Exécutez le script R à partir de la ligne de commande

J'ai un fichier, appelé a.r, il a un chmod de 755,

sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

Comment puis-je exécuter via la ligne de commande?

InformationsquelleAutor Sait | 2013-08-19
  1. 603

    Si vous voulez la sortie pour imprimer sur le terminal, il est préférable d'utiliser Rscript

    Rscript a.R

    Noter que lors de l'utilisation de R CMD BATCH a.R qu'au lieu de redirection de la sortie standard et l'affichage sur le terminal d'un nouveau fichier appelé".La déroute sera créé.

    R CMD BATCH a.R
# Check the output
cat a.Rout

    Une autre chose à noter à propos de l'utilisation Rscript est qu'il ne charge pas la methods package par défaut, ce qui peut entraîner de la confusion. Donc, si vous êtes en s'appuyant sur tout ce qui fournit des méthodes, vous aurez envie de le charger explicitement dans votre script.

    Si vous voulez vraiment utiliser le ./a.R de l'appel du script vous pouvez ajouter un #! en haut du script

    #!/usr/bin/env Rscript
sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

    Je vais aussi noter que si vous êtes en cours d'exécution sur un *système unix, il est utile littler package qui permet de rejoindre facilement la ligne de commande de la tuyauterie à R.

    • Sans le #! votre ligne de commande essaie de l'exécuter comme un script de ligne de commande, à l'aide de l'interprète qui interprète vos commandes. Il ne connaît pas son censé être R, même si le fichier se termine par un .R ou .r suffixe. Le #! indique la ligne de commande en quelle langue est contenue dans le fichier.
    • J'ai pris quelques questions ici au fil des ans et de la mesure de renvoi, à la fois littler et Rscript. La principale chose est de dire aux gens, comme vous l'avez fait, que R CMD BATCH est terrible. Rien mais que ...
    • Je travaille également avec le script R et je suis en train d'exécuter le script R à partir d'un programme en Java et je vois une erreur. Voici mon question. Voir si vous pouvez aider. Je suis en utilisant votre bonjour exemple de la fonction pour l'instant, pour faire simple.
    • Je voudrais ajouter une remarque à propos de rscript ne pas surcharger les méthodes paquet
    • Est-il un moyen de modifier le chemin de la bibliothèque dans la commande elle-même? Quelque chose de semblable à R CMD INSTALL -l ~/R/lib-dev
    • Pas que je sache. On pourrait toujours ajouter quelque chose pour changer le .libPaths() dans le script. Mais je ne vois pas d'option comme cela est souligné dans la page de man pour Rscript.
    • J'ai pensé à elle. Vous utilisez Rscript -e ".libPaths(\"<PATH>\"); source(\"<SCRIPT>.R\")"

    InformationsquelleAutor Dason
  2. 92

    Cela ne permet pas de répondre directement à la question. Mais quelqu'un peut fin jusqu'ici parce qu'ils veulent exécuter un oneliner de R à partir de la borne. Par exemple, si vous voulez juste pour installer certains paquets manquants et quitter ce oneliner peut être très pratique. Je l'utilise beaucoup quand soudain je trouve que je manque quelques paquets, et je veux l'installer à l'endroit où je veux. 

    R -e 'install.packages(c("package1", "package2"))' # install to default location. 
sudo R -e 'install.packages(c("package1", "package2"), lib="/usr/local/lib/R/site-library")' # install to location that requires root.
    • Pour exécuter une commande vous pouvez également utiliser Rscript -e "getwd()" dans le terminal. Rscript ne imprimer les résultats de la commande et de ne pas la R message de démarrage.
    • Vous pouvez également utiliser r -e "cat(getwd(),'\n')" si vous avez littler installé. Dans cette réponse Dirk Eddelbuettel explique la différence entre littler et Rscript.
    • Pourquoi ne pas faire de cette un organisme indépendant de la question et la réponse? Il est utile.
    • Merci pour anticiper mon problème! J'avais besoin d'une chose: R -e 'install.packages("package", repos="http://cran.us.r-project.org")'
    • On devrait utiliser R -r 'options(warn=2); install...' afin de stopper l'exécution et d'obtenir un non-zéro code d'erreur en cas d'échec de l'installation. Sinon, tout install.packages erreurs sont juste des avertissements.
    InformationsquelleAutor biocyberman
  3. 34

    D'une façon de plus de l'exécution d'un script R à partir de la ligne de commande serait:

    R < scriptName.R --no-save

    ou avec --save.

    Voir aussi Quelle est la meilleure façon d'utiliser R scripts en ligne de commande (terminal)?.

    InformationsquelleAutor B.Kocis
  4. 20

    Vous avez besoin de la ?Rscript commande pour exécuter un script R à partir du terminal.

    Découvrez http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/utils/html/Rscript.html

    Exemple

    ## example #! script for a Unix-alike

#! /path/to/Rscript --vanilla --default-packages=utils
args <- commandArgs(TRUE)
res <- try(install.packages(args))
if(inherits(res, "try-error")) q(status=1) else q()
    • Je n'ai pas l'obtenir, ce que je vais faire avec ce code?
    • C'était juste un exemple de la façon dont vous pouvez écrire / exécuter un script R, dans votre fichier, ajoutez le #!/chemin/vers/rscript et puis chmod +x <script.r>, et ./<script.r>
    InformationsquelleAutor Mehul Rathod
  5. 10

    Comment faire pour exécuter Mdm dans la commande avec knitr et rmarkdown par de multiples commandes et ensuite Télécharger un fichier HTML pour RPubs

    Ici est un exemple: la charge de deux bibliothèques et exécuter une commande R:

    R -e 'library("rmarkdown");library("knitr");rmarkdown::render("NormalDevconJuly.Rmd")'

R -e 'library("markdown");rpubsUpload("normalDev","NormalDevconJuly.html")'
    • Notez qu'il sera plus simple de sauter le chargement de la bibliothèque; R -e 'markdown::rpubsUpload("normalDev","NormalDevconJuly.html")'
    InformationsquelleAutor Shicheng Guo
  6. 3

    Encore une autre façon d'utiliser Rscript pour *les systèmes Unix est Processus De Substitution.

    Rscript <(zcat a.r)
# [1] "hello"

    Qui n'est évidemment la même que l'on a accepté la réponse, mais cela permet de manipuler et d'exécuter votre fichier sans l'enregistrer, la puissance de la ligne de commande, par exemple: 

    Rscript <(sed s/hello/bye/ a.r)
# [1] "bye"

    Similaire à Rscript -e "Rcode" il permet aussi d'exécuter sans l'enregistrer dans un fichier. Il peut donc être utilisé en conjonction avec des scripts qui génèrent R-code, par exemple:

    Rscript <(echo "head(iris,2)")
# Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
# 1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
# 2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa
    InformationsquelleAutor Sebastian Müller
  7. 3

    Juste pour la documentation. Sometines vous devez exécuter le script que sudo:

    sudo Rscript path/to/your/file.R
    InformationsquelleAutor Cro-Magnon