Faire distutils recherchez numpy fichiers d'en-tête à la bonne place

Dans mon installation, numpy est arrayobject.h est situé à …/site-packages/numpy/core/include/numpy/arrayobject.h. J'ai écrit un trivial Cython script qui utilise numpy:

cimport numpy as np

def say_hello_to(name):
    print("Hello %s!" % name)

J'ai aussi la suite de distutils setup.py (copié à partir de la Cython guide de l'utilisateur):

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Distutils import build_ext

ext_modules = [Extension("hello", ["hello.pyx"])]

setup(
  name = 'Hello world app',
  cmdclass = {'build_ext': build_ext},
  ext_modules = ext_modules
)

Quand j'essaie de construire avec python setup.py build_ext --inplace, Cython essaie de faire ce qui suit:

gcc -fno-strict-aliasing -Wno-long-double -no-cpp-precomp -mno-fused-madd \
-fno-common -dynamic -DNDEBUG -g -Os -Wall -Wstrict-prototypes -DMACOSX \
-I/usr/include/ffi -DENABLE_DTRACE -arch i386 -arch ppc -pipe \
-I/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.5/include/python2.5 \
-c hello.c -o build/temp.macosx-10.5-i386-2.5/hello.o

Prévisible, cela ne parvient pas à trouver arrayobject.h. Comment puis-je faire distutils utiliser l'emplacement correct de numpy inclure des fichiers (sans faire l'utilisateur de définir $CFLAGS)?

InformationsquelleAutor Vebjorn Ljosa | 2010-03-04

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Utilisation numpy.get_include():
```
from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Distutils import build_ext
import numpy as np                           # <---- New line

ext_modules = [Extension("hello", ["hello.pyx"])]

setup(
  name = 'Hello world app',
  cmdclass = {'build_ext': build_ext},
  include_dirs = [np.get_include()],         # <---- New line
  ext_modules = ext_modules
)
```
- J'ai le même problème lors de l'utilisation de la %%cython de la magie dans un ipython notebook.. je me demande si il existe une solution facile pour que ainsi
- Pour tous ceux qui cherchent à cela comme un exemple pour les non-numpy travail lié à la définition de numpy.get_include ici.
- J'ai dû passer le include_dirs ligne à l'intérieur de la Extension appel à l'obtenir pour fonctionner avec cython 0.24
- je ne sais pas si j'ai mis en place correctement, mais il semble que cela rend setup.py inutile pour les installations à distance. Vous obtenez une erreur " ModuleNotFoundError: No module named 'numpy"
- ne stackoverflow.com/a/42163080/17498 de l'adresse de qui?
- vais essayer de la faire fonctionner avec pipenv, fonctionne avec pip install merci
- pep 19 et au-dessus des sauts de tout cela, à nouveau en raison de l'application de PEP517/518
- cela fonctionne, mais ne travaillent pas dans la diffuser à pypi depuis je n'ai pas numpy paquet installé!
InformationsquelleAutor Vebjorn Ljosa

La réponse donnée par @vebjorn-ljosa est correct, mais il provoque des problèmes lorsqu'il est utilisé conjointement avec install_requires=['numpy']. Dans cette situation, votre setup.py doit import numpy, ce qui va provoquer une erreur si vous essayez de pip install votre projet sans courir pip install numpy premier.

Si votre projet dépend de numpy, et que vous voulez numpy pour être automatiquement installé dans une dépendance, vous devez définir include_dirs uniquement lorsque vos extensions sont effectivement en cours de construction. Vous pouvez le faire en sous-classement build_ext:

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Distutils import build_ext

class CustomBuildExtCommand(build_ext):
    """build_ext command for use when numpy headers are needed."""
    def run(self):

        # Import numpy here, only when headers are needed
        import numpy

        # Add numpy headers to include_dirs
        self.include_dirs.append(numpy.get_include())

        # Call original build_ext command
        build_ext.run(self)

ext_modules = [Extension("hello", ["hello.pyx"])]

setup(
  name = 'Hello world app',
  cmdclass = {'build_ext': CustomBuildExtCommand},
  install_requires=['numpy'],
  ext_modules = ext_modules
)

Et vous pouvez utiliser une astuce similaire pour ajouter cython comme un automatiquement installé dépendance:

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension

try:
    from Cython.setuptools import build_ext
except:
    # If we couldn't import Cython, use the normal setuptools
    # and look for a pre-compiled .c file instead of a .pyx file
    from setuptools.command.build_ext import build_ext
    ext_modules = [Extension("hello", ["hello.c"])]
else:
    # If we successfully imported Cython, look for a .pyx file
    ext_modules = [Extension("hello", ["hello.pyx"])]

class CustomBuildExtCommand(build_ext):
    """build_ext command for use when numpy headers are needed."""
    def run(self):

        # Import numpy here, only when headers are needed
        import numpy

        # Add numpy headers to include_dirs
        self.include_dirs.append(numpy.get_include())

        # Call original build_ext command
        build_ext.run(self)

setup(
  name = 'Hello world app',
  cmdclass = {'build_ext': CustomBuildExtCommand},
  install_requires=['cython', 'numpy'],
  ext_modules = ext_modules
)

Remarque: ces méthodes fonctionnent uniquement avec pip install .. Ils ne fonctionnent pas pour python setup.py install ou python setup.py develop que dans ces commandes provoquer des dépendances être installé après votre projet, plutôt qu'avant.

InformationsquelleAutor R_Beagrie

Pour quiconque n'est pas à l'aide de Cython, une légère modification de la R_Beagrie de solution sans que la dépendance est si vous importez build_ext de distutils.commande.build_ext au lieu de Cython.

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from distutils.command.build_ext import build_ext

class CustomBuildExtCommand(build_ext):
    """build_ext command for use when numpy headers are needed."""
    def run(self):

        # Import numpy here, only when headers are needed
        import numpy

        # Add numpy headers to include_dirs
        self.include_dirs.append(numpy.get_include())

        # Call original build_ext command
        build_ext.run(self)

ext_modules = [Extension("hello", ["hello.c"])]

setup(
  name = 'Hello world app',
  cmdclass = {'build_ext': CustomBuildExtCommand},
  install_requires=['numpy'],
  ext_modules = ext_modules
)

InformationsquelleAutor tgbrooks

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