Erreur lors de la création de cartes de chaleur - NA/NaN/Inf étrangères appel de fonction (arg 11)

Je suis en train de préparer heatmap pour mes données, mais je n'ai aucune idée de pourquoi cette erreur apparaît.

Mes données:

> dput(head(tbl_ready))
structure(c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0.370330677123077, 
0, 0, 0, 0, 0, 0.53318856142826, 0, 0, 0, 0, 0, 0.217669675587482, 
0, 0, 0, 0.79337589572453, 0, 1, 0.0132525790616207, 0, 0, 1, 
0.498415470211292, 0.216961707575178, 0.0646831352678839, 0, 
0, 0, 0.778625047514492, 0.165974546372072, 0.076951015613392, 
0.889894091237216, 0, 0, 1, 0.129806153151281, 0.197647497443337, 
1, 0, 0, 0.509023013860118, 0.159412145987791, 0.207873742711735, 
0.749031133231353, 0.222918051830986, 0, 0.741479370384933, 0.133323148299248, 
0.216599753666685, 0.962652293738836, 0.303065152126049, 0, 0.801394522615822, 
0, 0.15864534869139, 0, 0.193050421324826, 0, 0.799048954936309, 
0, 0.328823938175914, 1, 0.425065664971905, 0, 0.578904125773447, 
0, 0.186228586828205, 0, 0.428641900764779, 0, 0.276948678897629, 
0, 0.117434041208573, 0, 0.272644463294893, 0, 0.138614907082177, 
0, 0.180927300758764, 0, 0.435388112571728, 0, 0, 0, 0.475087644525129, 
0, 0.762104865898499, 0, 0, 0, 0.227200985463951, 0, 0.418218667506089, 
0, 0, 0, 0.478763051110549, 0, 0.875837464800909, 0, 0, 0, 0.188429982762364, 
0, 0.418218667506089, 0, 0, 0, 0.349226871785504, 0, 0.998103388096146, 
0, 0, 0, 0.444963481341964, 0, 1, 0, 0, 0, 0.0670152075162316, 
0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0), .Dim = c(6L, 24L), .Dimnames = list(
NULL, c("X1", "X2", "X3", "X4", "X5", "X6", "X7", "X8", "X9", 
"X10", "X11", "X12", "X13", "X14", "X15", "X16", "X17", "X18", 
"X19", "X20", "X21", "X22", "X23", "X24")))

Le code que j'utilise pour créer une heatmap (il fonctionne pour les autres données):

## For all of the genes
tbl_ready <- as.matrix(tbl_for[,2:25])
mode(tbl_ready)<-"numeric"
library(gplots)
heatmap.2(tbl_ready,
Colv = NA,
scale = "none",
dendrogram = "row",
col=rainbow(256, s = 1, v = 1, start = 0, end = 2/6, alpha = 1),
density.info = "none",
trace = "none",
key = FALSE,
cexCol=0.5,
cexRow=1)
mtext(paste("ATh",""), side=3, line=-1, cex=1.5, col="black") 
mtext("Size in kDa", side=1, line=3.5, cex=1.3, col="black")

J'ai même essayé de remplacer Na/NaN/Inf à 0 pour éviter les problèmes:

## Replacing Na by 0
is.na(tbl_ready) <- sapply(tbl_ready, is.infinite)
tbl_ready[is.na(tbl_ready)] <- 0
tbl_ready[is.nan(tbl_ready)] <- 0

mais l'erreur s'affiche toujours:

Error in hclustfun(distfun(x)) : 
NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11)
Je ne peux pas reproduire l'erreur à l'aide de l'échantillon de données que vous avez posté (heatmap parcelles très bien). Ce n'est que le reste des données? Toute anomalie?
Je ne suis pas la suite. Il n'y a pas NA valeurs dans vos données, ni Inf ou NaN pour cette question. heatmap (base R) a très bien fonctionné pour moi à l'origine, tbl_ready de la matrice.

OriginalL'auteur Shaxi Liver | 2014-05-19

  1. 7

    Moi aussi j'ai été incapable de reproduire l'erreur avec l'échantillon de données ci-dessus, mais quand je n'ai

    tbl_ready[1,1] <- Inf

    et il a couru de nouveau, j'ai eu le même message d'erreur. De ce fait, il est probablement une valeur infinie dans la matrice. Êtes-vous sûr que sum(is.infinite(tbl_ready)) retourne 0 après votre nettoyage?

    OriginalL'auteur MrFlick

  2. 5

    Essayer d3heatmap(tbl_ready,Rowv = FALSE, Colv=FALSE)

    Automatique de la réorganisation de lignes et de colonnes était à l'origine un problème pour moi aussi, la désactivation, le problème a été résolu

    OriginalL'auteur hedgedandlevered

  3. 2

    Qui se passe parce que vous avez une ligne vide quelque part dans le tableau.

    OriginalL'auteur Ammar