Erreur lors de l'installation RMySQL (MySQL 5.5.37 dans Ubuntu 14.04 )
Chaque fois que j'essaie d'installer RMySQL j'obtiens l'erreur suivante:
Installing package into ‘/home/ehsan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0’
(as ‘lib’ is unspecified)
* installing *source* package ‘RMySQL’ ...
** package ‘RMySQL’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output file name... a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of executables...
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ANSI C... none needed
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
checking for compress in -lz... yes
checking for getopt_long in -lc... yes
checking for mysql_init in -lmysqlclient... yes
checking for egrep... grep -E
checking for ANSI C header files... yes
checking for sys/types.h... yes
checking for sys/stat.h... yes
checking for stdlib.h... yes
checking for string.h... yes
checking for memory.h... yes
checking for strings.h... yes
checking for inttypes.h... yes
checking for stdint.h... yes
checking for unistd.h... yes
checking mysql.h usability... no
checking mysql.h presence... no
checking for mysql.h... no
configure: creating ./config.status
config.status: creating src/Makevars
** libs
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/usr/include/mysql/mysql.h -fpic -O3 -pipe -g -c RS-DBI.c -o RS-DBI.o
cc1: warning: /usr/include/mysql/mysql.h: not a directory [enabled by default]
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/usr/include/mysql/mysql.h -fpic -O3 -pipe -g -c RS-MySQL.c -o RS-MySQL.o
cc1: warning: /usr/include/mysql/mysql.h: not a directory [enabled by default]
In file included from RS-MySQL.c:22:0:
RS-MySQL.h:32:19: fatal error: mysql.h: No such file or directory
#include <mysql.h>
^
compilation terminated.
make: *** [RS-MySQL.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘RMySQL’
* removing ‘/home/ehsan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/RMySQL’
The downloaded source packages are in
‘/tmp/RtmpTRRPqg/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("RMySQL") :
installation of package ‘RMySQL’ had non-zero exit status**Apparemment, il ne peut pas trouver de mysql.h et j'ai cherché et modifié le chemin d'accès à
exportation PKG_CPPFLAGS="-I/usr/R/include/mysql/mysql.h"
mais il n'a pas réussi. Il y a beaucoup de gens qui ont eu le même problème, mais non de leurs solutions (s'il existait) a travaillé pour moi. Je te remercie de tout commentaire ou de l'aide.
#mise à Jour: Problème Résolu#
La commande suivante a semblé résoudre le problème:
sudo apt-get install r-cran-rmysql
- Vous pouvez écrire votre propre réponse au lieu de l'édition d'un "problème résolu"
- Je préfère la plus compacte!
- Ok. Mais je dis juste que parfois les gens vont upvote votre réponse même si vous avez répondu à votre propre question.
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Comme l'a dit, la commande suivante a fonctionné pour moi:
Mon ce problème a été résolu en exécutant la commande suivante:
depuis @ehsanmo n'a pas posté sa réponse comme une réponse, je le ferai, et de confirmer que sa solution fonctionne pour moi aussi:
(Je suis sur mint 12)
Bien, il y a deux types d'installation/créer des problèmes. Manquant .h les fichiers et/ou manquant .donc/.un libs. Comme vous pouvez le voir à partir de votre journal, vous avez un manque .h
La raison de ces multiples:
1.- le paquet qui fournit ces n'est pas installé. Cela signifie que ces fichiers ne peuvent pas être trouvés n'importe où dans le répertoire /usr arbre. La solution est d'installer un bon paquet, assurez-vous que les fichiers sont là
2.- Les includes ne sont pas trouvées par l'installation du configurateur. Cela signifie qu'une variable d'environnement ou de l'option d'installation n'est pas correctement configuré. La variable qui est généralement spécifiée dans la documentation; dans certains cas, vous avez besoin d'installer quelque chose en dehors de la R et de nouveau, c'est généralement spécifiée dans la documentation.
3.- les libs ne sont pas dans le LD_LIBRARY_PATH, et j'espère que la solution qui est auto-explicatif.
4.- Il y a une plus profonde de la compilation/erreur de lien, sens le paquet n'est pas compatible avec le reste de la sw, ou n'a pas été correctement porté.