Faire knitr exécuter un script r: puis-je utiliser read_chunk ou de la source?

Je suis en cours d'exécution de la R version 2.15.3 avec RStudio version 0.97.312. J'ai un script qui lit mes données provenant de diverses sources et crée des données de plusieurs.des tables. J'ai ensuite une autre r de script qui utilise les données.les tables créées dans le premier script. Je voulais tourner la deuxième script dans un R markdown script, de sorte que les résultats de l'analyse peuvent être éditées sous forme d'un rapport.

Je ne sais pas le but de read_chunk, par opposition à source. Mon read_chunk n'est pas le travail, mais source est de travail. Avec les deux cas je n'ai pas à voir les objets dans mon espace de travail panneau de RStudio.

Veuillez expliquer la différence entre read_chunk et source? Pourquoi voudrais-je utiliser l'un ou l'autre? Pourquoi mon .Mdm script fonctionne pas

Ici est ridiculement simplifiée de l'échantillon

Il ne fonctionne pas. Je reçois le message suivant

Erreur: objet 'z' ne trouve pas

Deux fichiers simples...

test de la source de la mdm.R

x <- 1:10
y <- 3:4
z <- x*y

source de test.Mdm

Can I run another script from Rmd
========================================================

Testing if I can run "test of source to rmd.R"

```{r first part}
require(knitr)
read_chunk("test of source to rmd.R")
a <- z-1000
a
```

The above worked only if I replaced "read_chunk" with "source". I 
can use the vectors outside of the code chunk as in inline usage. 
So here I will tell you that the first number is `r a[1]`. The most 
interesting thing is that I cannot see the variables in RStudio 
workspace but it must be there somewhere.

OriginalL'auteur Farrel | 2013-03-19

  1. 11

    read_chunk() ne lit le code source (pour référence); il n'a pas évaluer code comme source(). Le but de read_chunk() a été expliqué dans cette page ainsi que le manuel.

    J'ai lu "le Code de l'Externalisation". Peut-être parce que je ne suis pas un "vrai" programmeur, je n'ai pas tout d'abord d'apprécier la différence entre la lecture et de l'évaluation. Pourquoi voudrait-on lire code précédent, mais pas l'évaluer? Pour ce que je veux faire, je peux voir que j'ai clairement l'utilisation source.
    J'ai aussi appris que chaque knitr exécuter une session distincte et ne peut pas utiliser les objets qui ont été présents dans ma RStudio session. Ainsi, alors que je suis en train d'écrire (rédaction, développement) mon .Mdm script j'ai besoin pour commencer simplement en tirant dans un .Rdata fichier image qui a été produit par la source d'origine .r fichier. Si j'étais à exécuter plusieurs fois mon .Mdm cours de développement pour voir comment je fais je dois attendre les 10 à 20 secondes, chaque fois que le source ligne s'exécute. Une fois que j'ai eu tout ce travail, je pouvais revenir à l'utilisation source afin que les futures pistes tiré dans les données les plus récentes.
    1. stocker le code des morceaux pour de futures références; 2. si vous voulez de la vitesse, utilisez le morceau option cache=TRUE. Les deux liens dans ma réponse ma meilleure tentative d'explication. Si vous les avez lus et ne comprends toujours pas read_chunk(), je vous recommande de laisser cela derrière -- vous n'avez probablement pas vraiment besoin.
    Comment des enfants de documents? a-t-elle un autre but? il semble tout à fait similaire "L'idée, c'est comme la commande \input{} ou \include{} en LaTeX pour gérer un document volumineux en petites parties." de http://yihui.name/knitr/demo/child/ versus "Vous n'avez pas à mettre le R code dans le document d'entrée; avec knitr, vous pouvez séparer votre document d'entrée avec le script R" de http://yihui.name/knitr/demo/externalization/ j'apprécierais un petit mot sur la base des différences, le cas échéant. +1
    ne semble pas fonctionner -- j'ai crié, y compris pour les < caractères dans mon code html souci. Que dois-je faire à la place?

    OriginalL'auteur Yihui Xie

  2. 0

    Il n'y a pas une option pour exécuter un morceau de manière interactive à partir de l'intérieur de knitr autant que je sache. Cependant, cela peut être fait assez facilement avec quelque chose comme:

    #' Run a previously loaded chunk interactively
#'
#' Takes labeled code loaded with load_chunk and runs it in the /global/envir (unless otherwise specified)
#'
#' @param chunkName The name of the chunk as a character string
#' @param envir The environment in which the chunk is to be evaluated 
run_chunk <- function(chunkName,envir=.GlobalEnv) {
    chunkName <- unlist(lapply(as.list(substitute(.(chunkName)))[-1], as.character))    
    eval(parse(text=knitr:::knit_code$get(chunkName)),envir=envir) 
} 
NULL

    OriginalL'auteur russellpierce