exécuter des scripts ou des commandes avec interpréteur dans unix pour unix-profane

Je suis laïc à unix et jusqu'à présent j'ai l'aide de R dans windows. Par exemple, j'ai tapez ce qui suit dans mes R de la session (dans la R gui).

# this is a my funny example script 
X <- 1:10
Y <- 21:30
plot(X, Y)
myfun <- function (x){
              x1 <- x^0.2
              return (x1)
             }
myfun(X)

Comment puis-je réaliser cet objectif dans le shell unix, dans les deux cas -

(1) directement en ligne de commande via un interprète
(2) la création d'un script et d'exécuter le script.

Veuillez fournir étape, étant donné que je suis laïc à unix.

source d'informationauteur SHRram

  1. 25

    En supposant que vous enregistrez votre script dans un simple fichier texte avec le nom so.Rvous pouvez l'exécuter sous Linux/Unix en tapant R à l'invite de commandes. Une fois dans la R entrée

      source('so.R')

    pour exécuter le script à l'intérieur de la R de l'environnement (ce qui suppose la sorte.R fichier est dans le même répertoire que vous êtes lorsque vous lancez cette commande).

    Pour exécuter le script à partir de l'environnement Linux/Unix en ligne de commande, utilisez la commande suivante:

      R CMD BATCH so.R

    Remarque que j'ai eu l'intrigue à afficher lorsque j'ai exécuté le script à l'intérieur de R, mais à partir de la ligne de commande de Linux qu'il ne montre pas. Je soupçonne qu'il obtient rapidement et puis s'en va, alors il y aura une R de la commande que vous avez à regarder pour faire une pause après il affiche l'intrigue.

  2. 1

    Si votre programme est de travailler sur un jeu de données unique, alors simple-r peut être la solution:

    http://code.google.com/p/simple-r/

    Il est spécialement conçu pour l'analyse statistique simple, comme une partie de la ligne de commande Linux. Par exemple, si l'on veut tracer certaines données, "r -p data.txt' va faire le travail, pour obtenir le coefficient de corrélation: r cor data.txt' suffit.

  3. 1

    Je devine à partir de la façon dont vous avez formulé votre question que vous avez peut-être SSH ed dans une machine linux? Ou que vous avez installé Ubuntu, par exemple, sur votre habituelle ordinateur portable/PC.

    En supposant que c'est le deuxième cas: ouvrez un terminal et tapez sudo apt-get install r-base. Tapez R. Tapez 

    X <- 1:10
Y <- 21:30
plot(X, Y)
myfun <- function (x){
              x1 <- x^0.2
              return (x1)
             }
myfun(X)

    Étant donné que votre question est à propos de unix contre linux plutôt que Rvous pouvez également essayer http://unix.stackexchange.com. Il y a beaucoup à dire sur les différences entre linux et unix, mais tous vous avez probablement besoin de savoir, c'est: télécharger Ubuntule graver sur un disque, puis redémarrez votre ordinateur avec le disque dans votre lecteur de CD-rom.

    Espère que cette aide.

  4. 1

    Les exemples ci-dessous montrent deux façons d'exécuter des R de code dans un script shell. Les deux
    des exemples seront également définir des fonctions sans les exécuter, si les scripts
    chargé d'un cours interactif de R une session via la source() fonction.

    Le premier exemple permet de donner des arguments comme vous le feriez pour tout autre shell
    script, mais de ne pas passer supplémentaires de R-options sur R (car Rscript donne
    "--args" R comme l'un des arguments).

    Le deuxième exemple permet de donner plus de R-options, mais génère
    (inoffensif) les messages d'avertissement, à moins que vous donnez "--args" comme l'un des script
    les arguments. Cette version est à éviter, sauf si vous avez des exigences particulières.

    prototype-Rscript.r

    #!/usr/bin/env Rscript
# Prototype R script for use at command line in Linux, Mac OS X, UNIX

# References:
#   Manual "A Introduction to R", available via help.start() from the R Console
#   Appendix "B.1 Invoking R from the command line" in "A Inroduction to R",

showArguments <- function(argv)  {
    print(argv)
    0
}

if ( ! interactive() )  {
    # set some error return codes
    SCRIPT_ERROR <- 10                      # see documentation for quit()
    SCRIPT_ARG_ERROR <- SCRIPT_ERROR + 1

    # Define ARGV as script path concatenated to script arguments
    ARGV <- commandArgs(FALSE)          # start with all the arguments given to R
    scriptPath <- sub("^--file=", "", grep("^--file=", ARGV, value=TRUE)) [[1]]
    ARGV <- c(scriptPath, commandArgs(TRUE))

    if (length(ARGV) < 2)   {
        cat(file=stderr(), sep="",
            "Usage: ", ARGV[[1]], " [ options ] item ...\n",
            "       Do something with item\n",
            "       See script for details\n")
        quit(save="no", status=SCRIPT_ARG_ERROR)
    }
    quit(save="no", status=showArguments(ARGV))
}

    prototype-shellscript.r

    #!/usr/bin/env R --slave --vanilla --quiet -f
# Prototype R script for use at command line in Linux, Mac OS X, UNIX

# References:
#   Manual "A Introduction to R", available via help.start() from the R Console
#   Appendix "B.1 Invoking R from the command line" in "A Inroduction to R",

showArguments <- function(argv)  {
    print(argv)
    0
}

if ( ! interactive() )  {
    # set some error return codes
    SCRIPT_ERROR <- 10                      # see documentation for quit()
    SCRIPT_ARG_ERROR <- SCRIPT_ERROR + 1

    # Define ARGV as the arguments given to this script (after argument “-f”)
    ARGV <- commandArgs(FALSE)          # start with all the arguments given to R
    ARGV <- ARGV[(grep("-f", ARGV) [[1]] + 1):length(ARGV)]
    if ( any(grepl("--args", ARGV) ))   {   # remove arguments intended only for R
        ARGV <- c(ARGV[[1]], commandArgs(TRUE))
    }

    if (length(ARGV) < 2)   {
        cat(file=stderr(), sep="",
            "Usage: ", ARGV[[1]], " [ R_options ] --args [ options ] item ...\n",
            "       Do something with item\n",
            "       See script for details\n")
        quit(save="no", status=SCRIPT_ARG_ERROR)
    }
    quit(save="no", status=showArguments(ARGV))
}