installé répertoire non accessible en écriture, impossible de mettre à jour les packages 'boot', 'classe', 'KernSmooth', 'mgcv', 'nnet', 'rpart', 'spatial'

J'ai installé le Bioconductor paquets sur R version 3.1.2 sur Ubuntu 14.04 et reçu le message ci-dessous:

La source téléchargé les paquets sont dans
‘/tmp/RtmpZYw0Qp/downloaded_packages’ message d'Avertissement: installé
répertoire non accessible en écriture, impossible de mettre à jour les packages 'boot', 'classe',
'KernSmooth', 'mgcv', 'nnet', 'rpart', 'spatial'

Que signifie, et comment elle affecte en utilisant les forfaits ci-dessus sur la R?

InformationsquelleAutor Elizabeth Nyamu | 2015-02-16
  1. 8

    J'ai connu le même problème travaillant dans la R-studio. La solution est de donner accès à la racine de R.

    Dans Windows, cela signifie que vous devez exécuter le programme en tant qu'Administrateur.

    Sous Unix/Linux, vous devez lancer R à partir de la borne en faisant sudo R.

    Puis, une fois que vous êtes en cours d'exécution avec des privilèges suffisants, vous pouvez essayer d'installer le paquet et cela devrait fonctionner.

    InformationsquelleAutor Ninadmw
  2. 5

    L'avertissement signifie qu'il y a des versions plus récentes de la liste des paquets disponibles, mais votre version ne peut pas être mis à jour car le répertoire dans lequel les paquets sont installés ne peuvent pas être écrites. Habituellement, cela signifie que la recherche a été installé avec "administrateur système" privilèges, mais que vous essayez de mettre à jour des paquets en tant qu'utilisateur normal.

    La conséquence est que les fonctionnalités ou corrections de bugs mis en œuvre dans la mise à jour des paquets ne sont pas disponibles pour vous. Les conséquences spécifiques peut varier de mineure corrections typographiques sur une page de man le biais de sérieuses corrections de bugs. Qualitativement, mon pari est qu'il "n'a pas d'importance" pour la plupart des utilisations.

    La solution est de mettre à jour ces paquets lors de l'exécution de la R en tant qu'utilisateur disposant d'autorisations d'écriture dans les paquets installés, annuaires, généralement le dernier élément de la sortie de .libPaths(), ou plus fine par installed.packages()[, "LibPath"]

    • Serait-il possible d'offrir à un utilisateur d'installer les packages dans le local de la bibliothèque, de la même manière que install.packages() n'?
    • Je crois que le comportement suit la mise à jour.les packages(), j'ai donc pense votre question est " peut mettre à jour.les packages() installer les mises à jour dans un endroit différent?' Je suppose que la réponse est non, et une solution de contournement consiste à installer les paquets vous-même, via biocLite() ou installer.les packages(), et la possibilité de les installer dans des emplacements accessibles en écriture.
    InformationsquelleAutor Martin Morgan
  3. 3

    J'ai connu le même problème aujourd'hui lors de l'installation de trois Bioconductor paquets sous Windows. Deux (les dépendances du paquet que je voulais vraiment) étaient déjà sur mon système dans des formes nouvelles (comme décrit dans @Martin-Morgan solution) et si aucune action n'est nécessaire. Cependant, on n'a pas été installé. Pour cela, troisième paquet, j'ai eu du succès dans une installation à partir d'un fichier qui a été téléchargé pendant l'installation a échoué, sans avoir à élever les privilèges (qui est ma prochaine étape comme indiqué par @Ninadmw).

    Dans R, allez dans le menu Packages/Install Package(s) from local files et accédez au local répertoire de téléchargement de la liste, qui dans votre cas a été /tmp/RtmpZYw0Qp/downloaded_packages, et sélectionnez le module que vous souhaitez installer.

    Dans RStudio (que vous devriez utiliser), allez dans le menu Tools\Install Packages, changement de l'installer à partir du champ de Package Archive File (.zip; .tar.gz), utilisez Browse... à accédez au répertoire de téléchargement, qui dans votre cas a été /tmp/RtmpZYw0Qp/downloaded_packages et sélectionnez le module que vous souhaitez installer. Cliquez ensuite sur le Install bouton.

    InformationsquelleAutor Jim Quirk