générer des réductions de commentaires à l'intérieur de la boucle

Je suis en train de générer un rapport au format HTML, à l'aide de knitr, basé sur un script R qui a pour boucles. Je veux générer des réductions de commentaires de commentaires, à l'intérieur de la boucle for, mais je ne suis pas sûr si c'est possible.

Ici est simple exemple, c'est dans l'essai.R:

for (i in 1:5) {
    ## This is a heading for `i`
    #' This is a comment for `i`
    print(i)    
}

Puis-je utiliser le spin pour générer un fichier Mdm:
spin('test.R')

Cependant, le Mdm fichier se présente comme suit.

```{r }
for (i in 1:5) {
    ## This is a heading for `i`
    #' This is a comment for `i`
    print(i)    
}
```

La démarque des commentaires au sein de la R chunk ne sont pas compilées dans le code HTML. Est-il possible?

Grâce,
Peter

il semble que vous souhaitez exécuter certains R de code avant la conversion de la Mdm, tout ce que je comprends de spin (suivi par le tricot), il fait l'inverse. Je pense que brasser de modèles peut aider à ici.
Je pense que tu veux vraiment dire roxygen commentaires au lieu de Markdown commentaires. Comme @baptiste mentionné, brew est plus sophistiqué pour ce genre de tâches (créer un texte à partir d'une boucle).
vous êtes correct. La R fichier contient roxygen commentaires, qui, je l'espère, seront convertis en Markdown commentaires après je lance spin.
merci pour les suggestions, je vais vérifier la qualité du café.

InformationsquelleAutor pmichaels | 2013-06-18

knitr markdown r roxygen

10

Je pense que vous pouvez obtenir ce que vous voulez dans knitr avec le code chunk option='asis" que vous pouvez spécifier après "#+" dans un script R pour être passé à spin (mais le code a l'air moins "propre" que le intéressant de brasser de la solution proposée par @daroczig):
```
#+ results='asis', echo = FALSE
for (i in 1:5) {
    cat("## This is a heading for ", i, "\n")
    cat("\n")
    print(i)    
}
```
Si c'est le test.Script R et que vous ne spin("test.R"), le rapport de fichier ressemblera à cela :
```
## This is a heading for  1 

[1] 1
## This is a heading for  2 

[1] 2
## This is a heading for  3 

[1] 3
## This is a heading for  4 

[1] 4
## This is a heading for  5 

[1] 5
```
- cela me permet de mettre des commentaires dans la sortie, mais les commentaires ne sont pas formatés à l'aide de la Minoration de la notation.
- Que voulez-vous dire par commentaires formatés avec le markdown notation ? Est-ce le html dans les commentaires que vous recherchez ? Si oui, vous pouvez le faire de la même façon, voir mon édité exemple
- (+1) j'ai besoin d'inclure une autre cat('\n') après print(i) pour les titres 2 à 5 pour être rendus sous forme de titres.
InformationsquelleAutor Gilles
6

Une solution qui a fonctionné pour moi, est fourni par comment créer une boucle qui comprend à la fois un morceau de code et de texte avec knitr dans la R. En utilisant les Deux results='asis' et deux places à l'avant de \n à la fin de chaque boucle.

exemple:

Sans deux espaces:
```
```{r, results='asis'}
headers <- list("We","are","your","friends")
for (i in headers){
  cat("\n##H ", i, "  \n")
  cat("comment",i)
}
```
De sortie (html):

Comme vous pouvez le voir, les commentaires et les têtes se faire massacrer ensemble

Solution:
Avec deux espaces: cat(" \n") à la fin de la boucle
```
for (i in headers){
  cat("\n##H ", i, "\n")
  cat("comment",i)
  cat("  \n")# <---------------------------------
}
```
remarque: cat(" \n") doit être à la fin, il ne fonctionne pas, même si vous intrigue ou de calculer quelque chose dans la boucle.

InformationsquelleAutor user2673238

J'ai (re)mis en œuvre certaines fonctionnalités de knitr indépendamment de @Yihui basé sur brew dans mon en abuser paquet qui pourrait aider (et similaires) des problèmes si vous ne souhaitez pas exécuter brew avant knitting. Démonstration rapide:

> Pandoc.brew(text = "# Demonstrating a nice loop
+ <% for (i in 1:5) { %>
+ ## This is a header for <%=i%>
+ #' This is a comment for <%=i%>
+ <% } %>")

# Demonstrating a nice loop

## This is a header for _1_
#' This is a comment for _1_

## This is a header for _2_
#' This is a comment for _2_

## This is a header for _3_
#' This is a comment for _3_

## This is a header for _4_
#' This is a comment for _4_

## This is a header for _5_
#' This is a comment for _5_

Veuillez noter que vous pouvez aussi passer d'un fichier à Pandoc.brew (pas besoin d'utiliser de tels gênants programme d'installation avec le text argument avec de vrais problèmes de la vie), et que vous pouvez également utiliser <% ... %> balises, par exemple conditionnelles (par exemple afficher ou pas le rendu d'une partie d'un rapport). Et le plus important: il y a une énorme différence entre <% ... %> (non transformés R commandes) et <%= ... %> (les résultats sont traités par pander) des balises. Le second signifie que tous les retours d'objets R sont transformées en Pandoc du markdown, par exemple:

> Pandoc.brew(text = "# Demonstrating a conditional
+ <% for (i in 1:5) { %>
+ ## This is a header for <%=i%>
+ <% if (i == 3) { %>
+ Hey, that's **almost** <%=pi%>, that's between <%=3:4%>! Wanna fit a model to _celebrate_?
+ <%= lm(mpg ~ hp, mtcars) %>
+ <% }} %>")
# Demonstrating a conditional

## This is a header for _1_

## This is a header for _2_

## This is a header for _3_

Hey, that's **almost** _3.142_, that's between _3_ and _4_! Wanna fit a model to _celebrate_?

--------------------------------------------------------------
     &nbsp;        Estimate   Std. Error   t value   Pr(>|t|) 
----------------- ---------- ------------ --------- ----------
     **hp**        -0.06823    0.01012     -6.742   1.788e-07 

 **(Intercept)**     30.1       1.634       18.42   6.643e-18 
--------------------------------------------------------------

Table: Fitting linear model: mpg ~ hp

## This is a header for _4_

## This is a header for _5_

merci pour la suggestion. J'espérais éviter d'utiliser trop explicite des balises dans la R code, mais il est bon de savoir qu'il s'agit d'un travail autour de.

InformationsquelleAutor daroczig

Vous devez vous connecter pour publier un commentaire.