Installation des paquets d'erreur: la compilation a échoué
J'ai récemment mis à jour de R de 3.1.0. J'ai essayé de déplacer mon colis de plus de 3.1 à l'intérieur de la R.-Cadre (je suis sous OSX Mavericks) et en quelque sorte fait un gâchis, donc fait une désinstallation complète de tous les éléments avant une installation propre.
Lors de la réinstallation de paquets que j'ai pas eu de problèmes jusqu'à ce que j'ai touché le forecast
paquet qui génère l'erreur suivante:
package ‘forecast’ is available as a source package but not as a binary
Warning in install.packages :
package ‘forecast’ is not available (for R version 3.1.0)
J'ai effectivement eu R 3.1.0 et de prévisions et d'hts travailler ensemble avant de le réinstaller je crois que le problème vient de quelque chose que j'ai fait, plutôt que d'un problème de compatibilité.
J'ai couru à la suite pour voir si je pouvais dénicher un peu plus de détails sur l'installation échoue: install.packages("forecast", type = "source", verbose = T, quiet = F)
Dont la sortie est un peu au-delà de moi, mais peut être d'une aide dans le diagnostic:
system (cmd0): /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD INSTALL
trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/forecast_5.3.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 150395 bytes (146 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 146 Kb
foundpkgs: forecast, /var/folders/0y/_13fkvws0tn5xh4m8wsymkdh0000gp/T//RtmpzTzSpG/downloaded_packages/forecast_5.3.tar.gz
files: /var/folders/0y/_13fkvws0tn5xh4m8wsymkdh0000gp/T//RtmpzTzSpG/downloaded_packages/forecast_5.3.tar.gz
* installing *source* package ‘forecast’ ...
** package ‘forecast’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RcppArmadillo/include" -fPIC -Wall -mtune=core2 -g -O2 -c calcBATS.cpp -o calcBATS.o
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RcppArmadillo/include" -fPIC -Wall -mtune=core2 -g -O2 -c calcTBATS.cpp -o calcTBATS.o
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RcppArmadillo/include" -fPIC -Wall -mtune=core2 -g -O2 -c etsTargetFunction.cpp -o etsTargetFunction.o
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RcppArmadillo/include" -fPIC -Wall -mtune=core2 -g -O2 -c etsTargetFunctionWrapper.cpp -o etsTargetFunctionWrapper.o
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RcppArmadillo/include" -fPIC -Wall -mtune=core2 -g -O2 -c etscalc.c -o etscalc.o
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RcppArmadillo/include" -fPIC -Wall -mtune=core2 -g -O2 -c etspolyroot.c -o etspolyroot.o
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RcppArmadillo/include" -fPIC -Wall -mtune=core2 -g -O2 -c makeBATSMatrices.cpp -o makeBATSMatrices.o
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RcppArmadillo/include" -fPIC -Wall -mtune=core2 -g -O2 -c makeTBATSMatrices.cpp -o makeTBATSMatrices.o
makeTBATSMatrices.cpp:11:6: warning: unused variable 'lengthSeasonal' [-Wunused-variable]
int lengthSeasonal = 0;
^
1 warning generated.
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RcppArmadillo/include" -fPIC -Wall -mtune=core2 -g -O2 -c updateMatrices.cpp -o updateMatrices.o
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RcppArmadillo/include" -fPIC -Wall -mtune=core2 -g -O2 -c updateTBATSMatrices.cpp -o updateTBATSMatrices.o
updateTBATSMatrices.cpp:38:10: warning: unused variable 'gammaVector' [-Wunused-variable]
double *gammaVector;
^
1 warning generated.
clang++ -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/usr/local/lib -o forecast.so calcBATS.o calcTBATS.o etsTargetFunction.o etsTargetFunctionWrapper.o etscalc.o etspolyroot.o makeBATSMatrices.o makeTBATSMatrices.o updateMatrices.o updateTBATSMatrices.o -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -lRlapack -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -lRblas -L/usr/local/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.0.0/4.8.2 -lgfortran -lquadmath -lm -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation
ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.0.0/4.8.2'
ld: library not found for -lgfortran
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make: *** [forecast.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘forecast’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/forecast’
Warning in install.packages :
installation of package ‘forecast’ had non-zero exit status
The downloaded source packages are in
‘/private/var/folders/0y/_13fkvws0tn5xh4m8wsymkdh0000gp/T/RtmpzTzSpG/downloaded_packages’
J'apprécierais vraiment de l'aide. Une grande partie du code que j'ai travaillé dernièrement s'appuie sur les fonctions dans les prévisions.
r-sig-mac
archives qui sont plein d'instructions sur la façon de compiler R
paquets sous Mavericks.
OriginalL'auteur Jonathan Mulligan | 2014-04-17
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Voici ce que j'ai fait (RcppArmadillo les Erreurs de Compilation sur OS X Mavericks)
Installer gfortran de brew (si vous n'avez pas de bière, une recherche sur Google. L'Installation est simple):
brew install gfortran
S'il est installé, la mise à niveau vers la dernière avec:
brew upgrade gfortran
Puis effectuez l'une des opérations suivantes:
ln -s /usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran/lib/libgfortran.* /usr/local/lib/
ou ajouter cette ligne à la
~/.R/Makevars
fichier:FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran
J'ai fait la deuxième option.
Maintenant exécuter
install.packages("forecast", type = "source")
de nouveau et cela devrait fonctionner.OriginalL'auteur mchangun
Dans mon cas, j'ai tenté d'installer la dernière version de {prévisions} package avec
devtools::install_github("robjhyndman/forecast")
et avait la même erreur.Puis, même si je ne suis pas sûr si ce que j'ai fait est à droite, en suivant mchangun réponse j'ai fait comme suit et l'erreur a été résolue:
brew upgrade gcc
Erreur: gcc 5.2.0 déjà installé
gcc --version
Configuré avec: --prefix=/Applications/Xcode.app/Contents/Développeur/usr --with-gxx-include-dir=/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX10.11.sdk/usr/include/c++/4.2.1
Apple LLVM version 7.0.0 (clang-700.1.76)
Cible: x86_64-apple-darwin15.0.0
Modèle de Thread: posix
ls /usr/local/Cellar/gcc
4.9.2 4.9.2_1 5.2.0
Ajouter la ligne
FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gcc/5.2.0
à la~/.R/Makevars
fichierExécuter
devtools::install_github("robjhyndman/forecast")
et cela a fonctionné.OriginalL'auteur user3081234
Terminal
6.3.0_1
Rstudio:
OriginalL'auteur suman kishore Choudhary
Télécharger gfortran de https://gcc.gnu.org/wiki/GFortranBinariesMacOS
sudo rm-r /usr/local/gfortran /usr/local/bin/gfortran
Puis installer gfortran
sudo vi /Library/Frameworks/R. framework/Ressources/etc/Makeconf
changer tous les gfortran-4,8 à gfortran
FC = gfortran
FCFLAGS = -Wall-g -O2 $(LTO)
FCLIBS =
F77 = gfortran
F77_VISIBILITY =
FFLAGS = -g -O2 $(LTO)
FLIBS = -L/usr/local/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.0.0/4.8.2 -lgfortran -lquadmath -lm
changement ci-dessus FLIBS au-dessous de
FLIBS = -L/usr/local/gfortran/lib -lgfortran -lquadmath -lm
OriginalL'auteur bioguo