Fermer et ouvrir un h5py fichier de données

Dans notre laboratoire, nous stocker nos données dans hdf5 fichiers à travers le paquet python h5py.

Au début d'une expérience, nous avons créé une hdf5 fichier et stocker un tableau après tableau de tableau de données dans le fichier (entre autres choses). Lorsqu'une expérience échoue ou est interrompu, le fichier n'est pas correctement fermé.
Parce que nos expériences exécuter à partir de iPython la référence à l'objet de données reste (quelque part) dans la mémoire.

Est-il un moyen pour numériser tous les h5py de données des objets et de les fermer?

OriginalL'auteur Adriaan Rol | 2015-04-25

  1. 15

    C'est comment il pourrait être fait (je ne pouvais pas comprendre comment vérifier fermé-ness du fichier sans exception, peut-être que vous trouverez):

    import gc
for obj in gc.get_objects():   # Browse through ALL objects
    if isinstance(obj, h5py.File):   # Just HDF5 files
        try:
            obj.close()
        except:
            pass # Was already closed

    Une autre idée:

    Dpending comment vous utilisez les fichiers, que sur l'utilisation du gestionnaire de contexte et la with mot-clé comme cela?

    with h5py.File("some_path.h5") as f:
   f["data1"] = some_data

    Lorsque le flux de programme sort de la avec-bloc, le fichier est fermé, quoi qu'il arrive, y compris les exceptions etc.

    Merci pour l'info sur le "une Autre idée". Je viens de chercher pour m'assurer que mon h5py.Les fichiers ont été de clôture avec les "avec"

    OriginalL'auteur honza_p