Extraire uniquement les mots entiers à l'aide de grep

J'ai un gros fichier texte. J'ai besoin d'extraire toutes les lignes qui contient le mot exact "DUSP1".
Voici un exemple de lignes:

9606    ENSP00000239223 DUSP1   BLAST
9606    ENSP00000239223 DUSP1-001 Ensembl

Je veux récupérer la première ligne, mais pas la seconde.

J'ai essayé plusieurs commandes comme:

grep -E "^DUSP1"
grep '\<DUSP1\>'
grep '^DUSP1$'
grep -w DUSP1

Mais aucun d'entre eux semblent fonctionner. Quelle option dois-je utiliser?

  • Comment serait le mot exact" défini? Et votre 3ème exemple serait seulement de trouver des lignes avec seulement le mot "DUSP1" ... Si vous voulez des lignes avec "^DUSP1[[:space:]]+" ?
  • Pourriez-vous fournir des échantillons de contenu de fichier. Les 2e, 3e, 4e commandes fonctionne pour moi.
InformationsquelleAutor Titus Pullo | 2013-07-12
  1. 14

    Le problème auquel vous êtes confronté est qu'un dash (-) est considéré par grep comme un délimiteur de mot.

    Vous devriez essayer cette commande :

    grep '\sDUSP1\s' file

    pour s'assurer qu'il y a des espaces autour de votre parole.

    • Voir mon post édité
    • Ouais! Cela fonctionne très bien! Merci
    InformationsquelleAutor Gilles Quenot
  2. 31

    Si vous voulez grep exactement le mot en entier, vous pouvez utiliser les limites de mot comme ceci:

    grep '\bDUSP1\b'

    Cela correspond exactement au mot au début et à la fin.

    • Ce doit être la accepté de répondre, il n'y a pas toujours des espaces avant et après (à ce propos, quand c'est le dernier mot?).
    • ce qui est excellent. Il correspond aussi à setting=DUSP1 et my/folder/to/DUSP1, mais pas DUSP123
    • J'ai dû utiliser des guillemets pour la version Windows de GNU grep. Les guillemets simples n'ont pas de travail.
    • Yep, ce qui devrait être la réponse avec la grosse coche verte. 😀
    InformationsquelleAutor Phitherek_
  3. 1

    en ajoutant à ce que sputpick dit, il peut soit être que ou:

    grep '\sDUSP1$' file

    si le DUSP1 est la fin de la ligne.

    InformationsquelleAutor indradip