Installer Scipy avec MKL par PIP

Je suis à l'aide du PEP à installer Scipy avec MKL d'accélérer les performances. Mon OS est Ubuntu 64 bits. À l'aide de la solution de ce question, j'ai créer un fichier .numpy-site.cfg 

[mkl]
library_dirs=/opt/intel/composer_xe_2013_sp1/mkl/lib/intel64/
include_dirs=/opt/intel/mkl/include/
mkl_libs=mkl_intel_lp64,mkl_intel_thread,mkl_core,mkl_rt
lapack_libs=

Ce fichier m'aide à installer Numpy avec MKL avec succès. Cependant, en utilisant le même fichier ci-dessus, l'installation de Scipy invite l'erreur

ImportError: libmkl_rt.so: cannot open shared object file: No such file or directory

J'utilise aussi

export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/composer_xe_2013_sp1/mkl/lib/intel64

mais le problème est toujours le même.

Quelqu'un sait comment résoudre ce problème? Je ne veux pas installer Scipy manuellement si quelqu'un me donner quelques conseils pour le résoudre.

  • Avez-vous essayé avec export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/composer_xe_2013_sp1/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH ?
  • J'ai essayé cette option avant. Cependant, l'erreur est encore dans. Je ne sais pas comment le résoudre.
InformationsquelleAutor tndoan | 2014-02-24
  1. 8

    Intel a publié des roues de paquets comme Numpy, Scipy et Scikit-learn de PyPI. Ces roues ont été construits, tout en les reliant à l'encontre d'Intel MKL, et comprennent diverses optimisations.

    Si vous voulez Scipy construit avec la technologie Intel MKL:

    #Remove existing Numpy and/or Scipy:
pip uninstall numpy scipy -y
#Install scipy built with Intel MKL:
pip install intel-scipy

    Plus d'informations sont disponibles ici

    • Cela ne fonctionne pas en Mars 2019 pour Python 3.7. Pip ne trouve pas un "intel-scipy" sur le référentiel.
    InformationsquelleAutor t7t0t0t7t
  2. 5

    J'ai Win10 64 bits avec Python 3.6.2 j'ai installé scipy par http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#scipy

    J'ai suivi les étapes suivantes :

    • Étape 1: Désinstaller si vous avez n'importe quelle version précédente de numpy,
      pip désinstaller numpy
    • Étape 2 : Télécharger numpy‑1.13.1+mkl‑cp36‑cp36m‑win_amd64.whl avec
      MKL(Math Kernel Library) à partir du lien ci-dessous,
      http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#numpy
    • Étape 3: copier le fichier téléchargé dans un autre emplacement et la commande de lancement
      invite de commandes à partir de cet emplacement.
    • Étape 4: exécution de cette commande,
      pip install-U numpy-1.13.1+mkl-cp36-cp36m-win_amd64.whl
    • Etape 5: Maintenant Télécharger scipy bibliothèque à partir de,
      http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#scipy
    • Étape 6: Copier le fichier téléchargé dans le même emplacement dans lequel numpy est
      copié.
    • Étape 7: Dans l'invite de CMD exécuter cette cmd,
      pip install scipy-0.19.1-cp36-cp36m-win_amd64.whl

    Fait!

    • c'est pour windows. mec.
    • merci beaucoup mon pote, super réponse et la grande représentation.
    InformationsquelleAutor Prabhu
  3. 4

    Si vous rencontrez des problèmes lors de l'installation ou la course avec la version spécifique puis d'abord désinstaller puis installer

    Étape 1:

    pip uninstall -v numpy

    Étape 2: téléchargez la roue fichier et installez-le

    pip install -U numpy-1.13.0+mkl-cp36-cp36m-win_amd64.whl

    Dans cet exemple de la roue de nom de fichier est "numpy-1.13.0+mkl-cp36-cp36m-win_amd64.whl
    "

    • En fait, j'ai essayé, mais il n'est pas efficace
    • S'il vous plaît laissez-moi savoir ce que vous avez fait? Avez-vous suivi les étapes que j'ai proposé?
    • Désolé. Il est un temps long. Je n'ai pas utilisé ce serveur plus ne peut pas appliquer votre solution.
    • OP dit explicitement Ubuntu.
    • Ces commandes devraient travailler!
    InformationsquelleAutor Amir Md Amiruzzaman
  4. 3

    2 ans ont passé depuis que cette question a été posée.

    Il y a maintenant numpy/scipy roues pour linux qui utilisent un openblas compilé pour avx2, de sorte que vous pouvez obtenir de bien meilleures performances sans la construction des paquets. Vous pouvez avoir besoin de mise à niveau du pep à obtenir pour installer la roue:

    pip install --upgrade pip
pip install numpy scipy

    Si vous voulez MKL, alors vous pouvez installer Anaconda ou Intel Distribution de Python. Ils utilisent conda au lieu de pip pour gérer les packages, mais ils sont gratuits et à distribuer des paquets qui contiennent toutes les dépendances, y compris la MKL.

    • Il n'y a pas une roue pour Ubuntu qui l'OP est l'aide. Le meilleur choix serait l'Anaconda.
    • Pour moi, MKL est venu avec Scipy, merci, @rscohn2.
    InformationsquelleAutor rscohn2
  5. 1

    J'ai été confronté à ce problème depuis quelques semaines:
    Windows 10 64 bits Python 3.5.2

    Ma solution:

    Première: pip install wheel

    Suivant: Télécharger Numpy et Scipy forme Gholke repo
    Numpy et SciPy

    Alors:

    pip install numpy_package.whl

    pip install scipy_package.whl

    InformationsquelleAutor Andreas GS
  6. 0

    Depuis le libellé de la question n'a pas été répondu, permettez-moi de donner un coup de feu...

    Je pense que le problème ici est fondamentalement que le BLAS/LAPACK les bibliothèques utilisées sont répartis dans plusieurs endroit, et numpy ne traite pas ce bien.

    Nous avons corrigé cela dans EasyBuild, où nous avons été la construction de numpy/scipy sur le dessus de Intel MKL pour un certain temps maintenant, avec ce patch: https://github.com/hpcugent/easybuild-easyconfigs/blob/master/easybuild/easyconfigs/n/numpy/numpy-1.8.1-mkl.patch

    InformationsquelleAutor Kenneth Hoste
  7. 0

    Pour moi, MKL est venu avec Scipy bibliothèque par conda install scipy

    @rscohn2 solution m'a donné une astuce pour utiliser des paquets.

    Pour la référence, mon environnement est inclus Ubuntu, Anaconda, Python 3.6, Scipy 1.1 et MKL 2018.0.

    InformationsquelleAutor Cloud Cho