Installer un local package R avec des dépendances de CRAN miroir

J'ai construit un package R, c'est à dire que j'ai l'mypackage.tar.gz fichier. Ce paquet dépend de plusieurs autres paquets, tous téléchargeables et installables à partir CRAN miroir.

Maintenant je veux installer ce paquet sur un système où les dépendances ne sont pas encore installés, et je voudrais que les dépendances sera téléchargée et installée automatiquement quand j'ai installer mon colis.

J'ai essayé:

install.packages("mypackage.tar.gz",type="source",dependencies=TRUE,repos="http://a.cran.mirror")

mais elle cherche mypackage.tar.gz sur le miroir (et, évidemment, il ne trouve pas), alors que si j'ai mis repos=NULL correctement essaie d'installer le package local de fichier (comme indiqué), mais évidemment, il ne trouve pas les dépendances des paquets.

Donc ma question est: est-il possible d'effectuer un "mixte" de l'installation (forfait local en ligne dépendances) ou la seule façon de le faire est d'installer manuellement toutes les dépendances?

InformationsquelleAutor WoDoSc | 2014-07-29
  1. 8

    Vous pouvez utiliser install de la devtools paquet. Il suffit d'exécuter install("<directory of your package>", dependencies = TRUE). Sa aider les états à:

    Utilise R CMD INSTALL pour installer le package. Sera également essayer d'installer les dépendances du paquet de CRAN, si elles ne sont pas déjà installés.

    InformationsquelleAutor Emiel
  2. 5

    Si vous avez déjà installé votre forfait local, vous devriez être en mesure d'utiliser un couple de fonctions dans outils pour installer les dépendances de CRAN:

    library('tools')
installFoundDepends(pkgDepends('mypackage', local = FALSE)$Found)

    Remarque: Vous pouvez passer des arguments (comme repos) par le biais de installFoundDepends à install.packages.

    Vous pouvez également utiliser le Depends élément de la pkgDepends sortie de passer directement à install.packages:

    install.packages(pkgDepends('mypackage')$Depends)

    Mise à JOUR: Apparemment, il n'est pas possible d'installer un paquet avec dependencies=FALSE. Ce qui semble étrange, puisque vous pouvez le faire que pour un package distant à partir d'un référentiel. La raison ( en regardant le code source ), c'est que if(is.null(repos) & missing(contriburl)), l'installation est gérée via des appels système pour R CMD INSTALL, qui n'a pas de dépendance liés à des arguments.

    • Je ne peux pas installer mon forfait local si je n'ai pas encore installé toutes ses dépendances.
    • malheureusement, il ne fonctionne pas, même avec des dépendances à FAUX, en fait la page de man de préciser clairement qu'avec repos définie à NULL (ce qui est nécessaire pour installer un package local), les dépendances paramètre est ignoré.
    • Ok, beaucoup d'autres tests révèle c'est vraiment ennuyeux et surprenant. En fait, je pense que le fait de pouvoir installer des packages locaux sans dépendances est une assez raisonnable de demande de fonctionnalité pour la R qui serait intéressant de soumettre.
    InformationsquelleAutor Thomas
  3. 3

    Ici, je suis en utilisant untar() avec devtools::install() et en le passant dans un répertoire où l'archive source a été extraite.

    d <- tempdir()
untar("mypackage.tar.gz", compressed="gzip", exdir=d)
devtools::install(file.path(d, "mypackage"), dependencies=TRUE,
                  repos="https://cloud.r-project.org/")

    Si vous désirez installer de multiples repos, vous pouvez fournir une liste d'entre eux. Par exemple, pour utiliser à la fois Bioconductor et CRAN, vous pouvez exécuter:

     devtools::install(file.path(d, "mypackage"), dependencies=TRUE,
                   repos=BiocInstaller::biocinstallRepos())

    REMARQUE: je ne peux pas comprendre comment passer directement de l'archive à install(), mais cette solution fonctionne dans le temps et ne laisse pas de désordre, parce que nous extraire dans un répertoire temporaire. Il semble install_local() devrait être en mesure de prendre une archive, mais je reçois une erreur lorsque vous tentez de le faire.

    InformationsquelleAutor Megatron
  4. 0

    Personnellement, j'utilise RStudio qui vous informe sur les dépendances manquantes. Puis je copie la chaîne de caractères dans les arguments de la petit script pour changer l'étrange symboles classiques " (xclip est de la copie vers le presse-papier [c'est comme pbcopy sur macOS]).

    #!/bin/bash
echo $@ | sed 's/‘/"/g' | sed 's/’/"/g' | xclip -selection clipboard

    Puis-je simplement utiliser install.packages(c(ctrl_v__what_to_install)) et R commence à installer toutes les dépendances.

    NB: rappelez-vous que les deux ‘ écrit dans le script ci-dessus sont différents et la première fois que vous copiez ce script, je vous conseille de copier à nouveau l'original guillemets caractères.

    InformationsquelleAutor Garini