Erreur lors de l'installation mpi4py

Je suis en train d'installer mpi4py utilisation de pip install mpi4py, mais j'obtiens l'erreur suivante: 

error: Cannot find 'mpi.h' header. Check your configuration!!!

Plus tôt dans le même rapport d'erreur que j'ai,

clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see    invocation)

Quel peut être le problème?

Merci!

  • Quelles sont les commandes faites-vous exécuter? Avez-vous des MPI installé?
  • qu'est-ce que os x spécifique à ce sujet?
InformationsquelleAutor nargles324 | 2015-02-10
  1. 19

    J'ai rencontré le même problème et l'a résolu ce, premièrement 

    brew install mpich

    Et puis 

    pip install mpi4py
    InformationsquelleAutor American curl
  2. 19

    Que l'erreur dit, il existe des bibliothèques manquantes. Je l'ai résolu en installant libopenmpi paquet-dev

    sudo apt install libopenmpi-dev

    puis installé le mpi4py utilisation de pip

    sudo pip install mpi4py
    • Notez que cette question a été marqué osx et apt implique debian/ubuntu/related variants (mais pas en disant que la réponse est mauvaise)
    InformationsquelleAutor mcshell
  3. 3

    Si mpi4py ne peut pas trouver de mpi.h, alors probable que le problème est de savoir comment vous le signaler mpi4py à votre bibliothèque mpi.

    $ python setup.py build --mpicc=/where/you/have/mpicc

    Maintenant, là, il y a quelques cas particuliers liés à OS X. Vous devez consulter http://mpi4py.scipy.org/docs/usrman/install.html pour voir si tout s'applique à vous.

    • si vous souhaitez utiliser pip, vous pouvez le faire: env MPICC=/path/to/mpicc/ pip install mpi4py
    InformationsquelleAutor Rob Latham
  4. 3

    vous pouvez faire ceci:

    brew install mpich

    puis 

    sudo find / -name mpicc

    enfin

    env MPICC=/yourpath/mpicc pip3 install mpi4py
    InformationsquelleAutor demonchang
  5. 0

    Si quelqu'un trébuche et a le même problème que j'avais:

    J'ai voulu installer mpi4py utilisation de pip en tant que root:

    sudo pip install mpi4py

    J'ai eu le message d'erreur que mpi.h était absent lors de l'installation. Le chemin a été correctement définie, mais seulement pour mon utilisateur, pas pour l'utilisateur root. Donc, si vous rencontrez un problème avec les bibliothèques manquantes/en-têtes, au cours de toute l'installation, assurez-vous que l'environnement est également mis en place pour l'utilisateur root.

    Comme je l'ai utiliser mpi-selector pour sélectionner implémentation mpi vous utilisez, j'ai juste eu à exécuter mpi-selector comme la racine de tout mettre en place correctement, et l'installation a réussi.

    • mpi.h est un fichier d'en-tête et LD_LIBRARY_PATH est pour les bibliothèques. La question était plus probable avec votre $PATH (par exemple mpicc et amis ne sont pas dans votre chemin d'accès par défaut)
    • Oui, vous avez raison. J'ai édité ma réponse en conséquence.
    InformationsquelleAutor thepith