Fonction chronomètre dans la R

Est-il un R minuterie ou un chronomètre fonction similaire à MATLAB tic/toc?

pour ce que ça vaut, googler [r] tic toc maintenant (Février 2013) donne beaucoup de réponses; ne sais pas si elle a fait un retour en Novembre 2011 ou pas ...

InformationsquelleAutor wahalulu | 2009-11-11

Il y a beaucoup d'outils de profilage, R, Dirk mentionné. Si vous souhaitez profiter de la simplicité de tic/toc, alors vous pouvez le faire dans la R trop.

EDIT: j'ai bidouillés avec la collecte des ordures de la fonctionnalité de l'MATLAB paquet, et tic vous permet désormais de choisir si vous êtes intéressé dans le total du temps écoulé ou juste le temps de l'utilisateur.

tic <- function(gcFirst = TRUE, type=c("elapsed", "user.self", "sys.self"))
{
   type <- match.arg(type)
   assign(".type", type, envir=baseenv())
   if(gcFirst) gc(FALSE)
   tic <- proc.time()[type]         
   assign(".tic", tic, envir=baseenv())
   invisible(tic)
}

toc <- function()
{
   type <- get(".type", envir=baseenv())
   toc <- proc.time()[type]
   tic <- get(".tic", envir=baseenv())
   print(toc - tic)
   invisible(toc)
}

Utilisation est, par exemple, tic(); invisible(qr(matrix(runif(1e6), nrow=1e3))); toc()

InformationsquelleAutor Richie Cotton

Il y a un MATLAB émulation paquet matlab sur CRAN. Il a implémentations de tic et toc (mais ils ont l'air très similaires aux fonctions de Richie Cotons réponse; "elapsed" est utilisé à la place de l'utilisateur".auto" dans proc.time())

> tic
function (gcFirst = FALSE) 
{
    if (gcFirst == TRUE) {
        gc(verbose = FALSE)
    }
    assign("savedTime", proc.time()[3], envir = .MatlabNamespaceEnv)
    invisible()
}
<environment: namespace:matlab>
> toc
function (echo = TRUE) 
{
    prevTime <- get("savedTime", envir = .MatlabNamespaceEnv)
    diffTimeSecs <- proc.time()[3] - prevTime
    if (echo) {
        cat(sprintf("elapsed time is %f seconds", diffTimeSecs), 
            "\n")
        return(invisible())
    }
    else {
        return(diffTimeSecs)
    }
}
<environment: namespace:matlab>

InformationsquelleAutor rcs

8

Direct équivalents de tic et de toc n'existent pas.

Veuillez voir help(system.time) ainsi que les Extensions de R manuel sur le profilage. Les Discussions de profilage et des outils de profilage est aussi dans l'introduction de l'HPC avec R' diapositives référencés sur le Le Calcul de haute Performance avec R taskview

InformationsquelleAutor Dirk Eddelbuettel
8

Très simple équivalence avec les tic et toc que vous pourriez avoir:
```
tic=proc.time()[3]

...code...

toc=proc.time()[3] - tic
```
Où l' [3] est parce que nous sommes intéressés dans le troisième élément dans le vecteur renvoyé par proc.time(), qui est le temps écoulé.

InformationsquelleAutor p_barill
4

Il est relativement nouveau package tictoc qui reproduit les caractéristiques exactement comme vous le feriez utiliser dans Matlab.

http://cran.r-project.org/web/packages/tictoc/index.html
```
## Basic use case
tic()
print("Do something...")
Sys.sleep(1)
toc()
# 1.034 sec elapsed
```
InformationsquelleAutor Will
4

Une Fermeture Approche

Très propre et simple de la façon de le faire est par l'utilisation d'un dispositif de fermeture (ce qui signifie simplement d'avoir une fonction dans une fonction):
```
tic <- function () { 
    now <- proc.time()
    function () { 
        proc.time() - now 
    }
}
```
Vous démarrez le chronomètre comme suit:
```
toc <- tic()
```
Et puis, vous obtenez le temps de retour comme ceci:
```
toc()
```
Qui génère un nommé vecteur qui est imprimé comme suit:
```
 user  system elapsed 
0.008   0.004   2.055 
```
Même avec la simplicité de cette version, vous bénéficiez également de toutes les fonctionnalités de Matlab et Richie Coton versions plus la caractéristique supplémentaire d'être en mesure d'exécuter plusieurs minuteurs:
```
toc1 <- tic()
toc2 <- tic()
```
InformationsquelleAutor Jared Ross
2

À compter de la date 2015-03-25,
et peut-être plus tôt,
le pracma
paquet contient les fonctions tic() et toc().

Exemple:
```
> library(pracma)
> tic()
> for(i in 1:10000) mad(runif(10000))    # kill time
> toc()
elapsed time is 18.610000 seconds 
```
InformationsquelleAutor I Like to Code

Pas, mais ici, c'est une solution en ligne.

time.it<-function(f) { a<-proc.time(); out<-f(); print(proc.time()-a); out }

Et un exemple d'utilisation:

result<-time.it(function(){ A<-matrix(runif(5000^2),nrow=5000); b<-runif(5000); solve(A,b) } )
user  system elapsed 
12.788  12.268   8.623

Sinon, microbenchmark est mon préféré en termes de paquets.

InformationsquelleAutor theoldfather

Juste pour être complet: vous pouvez effectivement "simuler" tic
et toc dans R, de sorte que vous pouvez écrire

tic
## do something
toc

sans parenthèses. Le truc, c'est de l'abus de la print
fonction, comme l'a démontré Amusant: tic et toc dans la R:

tic <- 1
class(tic) <- "tic"

toc <- 1
class(toc) <- "toc"

print.tic <- function(x, ...) {
    if (!exists("proc.time"))
        stop("cannot measure time")
    gc(FALSE)
    assign(".temp.tictime", proc.time(), envir = .GlobalEnv)
}

print.toc <- function(x,...) {
    if (!exists(".temp.tictime", envir = .GlobalEnv))
        stop("did you tic?")
    time <- get(".temp.tictime", envir = .GlobalEnv)
    rm(".temp.tictime", envir = .GlobalEnv)
    print(res <- structure(proc.time() - time,
                           class = "proc_time"), ...)
    invisible(res)
}

Donc en tapant

tic
Sys.sleep(2)
toc

devrait se traduit par quelque chose comme ceci:

   user  system elapsed 
  0.000   0.000   2.002

Comme je l'ai dit, c'est un truc; system.time, Rprof et
des logiciels tels que rbenchmark sont la façon de mesurer la
du temps de calcul au R.

des Liens vers des ressources externes sont encouragés. Toujours citer la partie la plus pertinente d'un lien important, dans le cas où l'objectif du site est inaccessible ou va définitivement hors ligne.

InformationsquelleAutor Enrico Schumann

install.packages("tictoc")
library(tictoc)
# Timing nested code. 
# The string provided in the call to tic() becomes a prefix to the output of toc()
tic("outer")
    Sys.sleep(1)
    tic("middle")
        Sys.sleep(2)
        tic("inner")
            Sys.sleep(3)
        toc() # inner
# inner: 3.004 sec elapsed
    toc() # middle
# middle: 5.008 sec elapsed
toc() # outer
# outer: 6.016 sec elapsed

La tictoc paquet implémente la fonctionnalité décrite par les précédentes réponses - merci pour l'inspiration! Le package ajoute également imbriqués calendrier de la collecte des timings de variables définies par l'utilisateur, des messages et des rappels.

InformationsquelleAutor Sergei Izrailev

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