Error in svd(x, nu = 0) : infinite or missing values in 'x'

# 3 entire columns are entirely NA, so na.omit omits every row
> pca.Sample <- prcomp(na.omit(Sample.scaled),retx=TRUE)
Error in svd(x, nu = 0) : 0 extent dimensions

# can't scale the 3 constant columns
> pca.Sample <- prcomp(~.,center=TRUE,scale=TRUE,Sample, na.action=na.omit)
Error in prcomp.default(x, ...) : 
  cannot rescale a constant/zero column to unit variance

    Vous pouvez essayer quelque chose comme:

    Sample.scaled.2 <- data.frame(t(na.omit(t(Sample.scaled))))
pca.Sample.2 <- prcomp(Sample.scaled.2, retx=TRUE)

    c'est à dire utiliser na.omit sur la transposition de se débarrasser de la NA colonnes plutôt que de lignes.

    Merci @pete. Il a fonctionné parfaitement bien
    Comment est le cas de valeurs infinies?

    OriginalL'auteur pete

  2. 2

    L'infini négatif valeurs peuvent être remplacées après un journal transformer comme ci-dessous.

    log_features <- log(data_matrix[,1:8])
log_features[is.infinite(log_features)] <- -99999

    OriginalL'auteur Joshua Burkhart