La fusion de plusieurs rasters dans la R

J'ai essayé de trouver un temps moyen efficace de fusionner plusieurs images raster dans R. ce sont adjacentes ASTER des scènes du sud de la région du Kilimandjaro, et mon objectif est de les mettre ensemble pour obtenir une grande image.

C'est ce que j'ai obtenu jusqu'à présent (l'objet "ast14dmo" représentant une liste de RasterLayer objets):

# Loop through single ASTER scenes
for (i in seq(ast14dmo.sd)) {
  if (i == 1) {
    # Merge current with subsequent scene
    ast14dmo.sd.mrg <- merge(ast14dmo.sd[[i]], ast14dmo.sd[[i+1]], tolerance = 1)
  } else if (i > 1 && i < length(ast14dmo.sd)) {
    tmp.mrg <- merge(ast14dmo.sd[[i]], ast14dmo.sd[[i+1]], tolerance = 1)
    ast14dmo.sd.mrg <- merge(ast14dmo.sd.mrg, tmp.mrg, tolerance = 1)
  } else {
    # Save merged image
    writeRaster(ast14dmo.sd.mrg, paste(path.mrg, "/AST14DMO_sd_", z, "m_mrg", sep = ""), format = "GTiff", overwrite = TRUE)
  }
}

Comme vous l'avez sûrement deviné, le code fonctionne. Cependant, la fusion prend assez long si l'on considère que chaque raster unique objet est de 70 mo. J'ai aussi essayé de Réduire et de faire.appel, mais qui a échoué puisque je ne pouvais pas laisser passer l'argument de la "tolérance", qui contourne les différentes origines des fichiers raster.

Quelqu'un a une idée de comment faire pour accélérer les choses?

OriginalL'auteur fdetsch | 2013-04-08

  1. 17

    Ou utiliser faire.appel

    ast14dmo.sd$tolerance <- 1
ast14dmo.sd$filename <- paste(path.mrg, "/AST14DMO_sd_", z, "m_mrg.tif", sep = "")
ast14dmo.sd$overwrite <- TRUE
mm <- do.call(merge, ast14dmo.sd)

    ou ici, pour l'exemple de trame::merge

    r1 <- raster(xmx=-150, ymn=60, ncols=30, nrows=30)
r1[] <- 1:ncell(r1)
r2 <- raster(xmn=-100, xmx=-50, ymx=50, ymn=30)
res(r2) <- c(xres(r1), yres(r1))
r2[] <- 1:ncell(r2)

x <- list(r1, r2)
x$filename <- 'test.tif'
x$overwrite <- TRUE
m <- do.call(merge, x)
    Excellente solution, merci! J'ai juste eu un coup d'oeil sur le temps de calcul, et il s'est avéré que votre approche via do.call fonctionne presque deux fois plus rapide que Reduce.

    OriginalL'auteur Robert Hijmans

  2. 7

    Le 'fusion' fonction à partir de la trame package est un peu lent. Pour les grands projets, une option plus rapide est de travailler avec gdal commandes dans R.

    library(gdalUtils)
library(rgdal)

    Construire la liste de tous les fichiers raster que vous voulez joindre (dans votre répertoire de travail en cours).

    all_my_rasts <- c('r1.tif', 'r2.tif', 'r3.tif')

    Faire d'un modèle de fichier de trame pour construire sur. Pensez à cela une grande toile vierge pour ajouter des tuiles.

    e <- extent(-131, -124, 49, 53)
template <- raster(e)
projection(template) <- '+proj=longlat +ellps=WGS84 +datum=WGS84 +no_defs'
writeRaster(template, file="MyBigNastyRasty.tif", format="GTiff")

    Fusionner toutes les tuiles raster dans une grande raster.

    mosaic_rasters(gdalfile=all_my_rasts,dst_dataset="MyBigNastyRasty.tif",of="GTiff")
gdalinfo("MyBigNastyRasty.tif")

    Cela devrait fonctionner assez bien pour la vitesse (plus vite que la fusion dans le raster package), mais si vous avez des milliers de tuiles, vous pourriez même vouloir regarder dans la construction d'un vrt premier.

    N'est-il pas un moyen plus efficace de définir la mesure sans deviner lat/long?

    OriginalL'auteur Matthew Bayly

  3. 3

    Vous pouvez utiliser Reduce comme ceci par exemple :

    Reduce(function(...)merge(...,tolerance=1),ast14dmo.sd)
    Qui a fait le tour. Merci beaucoup!

    OriginalL'auteur agstudy

  4. 0

    J'ai été confronté à ce même problème et j'ai utilisé 

    #Read desired files into R
data_name1<-'file_name1.tif' 

r1=raster(data_name1)

data_name2<-'file_name2.tif'

r2=raster(data_name2)

#Merge files
new_data <- raster::merge(r1, r2)

    Bien qu'il n'a pas de produire un nouveau fusionné fichier raster, il est stocké dans l'environnement de données et produit une fusion de la carte lorsque tracées.

    OriginalL'auteur Sijeh Asuk