ggplot2 ajouter du texte sur boxplots

J'ai des données que je suis le dessin sur ggplot2 comme boxplots qui ressemblent à des

> head(varf)
             sID variable       value
1 SP_SA036,SA040   CM0001 0.492537313
2 SP_SA036,SA040   CM0001 0.479564033
3 SP_SA036,SA040   CM0001 0.559139785
4 SP_SA036,SA040   CM0001 0.526806527
5 SP_SA036,SA040   CM0001 0.009049774
6 SP_SA036,SA040   CM0001 0.451612903

La variable colonne contient 16 différents IDs (à partir de CM0001 à CM0016)

J'ai un dataframe avec l'annotation

category   annotation
CM001      HG4450
CM002      HG3288
..
CM016      MM8998

Je voudrais carte ces annotations sur le dessus de mon boxplots mais ne pouvait pas trouver un moyen de le faire, quelle est la bonne syntaxe de l'aide geom_text avec une boîte à moustaches ?

Grâce

OriginalL'auteur Rad | 2014-04-15

  1. 5

    Il y a de nombreuses façons d'aborder ce problème, par exemple ici et ici. Probablement la façon la plus simple est 

    meds <- c(by(mtcars$mpg, mtcars$cyl, median))
ggplot(mtcars, aes(factor(cyl), mpg)) +
    geom_boxplot() + 
    geom_text(data=data.frame(), aes(x=names(meds), y=meds, label=1:3), col='red', size=10)

    ggplot2 ajouter du texte sur boxplots

    Seulement, le problème est que geom_text() que nous allons finir par écraser la même valeur, encore et encore parce que j'ai une très grande dataframe non seulement de 3 étiquettes
    Êtes-vous sûr de cela? Je ne vois pas l'écraser ici: length(meds) est exactement le nombre de vos catégories, de sorte que chaque étiquette sera tiré qu'une seule fois.

    OriginalL'auteur tonytonov

  2. 3
    varf <- read.table(text = "sID variable       value
SP_SA036,SA040   CM0001 0.492537313
SP_SA036,SA040   CM0001 0.479564033
SP_SA036,SA040   CM0001 0.559139785
SP_SA036,SA040   CM0002 0.526806527
SP_SA036,SA040   CM0002 0.009049774
SP_SA036,SA040   CM0002 0.451612903", header = T)

anot <- read.table(text = "category   annotation
CM0001      HG4450
CM0002      HG3288", header = T)

varf <- merge(varf, anot, by.x = "variable", by.y = "category", all.x = T)

library(data.table)
quants <- data.table(varf)[, list(quant = as.numeric(quantile(value)[3])), by = variable]
ggplot(varf, aes(x = variable, y = value, fill = variable)) + 
  geom_boxplot() +
  geom_text(data = quants, aes(x = variable, y = quant, label = variable), size = 10)

    ggplot2 ajouter du texte sur boxplots

    OriginalL'auteur David Arenburg