heatmap.2 avec la touche de couleur sur le dessus

J'ai le code suivant pour afficher la touche de couleur au-dessus de la heatmap. Mais la couleur n'est pas exacte sur le dessus (un peu décalé vers la droite) de la heatmap. Personne ne sait comment faire de la couleur ne retombe pas? Aussi, comment faire pour supprimer l'espace blanc sur la droite de la heatmap? Merci.

library(gplots)
heatmap.2(
  matrix(rnorm(100*10), nrow=100)
  , dendrogram='none'
  , Colv = F
  , Rowv = F
  , trace='none'
  , col = colorRampPalette(c('blue', 'yellow'))(12)
  , labRow=NA
  , labCol=NA
  , density.info='none'
  , lmat=rbind(c(4, 2), c(1, 3)), lhei=c(2, 8), lwid=c(4, 1)
)

heatmap.2 exemple http://i62.tinypic.com/143grat.png

  • Vous avez probablement besoin de réécrire heatmap.2
InformationsquelleAutor user1424739 | 2014-07-07
  1. 6

    On peut le centre de la touche de couleur en ajoutant "padding sections" ("5" et "6", dans mon cas particulier) de la grille sur la gauche (voir le "#" commentaire sur la dernière ligne de code:

    heatmap.2(x=matrix(rnorm(20*10), nrow=10), Rowv=NULL,Colv=NULL, 
          col = rev(rainbow(20*10, start = 0/6, end = 4/6)), 
          scale="none",
          margins=c(3,0), # ("margin.Y", "margin.X")
          trace='none', 
          symkey=FALSE, 
          symbreaks=FALSE, 
          dendrogram='none',
          density.info='histogram', 
          denscol="black",
          keysize=1, 
          #( "bottom.margin", "left.margin", "top.margin", "left.margin" )
          key.par=list(mar=c(3.5,0,3,0)),
          # lmat -- added 2 lattice sections (5 and 6) for padding
          lmat=rbind(c(5, 4, 2), c(6, 1, 3)), lhei=c(2.5, 5), lwid=c(1, 10, 1))

    heatmap.2 avec la touche de couleur sur le dessus

    InformationsquelleAutor MilfordTea
  2. 1

    Pas tout à fait ce que vous demandez, mais voici un moyen de créer plus ou moins la même parcelle à l'aide de ggplot.

    library(ggplot2)
library(reshape2)      # for melt(...)
library(grid)          # for unit(...)

set.seed(1)            # for reproducible example
df <- data.frame(matrix(rnorm(100*10), nr=10))
df.melt <- melt(cbind(x=1:nrow(df),df),id="x")
ggplot(df.melt,aes(x=factor(x),y=variable,fill=value)) +
  geom_tile() +
  labs(x="",y="")+
  scale_x_discrete(expand=c(0,0))+
  scale_fill_gradientn(name="", limits=c(-3,3),
                       colours=colorRampPalette(c('blue', 'yellow'))(12))+
  theme(legend.position="top", 
        legend.key.width=unit(.1,"npc"),legend.key.height=unit(.05,"npc"),
        axis.text=element_blank(),axis.ticks=element_blank())

    heatmap.2 avec la touche de couleur sur le dessus

    InformationsquelleAutor jlhoward
  3. 0

    J'ai pu résoudre mon problème avec la touche de couleur de la position relative, mais de bidouiller avec les valeurs de la marge associée à la clé.par

    key.par=list(mar=c(bottom, left, top, right))

    Juste remplacer dans les valeurs "bas", "gauche", "haut" et "droit", en marge de la clé de la couleur que vous souhaitez ajuster (à la marge par défaut pour chaque est de 4, ce qui donne de l'espace pour toutes les étiquettes).

    key.par=list(mar=c(4,4,4,4)

    utilise les marges par défaut.

    key.par=list(mar=c(4,4,4,10))

    pourrait se déplacer au cours de la droite. Vous devez voir ce que d'autres valeurs que 10 qui fonctionne le mieux pour votre parcelle de terrain.

    InformationsquelleAutor user3866594