Erreur de test de Fisher: LDSTP est trop petit

entrée

NN <- c(359,32);JJ <- c(108,13);NNS <- c(103,15);VBN <- c(95,9);RB <- c(63,11);NNP <- c(56,0);VBG <- c(55,10);IN <- c(38,16);VB <- c(20,10);CD <- c(17,6);CC <- c(11,6);DT <- c(11,4);MD <- c(8,5);PRP4 <- c(8,1);PRP <- c(7,4);FW <- c(5,1);VBD <- c(5,3);RBR <- c(4,0);VBP <- c(4,1);VBZ <- c(4,3);WRB <- c(4,2);EX <- c(3,1);NNPS <- c(2,0);WDT <- c(2,3);WP <- c(2,1);PDT <- c(1,1);POS <- c(1,0);RBS <- c(1,0);TO <- c(1,1);UH <- c(0,1)
Finaltable <-
cbind(NN,JJ,NNS,VBN,RB,NNP,VBG,IN,VB,CD,CC,DT,MD,PRP4,PRP,FW,VBD,RBR,VBP,VBZ,WRB,EX,NNPS,WDT,WP,PDT,POS,RBS,TO,UH)
rownames(Finaltable) <- c("tag1","tag2")
Finaltable
chisq.test(Finaltable)
fisher.test(Finaltable)

sortie

fisher.test(Finaltable) : FEXACT error 7.
LDSTP is too small for this problem.
Try increasing the size of the workspace.

Comment puis-je résoudre ce problème sans modifier les données brutes? Est-il un non-paramétrique de test pour cette comparaison?

source d'informationauteur Choijaeyoung

  1. 20

    Vous pouvez essayer d'augmenter le workspace argument de sa valeur par défaut, mais je ne sais pas si vous allez être en mesure de le faire assez grand (j'ai donné jusqu'à workspace=2e8qui ne parvient toujours pas; j'ai couru hors de la mémoire à workspace=2e9.) Vous pouvez également essayer simulé la p-valeurs, par exemple fisher.test(Finaltable,simulate.p.value=TRUE,B=1e7) (par exemple), mais depuis la p-valeur est très petite, vous allez avoir besoin d'un grand nombre de simulations (B) si vous voulez faire plus que lié à la p-valeur, qui sera aussi très lent. (Pour plus fins, sachant que p est <1e-7 est plus que suffisant-mais dans certains bioinformatique contextes les gens veulent utiliser p comme un indice de la force du signal et/ou d'imposer des massifs de multiples corrections de comparaisons. Je n'aime pas vraiment ces approches, mais ils sont là ...)