Heatmap touche de couleur avec cinq couleurs différentes

J'ai le code suivant et vous ne savez pas comment l'utiliser pour afficher une heatmap avec une touche de couleur de l'affichage de cinq couleurs différentes représentant les valeurs définies:

hm <- heatmap.2(data_matrix, scale="none",Rowv=NA,Colv=NA,col = rev(brewer.pal(11,"RdBu")),margins=c(5,5),cexRow=0.5, cexCol=1.0,key=TRUE,keysize=1.5, trace="none")

Touche de couleur nécessaire:

<0.3 (blue)

0.3-1 (green)

1-1.3 (yellow)

1.3-3.0 (orange)

>3.0 (red)

Je serais heureux si quelqu'un peut aider. Merci!

James

C'est R. je ne suis pas sûr qu'il est permis de modifier ou de commentaire avec rep 1...
Je ne pense pas que ces rep limites s'appliquent à vos propres questions (ou des réponses à vos propres questions).
En aparté, je n'ai pas reconnu la heatmaps.2 fonction, j'ai donc cherché sur RSeek. Le tout d'abord frappé aurait probablement répondu à votre question.
Je pense que pour les commentaires qu'ils font...
Non, ils ne pas.

OriginalL'auteur James Johnson | 2012-07-29

  1. 8
    require(gplots)
require(RColorBrewer)

## Some fake data for you
data_matrix <- matrix(runif(100, 0, 3.5), 10, 10)

## The colors you specified.
myCol <- c("blue", "green", "yellow", "orange", "red")
## Defining breaks for the color scale
myBreaks <- c(0, .3, 1, 1.3, 3, 3.5)

hm <- heatmap.2(data_matrix, scale="none", Rowv=NA, Colv=NA,
                col = myCol, ## using your colors
                breaks = myBreaks, ## using your breaks
                dendrogram = "none",  ## to suppress warnings
                margins=c(5,5), cexRow=0.5, cexCol=1.0, key=TRUE, keysize=1.5,
                trace="none")

    Cela devrait fonctionner, et vous donner quelques idées de comment l'éditer si vous le souhaitez. Pour obtenir la légende avec vos valeurs exactes, je ne vous embêtez pas avec le haut-histogramme et serait plutôt de simplement utiliser legend:

    hm <- heatmap.2(data_matrix, scale="none", Rowv=NA, Colv=NA,
                col = myCol, ## using your colors
                breaks = myBreaks, ## using your breaks
                dendrogram = "none",  ## to suppress warnings
                margins=c(5,5), cexRow=0.5, cexCol=1.0, key=FALSE,
                trace="none")
legend("left", fill = myCol,
    legend = c("0 to .3", "0.3 to 1", "1 to 1.3", "1.3 to 3", ">3"))
    Merci pour votre aide, shujaa. En quelque sorte les couleurs de la clé ne correspond pas à des valeurs comme prévu; la couleur jaune n'apparaît pas du tout dans la couleur de la clé.
    voir les modifications.
    Merci beaucoup, Shujaa. C'était la solution parfaite. légende() a parfaitement fonctionné pour mes besoins. Votre aide a été très apprécié!!!

    OriginalL'auteur Gregor