Erreur dans le fichier(fichier, “rt”) : invalid 'description' argumentation complète.cas du programme

Je suis en train d'écrire une fonction R qui lit un répertoire plein de fichiers et rapports sur le nombre de cas observés dans chaque fichier de données. La fonction renvoie une trame de données où la première colonne est le nom du fichier et la deuxième colonne est le nombre de cas.

comme,

id nobs
1  108
2  345
...
etc

Voici la fonction que j'ai écrit:

complete <- function(directory, id = 1:332) {

  for(i in 1:332) {
    path<-paste(directory,"/",id,".csv",sep="")
    mydata<-read.csv(path)
    #nobs<-nrow(na.omit(mydata))
    nobs<-sum(complete.cases(mydata))
    i<-i+1
  }

  completedata<-c(id,nobs)
}

J'exécute la fonction:

complete("specdata",id=1:332)

mais j'obtiens cette erreur:

Error in file(file, "rt") : invalid 'description' argument

J'ai aussi essayé la traceback() fonction de débogage mon code et il donne à cette sortie:

traceback()
# 4: file(file, "rt") at #6
# 3: read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, 
#    dec = dec, fill = fill, comment.char = comment.char, ...) at #6
# 2: read.csv(path) at #6
# 1: complete("specdata", id = 1:332)

InformationsquelleAutor Pranav Pandya | 2013-01-20

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C'est difficile à dire sans complètement reproductible exemple, mais je pense que votre problème vient de cette ligne:
```
path<-paste(directory,"/",id,".csv",sep="")
```
id ici est un vecteur, chemin devient un vecteur de chaînes de caractères, et lorsque vous appelez read.csv vous êtes de passage tous les chemins à la fois au lieu d'une seule. Essayez de modifier la ligne ci-dessus pour
```
path<-paste(directory,"/",id[i],".csv",sep="")
```
et voir si cela fonctionne.
- merci Jonathan pour votre rapide et réponse rapide. Il a résolu l'erreur.
InformationsquelleAutor Jonathan Christensen
5

Il semble que vous avez un problème avec votre chemin d'accès au fichier.
Vous êtes de passage à la pleine vecteur id =c(1:332) pour le chemin du fichier de nom.
Si vos fichiers sont nommés de 1.csv, 2.csv, 3.csv, etc..

Vous pouvez modifier cette ligne:
```
path<-paste(directory,"/",id,".csv",sep="")
```
à
```
path<-paste(directory,"/",i,".csv",sep="")
```
et de sortir ou de retravailler l'id de l'entrée de votre fonction.
- merci Nathan pour m'avoir aidé à résoudre le problème et de me permettre de comprendre où j'ai fait une erreur.
InformationsquelleAutor N8TRO
3

Au lieu d'utiliser un for pour lire les données, vous pouvez essayer sapply. Par exemple

mydata <- sapply(path, read.csv).

Depuis path est un vecteur, sapply réitérera le vecteur et d'appliquer read.csv à elle. Par conséquent, il n'y aura pas besoin de la for boucle et votre code sera plus propre.

À partir de là, vous aurez une matrix qui chacun de vos fichiers et de leurs informations respectives à partir de laquelle vous pouvez extraire les observations.

Pour trouver les observations, vous pouvez le faire mydata[2,1][[1]]. Rappelez-vous que les lignes seront vos facteurs et vos colonnes seront vos fichiers.

InformationsquelleAutor Jeel Shah

J'ai rencontré le même problème dans cette phrase:

Browse[2]> read.csv(list.files(".", "XCMS-annotated-diffreport--.*csv$"), row.names = 1)
Error in file(file, "rt") : invalid 'description' argument

puis, j'ai trouvé il y a deux types de fichiers csv dans le même chemin, comme ceci:

Browse[2]> list.files(".", "XCMS-annotated-diffreport--.*csv$")
[1] "XCMS-annotated-diffreport--1-vs-2-Y.csv" "XCMS-annotated-diffreport--1-vs-2.csv"

Lorsque j'ai supprimé un fichier, il fonctionne à nouveau.

InformationsquelleAutor Belter

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