heatmap avec les valeurs (ggplot2)

J'ai vu des cartes de chaleur avec des valeurs exprimées dans les diverses R graphiques, y compris les systèmes de treillis et de base comme ceci:

J'ai tendance à utiliser ggplot2 un peu et que vous souhaitez être en mesure de faire une heatmap avec la cellule correspondante valeurs tracées. Voici la carte de la chaleur et une tentative à l'aide de geom_text:

library(reshape2, ggplot2)
dat <- matrix(rnorm(100, 3, 1), ncol=10)
names(dat) <- paste("X", 1:10)
dat2 <- melt(dat, id.var = "X1")
p1 <- ggplot(dat2, aes(as.factor(Var1), Var2, group=Var2)) +
    geom_tile(aes(fill = value)) +
    scale_fill_gradient(low = "white", high = "red") 
p1

#attempt
labs <- c(apply(round(dat[, -2], 1), 2, as.character))
p1 +  geom_text(aes(label=labs), size=1)

Normalement je peux comprendre les valeurs x et y passer mais je ne sais pas dans ce cas puisque cette information n'est pas stockée dans l'ensemble de données. Comment puis-je placer le texte sur la heatmap?

this question a un exemple d'utilisation de texte avec geom_tile qui peuvent être utiles. Déplacez votre aes() appel de geom_tile à geom_text
essayez heatmap.2. reportez-vous à la poste similaire stackoverflow.com/questions/3789549/...
a parfaitement fonctionné. Je vous remercie.
A juste sauté dans le bus, ne pouvait pas fournir une réponse adéquate, mais heureux de voir que vous avez été capable de faire un tri.
Cela vous aide? socialdatablog.com/heatmap-tables-with-ggplot2-sort-of
Merci pour le lien.
Il me semble que heatmap.2 est plus puissante option pour créer des cartes de chaleur que ggplot2, seriez-vous d'accord avec cela? J'ai lu que "Il n'y a pas heatmap de tracé de la fonction de ggplot2" sur la SOURCE: learnr.wordpress.com/2010/01/26/ggplot2-quick-heatmap-plotting

InformationsquelleAutor Tyler Rinker | 2013-01-12

ggplot2 r

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Ce qui a été mis à jour pour se conformer à tidyverse principes et d'améliorer la mauvaise utilisation de ggplot2

Par SlowLeraner le commentaire que j'ai été capable de le faire:
```
library(tidyverse)

## make data
dat <- matrix(rnorm(100, 3, 1), ncol=10)

## reshape data (tidy/tall form)
dat2 <- dat %>%
    tbl_df() %>%
    rownames_to_column('Var1') %>%
    gather(Var2, value, -Var1) %>%
    mutate(
        Var1 = factor(Var1, levels=1:10),
        Var2 = factor(gsub("V", "", Var2), levels=1:10)
    )

## plot data
ggplot(dat2, aes(Var1, Var2)) +
    geom_tile(aes(fill = value)) + 
    geom_text(aes(label = round(value, 1))) +
    scale_fill_gradient(low = "white", high = "red") 
```
- Toujours utile! J'ai reçu un avertissement (en ggplot2 v. 2.2.0) Ignoring unknown aesthetics: fill. Un peu de bricolage a montré que l'avant-dernière ligne n'a pas besoin d'une valeur de remplissage. Donc, cela produit le même résultat pour moi, sans aucun avertissement: geom_text(label = round(dat2$value, 1)))
- le tout a été dépassée j'ai donc mis à jour
- génial, merci beaucoup. Il y a un peu de syntaxe là je ne reconnais pas... le Temps d'obtenir une recherche sur google.
- Merci beaucoup. Comment puis-je mettre à jour ce graphique à ressembler à celui-ci:
- Génial intro, frère. Des conseils comment je peux changer le jeu pour rendre le heatmap ressembler à imgur.com/gallery/X2Zxf?
- pas sûr, mais ça pourrait être sympa. Peut-être l'ajout d'annotations sur le dessus et/ou en combinant des parcelles (texte seulement) à l'aide de gridExtra, cowplot, et/ou ggtree paquets. En tout cas, c'est une nouvelle question en elle-même que j'aimerais connaître la réponse. Pourriez-vous commencer un nouveau thread?
- il est important d'avoir geom_text après geom_tile sinon, vous n'obtenez pas de label et se demandent pourquoi.
- Mais la heatmap vous ploted est pas dans le même ordre que dans l'original dat dataframe que vous avez créé. Comment pouvez-vous faire pour regarder exactement comme ça. Je pensais que c'est ce que l'OP a été demandé, et ce que j'ai pensé que je pourrais trouver ici. Merci 🙂
- Le répondeur et OP sont un et le même. Comment est-il pas dans le même ordre? Si vous n'obtenez pas le même ordre, et vous devez faire un facteur de x/y de vars et de définir les niveaux.
- Comment voulez-vous ajouter une petite bordure blanche autour de chaque numéro?
- C'est une question digne de son propre thread. Il ya quelques approches qui peuvent être possible.
InformationsquelleAutor Tyler Rinker

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